不光是预防措施，更重要的是相应的药品，翰林医官院也确实是研究出了几种药材，对于这些烟瘴所致之病有效果，首先就是金鸡纳霜，这种树是从西洋带来的，朱载坖命令在海南、台湾等地大量的培育、种植，现在已经有一定的数量了，金鸡纳树的树皮可以治疗疟疾，不过现在大明的金鸡纳树海不多，所能够提供药物也确实是不多，除了金鸡纳树之外，还有就是青蒿了。
青蒿清虚热，除骨蒸，解暑热，截疟，退黄之功效。常用于温邪伤阴，夜热早凉，阴虚发热，骨蒸劳热，暑邪发热，疟疾寒热，湿热黄疸等病症，能够治疗疟疾，葛洪就认为：“青蒿一握，以水二升渍，绞取汁，尽服之。”可以治疗疟疾，而且青蒿在大明并不算什么名贵的药材，但是经过翰林医官院的试验之后，青蒿的花叶才有治疗疟疾的效果，所以在朱载坖的指令之下，朝廷开始大量的储备青蒿，为征讨安南做准备。
除此之外，还有一种药物也受到朱载坖的重视，就是止泻药，军中最常见的疾病就是腹泻，不仅仅是疟疾、痢疾这样要命的疾病，就是寻常的腹泻，也是非常之多的，所以止泻药是朱载坖很重要的，浙江湖州所产之胶岭石，经过水飞炮制之后，可以作为良好的止泻药，翰林医官院在缅甸试用之后效果是不错的，朱载坖也命令大量的储备以保证军需。
除此之外就是要准备大量的雄黄、硫磺、石灰、明矾等驱虫净水的物资，官军也要严格纪律，保证良好的饮食习惯，否则的话，疫病还是很有可能在军中爆发，朱载坖还命令准备大量的烈酒，主要是配给于随军的军医用以消毒防止伤口感染的。
同时由于安南多雨，相应的雨具也要予以配发，朱载坖很清楚这些所谓瘴疠很重的地区，往往是积水和丛林同时存在的地方，官军要想平安的通过这些地方，就要准备大量的石灰、雄黄、硫磺等物资，同时将这些地方的积水排干，杀灭蚊虫，具体的办法翰林医官院在缅甸都已经试过了，确实还是有效果的，朱载坖早就命令翰林医官院准备相应的药材，同时培训士卒们的为生习惯，防止军中疫病的流行。
当年大明之所以饮恨安南，主要还是后勤问题，安南时叛时降，阴晴难定。 官军后勤供给是个大问题， 从广西运粮到安南， 需要经过涉鸡陵、隘留、丘温、凭祥、龙州、太平等地，这些都是有名的瘴区。运送给养的士卒往往死伤惨重，同时安南人还伏击官军的后勤，导致官军后勤困难，这也是一个重要的问题。
当然，最关键的就是从张辅之后，官军的将领没有张辅这样的能力，用后人评价的话说就是：“蛮疆险远，易动难驯，数年之间叛者数起，柳升以轻敌丧师，王通以畏怯弃地。虽黄福惠爱在交州，叛人心折，而大势已去，再至无功。交址内属者二十余年，前后用兵数十万，馈饷至百余万，转输之费不与焉，至是弃去。官吏军民还者八万六千余人，其陷于贼及为贼所戮者不可胜计。而土官向义者陶季容、陈汀之属，乃往往自拔来归。”
对于大明来说，在安南的失败确实是严重挫折，使得大明国威沦丧，在南洋藩属中的威信大大的降低，更加重要的是，给了安南一种错觉，就是大明也不过如此，这也是后来安南之所以敢于屡屡挑衅天朝的重要原因。朱载坖不准备惯着安南了，在有生之年，不把这帮猴子的猴脑打出来，他这个皇帝也就别干了。
朱载坖要收拾安南，已经是摆在明面的事情了，朝廷官员是都很清楚的，甚至于安南人自己也很清楚，所以安南人这次选择支持广西的叛军，就是要延缓大明动手的时间，好能够提前有所准备，但是朱载坖迅速调遣官军平叛，同时派出倭人来袭扰安南，离动手的时间已经是越来越近了。
通过前线的战报，朱载坖已经了解到官军在广西进展还是比较顺利的，这次官军按照朱载坖的旨意残酷的镇压了这些叛军，这是朱载坖很少见的行为，一般情况下朱载坖并不会要求官军赶尽杀绝，但是这次情况不同，这些瑶人屡屡所乱，朱载坖已经无法容忍他们，而且和安南勾结，这无疑触犯了朱载坖的忌讳，而且朝廷征讨安南在即，一旦这些瑶人再次作乱的话，无疑会严重的影响朝廷征讨安南的计划，所以朱载坖采取的办法就是严加诛戮，以保证广西的安定。
而戚继光在详细的检讨了之前大明征讨安南的经验和教训，向朱载坖上疏道：“安南小丑，负固不庭，天讨所加，宜有长算。是役也，大率以兵为先，食次之。兵食既足，然后建瓴而下，机在我矣。往年王师薄伐，集诸路兵约八十万人。今用其半，亦当得四十万人，而两广之兵八万万人，滇、黔、缅甸之兵约一十万人，水师之兵二万，江西、闽、楚三省之兵可调者曰七八万人。而土官之调度为难，所宜激以讨贼之义，宣以诛赏之条，俾慑威衔惠，自奋于捶策之下。而又简其酋长之忠义有为者，以赤心付之，无后时而缓，无先时而急，而我执其中权，乃有济也。”
戚继光随后说道：“夫兵马未动粮草先行，师四十万人，大约日食六千石，旬日倍之，秣无与之。加之征讨百需，未克时日，即当以禾黍之策，慎替运之方，谨贮宿之地，重出纳之司。官无蠹赀，民无耗财，吏无丛奸，斯善策矣。然后议择地利，分道出师。两广、滇黔之兵为正兵，海上之兵为奇兵，缅甸、暹罗、占城之兵为疑兵，如此正奇并用，虚实相继，安南必破也！”