张四维、庞尚鹏等人的看法是单独设立商籍，将这些商人子弟单独分开，在附籍地参加科举，次辅申时行也在其中上疏称：“两淮当天下之中，财赋之地，学校为人才之本，风化之原。顾三十盐场、百千万灶中间，贤哲之产代不乏人，教育之基岂容终缺？人才为邦家之桢，学校为人才之地，我朝兴贤育才，学宫遍海内，即河东运司亦特为建置焉。盖人才之生，本不择地，培养而录用之，亦不以其地有间也。”
这些商贾子弟，确实有一些有才能的人，但是对于从他们的附籍地单独列名参加考试，朝廷上下还是有很多的意见的，如王锡爵、温纯等人对于这点就还是有争议的，他们认为朝廷是要废除对于商人、工匠的歧视性政策，但是不是要对于商人予以特殊优待，朝廷单独立商籍，对于附籍地的生员们来说就是歧视性的措施了，都是受教的，这些商人子弟为什么单独就学，尤其是盐商子弟，还有运司学，他们认为这是坚决不能准允的。
但是单独设立商籍的，到底是在附籍地考试还是在原籍考试，这确实是个问题，张四维在奏疏中就认为：“本朝设科之法，士自起家应童子试必有籍，籍有儒官民军医匠之属，分别流品，以试于郡，即不得就他郡试。而边镇则设旗籍、校籍。都会则设富户籍、盐籍，或曰商籍。山海则设灶籍。士或从其父兄还役，岁岁归就郡试不便，则令各以家所业闻着为籍，而就试于是郡。”
但是王锡爵、杨继盛、温纯、吴时来等官员们认为，现在官僚子弟虽附籍于寄居各地，但不许应科举试。如果对于商人就其分配有生员名额等，这就是特殊的优待，并不符合朝廷四民平等的政策。
朱载坖其实已经是很清楚这个问题的所在，大明之前所制定的取士之法，是基于小农经济的情况下，在这种情况下，流动人口很少，大部分的人终其一生可能都没有走出自己的家乡，所以以籍贯取士是合理的，但是现在大明的经济发展，人口流动增加，对于朝廷来说，原本的单独以籍贯取士的办法似乎已经不太合理的。
为什么商人子弟闹得最厉害呢？因为这些商人有钱，能够让子弟接受教育，他们希望自己的子弟能够参加科举，成为朝廷命官，其他的比如工匠等，辛苦谋生都尚且艰难，对子弟的教育那就很难能够放在心上了，这点朱载坖还是很清楚的。
他在御批张四维等人的密疏中说道：“国家造成作养之典，自应一视同仁，似毋庸以外省、本省而歧视之。”对于张四维等人要求设立商籍，便利商人子弟在附籍地参加科举考试，朱载坖是支持的，但是对于单独设立商籍，朱载坖并不认可，原因很简单，在流动人口中，数量最庞大的不是商人，而是各种工人，只为了商人去设立所谓商籍，显然是不公平的，这点朱载坖很清楚。
朱载坖也知道当时为什么要在河东运司等地设立学校，让这些盐商子弟上学，说个不好听的事为了安抚这些盐商，因为大家都很清楚，在从弘治到嘉靖末年也一段时间内，盐政收入是朝廷收入的大头，朝廷有求于这些盐商，所以要对他们加以笼络，这才是放宽盐商子弟们的科举限制，这点朱载坖是很清楚的。
朱载坖在命令翰林院整理相关材料的时候就发现了当年的奏疏：“天下运司六，惟河东运司有专学，余皆附于府，故惟财赋之薮，沃土之民，逸则忘善。建有专学，则师道立而教化行，理义明而风俗美，此所以厚商也。”
当年汪道昆也上疏说明过此事：“今制大司农岁入四百万，取给盐筴者什二三，淮海当转毂之枢，输五之一。诸贾外饷边，内充国，戮力以应度支。”
当时盐税对于大明来说是极为重要的财政支柱，所以朝廷要对这些盐商予以优待，以保证这些朝廷盐课的正常征收，但是现在盐税在整个大明财政中的地位相对下降，而且朱载坖也并不打算设立所谓的商籍老优待商人，朱载坖认为，这样会造成在官场上出现一个商籍官员团体，这对于朝廷的决策是十分不利的，所以朱载坖再次召集了阁部重臣们商量此事。
朱载坖的态度其实很明确的，科举制度的改革不应该单独针对商人，而是应该针对整个大明的流动人口，现在大明大量的百姓离开本乡本土去沿海的经济发达地区谋生，而朱载坖又准备广泛的建设社学，推广教育，所以原本的必须在原籍参与科举的制度也确实是应当予以修改的，不仅仅是针对这些商人的，而是针对整个先行的科举制度予以改革。
朱载坖认为应该以学籍取代户籍，作为参加科举的凭借，而学籍与户帖从学童开始就予以存档，作为到时候参加科举查验的凭证，朱载坖的看法是读书就学的地方应该和考试的地方相一致，避免出现冒籍等行为，官宦子弟必须回原籍参加考试，避免人情关系对于科举的影响。
同时也要针对科举的解额等作出调整，朱载坖很清楚，在科举政策上，朝廷无论怎么做，都很难做到绝对公平，这点朱载坖还是很清楚的，对于朱载坖来说只能够做到相对公平，朱载坖认为，无论是秀才还是举人，在考取的时候，应当做到率取率的统一，不能出现某一地方的率取率过高或者过低的情况。
第二就是以学籍为准，所谓学籍，就是从进入蒙学到考取生员一直到考取举人、进士，要连续在同一地方就学，如果出现多次的变动的，学政衙门要予以关注，并且将其发回学籍参考。
第三就是进士科的录取配额也同样要由户籍向学籍转变，因为如果进士科的录取配额仍旧按照户籍来的话，就不太公平了。