对于朱载坖让皇长孙中断学业，跟随自己视察文思院的进展，甚至让文思院的这些人给皇长孙上课，这在臣子们中引起了极大的风波，在他们看来，皇长孙作为大明未来的储君，自然是应该接受完善的教育，而教育哪有他们这些饱读经史的读书人更擅长呢？
朱载坖不让皇长孙接受讲官们的教育，而是让这些所谓文思院的官员教授皇长孙格物之道，这还得了，这些人不过是些道士、工匠，怎么能够为皇长孙授课，这下连内阁辅臣等都纷纷上疏，请求朱载坖重视皇长孙的学业，皇长孙现在的年纪，正是接受教育的时候，要讲官积极进讲，朱载坖作为皇帝，也应该教导皇长孙。
于此同时，不少臣子还对朱载坖进行了批评，认为朱载坖怠惰政务，要求朱载坖勤御朝讲，不要轻举妄动，一时之间整个朝廷都鸡飞狗跳起来，但是朱载坖丝毫不为所动，一面继续请戚继光等老将为皇长孙教授兵法，讲解与军事有关的事项，一面命令教授皇长孙武艺，朱载坖则是亲自带着皇长孙在西苑里面学习使用燧发火铳，一时之间西苑里面倒是枪声不断。
朱载坖也并没有让皇长孙完全不接受经史教育，只不过是将经史教育在整个皇长孙教育中的比例大幅度下降了，原本皇室子弟基本上都是以经史教育为主，但是现在经史教育不再是主要的内容，在皇长孙的整个教育时间内，经史教育的比例下降到不足一半，而且主要是历代通史为主，这就使得很多臣子们不满。
对于这些奏疏，朱载坖也并没有予以理会，朱载坖现在将庶务交给了太子处理，自己才能够有充分的时间亲自教育皇长孙，哪里轮得到这帮臣子们来多说什么，朱载坖对于这些奏疏一概留中不发，同时在文华殿召集内阁辅臣、吏部尚书王国光、户部尚书梁梦龙、总理盐政庞尚鹏、总督仓场杨俊民、左都御史杨继盛、兵部尚书徐渭、兵部尚书署部事王崇古等重臣们一道讨论有关商税的事情。
朱载坖首先点名让首辅张四维发言，张四维其实已经通过密疏表达了自己的意见，因为张四维自己就是出身于商贾之家的，所以在很多时候是相对倾向于商贾的，所以张四维在给朱载坖的密疏中就明确说道：“三代后之言财用者，皆移之耳，或夺之耳，未有能生之者。移之者何？除中饱是也；夺之者何？加赋税是也。”
所以张四维在密疏中认为，要重视商业，征收赋税自然是必然的，但是对于工商的赋税要有节制，既要保证朝廷的用度，也要使得工商业能够发展，所以张四维在密疏中说道：“商之本在农，农事兴则百物蕃，而利源可竣也；商之源在矿，矿务开则五金胚，而财用可丰也；商之体在工，工艺盛则万货殷闻，而转运流通可周行四海也。”
张四维是支持征收商税的，但是张四维同时认为要加以节制，同时朝廷对于商人也不能歧视，商人毕竟对国家贡献了大量的赋税，这点是值得赞扬的，朱载坖对于张四维的这个看法是同意的，次辅申时行也是认为征收商税是不可避免的事情，只不过朝廷要制定合理的条例，同时也要保障商人的权力。
不过申时行则是提出商不重征，认为朝廷应当节制对于商税的征收，以保护商业的发展，还有就是商税的征缴办法，对于这些货物征税的办法，主要是两个，有按物抽税者，有估价抽税者。按物抽税，其税则一经厘定，不得与物价相低昂，故难操其轻重之权。而化价抽税，致有关胥与商贾争辩，互不相服，及请中估，而货物己形塞滞。所以朝廷在制定商税的征收办法的时候，要考虑这个问题。
对于两位辅臣的看法，朱载坖也表示了认同，朱载坖不是要横征暴敛，而是要制定合理的工商税征收体系，而朱载坖下一个问的就是吏部尚书王国光，他是大明现在公认的善于理财的臣子，王国光说道：“陛下，臣以为赋在有余。国之所取，必以养民为先，取民之所余，方可恤民而昌国。国中富民少而食力者多，必其一岁之入，有以资口体、供事畜而有余，而后有应国课。使劳力者之所得，果然仅足以赡生，则虽桑、孔之也计，秦、隋之刑威，适足启乱而已矣。”
王国光的看法很简单，就是要明确赋税征收的对象，对于大明现在来说，工商税征收的对象主要是针对豪商和工场主，他们拥有丰富的资产，获取了巨额的利润，自然是朝廷征收工商税的对象，而不是针对普通的百姓，这点是必须要清楚的，朱载坖也认为应当如此。
同时王国光还提出税无厚薄惟其宜，对于工商税的征收和税率的确定，要以实际情况确定，王国光说道：“陛下，就令不征一钱，而徒任国事之废驰，庶绩之堕顽，民亦安用此俭国乎？且民非畏重赋也，薄而力所不胜，虽薄犹重也。”对于一些官员提出的朝廷征收工商税是掠夺民财，王国光认为不妥，朝廷要开展各项行政工作，都需要钱粮，赋税对于朝廷来说是必须的，这点大家都很清楚。
朱载坖听了之后当然知道王国光是意有所指，现在朝廷里对于朝廷准备征收工商税有不少的非议，因为这是之前没有过的税种，很多官员们认为这是搜刮民财，上疏反对，朱载坖很清楚他们为什么反对，因为他们家里面是可能真的在经商，有工场的，所以当然不愿意朝廷征税了。
对于这些奏疏，朱载坖一直没有搭理，但是并不意味着朱载坖没有关注此事，朱载坖早就在命令厂卫密查此事，对于这些上疏的官员，查他们的底，同时也要让申时行、王锡爵等东南官员的代表出来表态。