朱载坖看了王世贞的奏疏，不由得有些无奈，这个王世贞，又胡乱上疏，卖弄才学了！王世贞的本意是好的，他是想向朱载坖说明钞关在税收的种种弊端，但是这厮为炫耀自己博学，将钞关的发展都予以梳理，认为国家设立关津，最初的本意并非是征收赋税，关征肇始于战国兵争乱世，至两汉君主骄奢，农入不敷，便从商税中取足。然征收商税要在张弛有度，折中执平，若有司变坏成法，失于偏颇，则终会造成国与商俱病的结果。
本来王世贞的这个奏疏其实是中规中矩的，但是立马有人加以附会，说王大司寇说了，关津之设，原本是为了盘诘奸细，初无抽分之设，是朝廷因为用度不足，才征收商税的，这点一些别有用心的人就开始散布各种假消息了，一个朝廷官员也开始公开表达自己的反对意见了。
他们的主要观点是，朝廷设立钞关，其初衷本在缉奸通货，裁抑垄断，即使缘而榷商，亦为济乏惠民，利权归官加之税网繁密，以致农商俱受病累，而课商抑末之说虽为宽解农劳，却难称善策，同时以前宋王安石为例，影射朱载坖。
他们在奏疏中说道：“古者圣王重本抑末，自汉武用弘羊计，置均输官，笼天下之货。又令贾人不得衣丝乘车，仕宦为吏，重赋税以困辱之。自后作业剧而财匮，复弛商贾之律，令佐国家之急。唐初制租庸调外无征，法网疏阔，复以宦者为宫市使，命白望数百，抑贾人物，名为市之，实夺之也。宋惩唐弊，置杂买务，迨安石秉政，专以富国为心。富商巨贾，皆疑畏骇愕，目视不敢动，而贸易之意穷矣。”
他们认为，古来圣王明君，都不用大肆征收商税，依靠田赋等就可以满足朝廷的用度了，只有像汉武帝、王安石那样的人，还会汲汲于财货，为什么现在大明的用度不足呢？是因为你朱载坖和汉武帝一样，轻举妄动，耀兵异域，这些都是大量消耗钱粮的行为，还有和王安石一样推行所谓的改革，才导致国用不足，所以根本原因，不是朝廷的过于不足，而是朱载坖的政策出现了偏差，他们要求朱载坖反思。
朱载坖看了这些奏疏之后，置之一笑，将这些奏疏直接留中不发，朱载坖当了二十多年皇帝了，什么阵仗没有见过，这只不过是个开胃菜罢了，这点朱载坖还是清楚的，所以朱载坖对于这些奏疏根本不予理睬，看看他们要搞出什么事情。
朱载坖正式迁居西苑，西苑相对环境比较好，同时朱载坖还将原来嘉靖用于炼丹、斋醮的场所拨给了文思院，用于文思院直接向朱载坖展示最新的成果，最近文思院化学研究所还是有一些成果的，首先就是用纯碱制取烧碱，文思院发现以纯碱溶液和石灰为原料，通过反应生成烧碱和石灰石，这也是三酸两碱的一个重要物品。
烧碱现在最大的用途就是给棉花脱脂，脱脂之后的棉花比普通棉花容易吸收液体，而脱脂棉花是制造硝化棉的重要原料，对于军事工业来说有很大的用途。
除此之外就是制得了盐酸，其实这个很简单，就是用浓硫酸和食盐加热，就可以制取盐酸和芒硝，而芒硝的重要用途是在制造玻璃中替代纯碱，因为大明是很缺乏高纯度的纯碱的，而芒硝可以替代纯碱，在玻璃制作过程中起到了澄清剂的作用，可以帮助去除原料中的杂质和气泡。同时，芒硝还可以作为助熔剂，帮助降低熔融温度，使原料更容易熔化。
对于朱载坖来说，比较重要的是怎么制取硝酸的问题，因为硝酸才是制取各种大威力火药的来源，而且对于基础的化学工业来说，三酸两碱是不可或缺，同时就是对于煤焦油的研究，煤焦油其实是大明在炼焦过程中的副产品，大明现在大力发展钢铁工业，而炼焦就是最基础的东西，在从煤炭炼制焦炭的过程中，会产生煤焦油，是一种具有刺激性臭味的黑色或黑褐色粘稠状液体。
对于煤炭和钢铁工业来说，这种东西毫无用处，一钱不值，文思院的人认为总归是有用处的，否则的话，这么多的煤焦油如何处理，朱载坖也很支持文思院的这些研究，看似是无用之举，但是这些都是有可能有用的，现在文思院发现的煤焦油的一个重要作用就是制作防腐木材，煤焦油对于各种蛀虫有很好的杀灭作用，用煤焦油浸泡木材，可以防止被蛀，甚至在水师战船上也可以使用，这就是一个用途了。
朱载坖专门要求文思院研究煤焦油和煤炭炼化过程中的产物的作用，不过现在朱载坖关心还是蒸汽机的研制，在朱载堉的亲自指挥下，蒸汽机的研制还是有所进展的，现在的蒸汽机已经能够为煤矿等抽水用了，现在的蒸汽机还比较简单原始，首先蒸气进入一个蒸气储罐中，然后关闭蒸气进口，随后用水将蒸气储罐内的蒸气冷却，变为冷凝水。蒸气冷却后形成的真空可以用于将水从水井中抽吸上来。吸上的水充满蒸气储罐，随后通过排水阀排出。随后蒸气再次通入储罐，重新开始下一个循环。
主要问题是压力不好控制，一旦压力过大，就容易爆炸，文思院已经出了几次事故了，科道对此也有很大的意见，但是都被朱载坖压下去了。朱载坖继续支持朱载堉的研究，不惜工本，也不惜官爵，朱载坖能够做的就是这些了，在视察文思院的时候，朱载坖都将皇长孙朱常瀛待在一起，还命令文思院的官员们为他讲解相关的知识和原理，对于小孩来说，这些东西远比之乎者也要有趣多了。
虽然讲官们多次抗议，但是朱载坖根本不为所动，爷的孙子爷做主，指手画脚就入土。