对于朱载坖来说，既要利用这些行商为朝廷发挥在征收赋税等方面的作用，从另一方面来说，也要对于他们进行限制，朱载坖很清楚这些行商们并不是什么好鸟，朝廷要是不及早动手的话，这些行商做大，朝廷就不太好收拾了。
这点朱载坖是很清楚的，于是朱载坖命令对于现行进出口关税予以重新修订，主要是对于一些高价值和奢侈品要增加赋税，对于大众货物要采取降低赋税以促进出口的政策，除了这些问题之外，朱载坖认为现有的行商人数太少，容易形成垄断。
所以要增加行商数量，同时对于货物的估价，也不能够由行商一手操办，朱载坖认为应该在海关所在地方，由各行各业公推经验丰富的商人，然后组成专家团队，随机抽取之后对这些货物进行公允的评估，同时对于进口货物的存放和发卖，也要予以改进。
现在的制度是将进口货物的存放、估价、税款的缴纳交给行商，这样必然存在夹带的可能性，尤其是珠宝等贵重和高价值的货物，在这种情况下走私的概率是极大的，所以朱载坖命令在上海港建设海关监管仓库，进口、出口货物都要先存放于此，经过海关的查验并且征缴关税之后，才能够验放通关。
对于估价和征缴赋税的办法，也要予以改进，除了之前的洋商直接将货物打包卖给行商之外，洋商也可以自行聘请翻译，向海关分司申请核定价格，缴纳赋税之后，然后自行发卖，对于两种办法，海关分司都可以准允。
同时对于行商，也要加大赋税的征缴力度，现在实行的是包商制度，即行商们向朝廷缴纳一笔银子作为垄断外贸的费用，然后就可以垄断对外贸易，看似每家行商向朝廷缴纳三十或者五十万元的费用，为朝廷贡献了一大笔财富，但是其实他们通过垄断外贸，赚取的利润不可胜数，这点不光是朱载坖，海关的官员们也是很清楚的，尤其是在出口中，这些掌握了定价权的行商们所赚取的利润是非常丰厚的。
朱载坖召集臣子们，商量应该采取什么办法对于这些行商们加以征税，行商们掌握了专卖权，朝廷要想从他们手中榨取银子，还是要从专卖权谈起，朱载坖和庞尚鹏等精于财赋的臣子们商量之后，决定实施拍卖制度，也就是拍卖行商名额，按照每个港口的吞吐量和关税，设定相应的行商数量，在户部、地方督抚和海关分司、锦衣亲军官校等人的监督之下，对于这些行商资格予以拍卖，三年一期，价高者得，这样的话能够保证朝廷的赋税收入，也使得行商团体不能够做大，保证行商的势力始终在朝廷的约束之下。
同时少府监作为为朝廷、皇室经营商业的部门，自然也是要参与海上贸易的，不过朱载坖规定即便是少府监参加行商资格拍卖也要交钱，朱载坖的意图是很明显的，就是即便是少府监都要交钱，这些商贾，就是有天大的关系，还能够大过少府监吗？
除此之外，对于工商业和矿业的赋税也提上了日程，之前开放矿禁的声音就一直存在，朱载坖和内阁辅臣们认为开放矿禁弊大于利，所以一直没有在此事上动摇，仍旧继续维持了矿禁政策，但是随着大明的人口滋生和工业发展，对于燃料的需求是日益扩大，缺乏燃料这个问题就一直困扰着大明，这个时候再维持矿禁政策似乎已经是不合理了。
从各地官府的奏报来看，不管是纺织、陶瓷还是冶铁等行业，现在对于燃料的需求都是极为高的，传统的木柴已经根本不能满足大明的需求了。
以丝织业为例，在养蚕丝织的全过程中，都要消耗大量的燃料，养蚕就需要消耗燃料：“蚕之性子，在连则宜极寒，成蚁则宜极暖，停眠起宜温，大眠后宜凉，临老宜渐暖，入簇则宜极暖。”
桑蚕的产量和和温度的控制是有很大关系的，按照农桑官员的说法：“蚕成于一室之功，全赖此火出入，加减凉暖。用得其法，自然丝纩倍收。不论风雨清明、寒热昼夜，总要室中加减，一样温和。倘火候失调，则丝便减少，可不慎与。”
不仅是是养蚕的过程中要消耗燃料，在缫丝等环节中也要消耗大量的燃料，首先就是要煮茧，通过煮茧，蚕茧舒解，丝胶被适当膨润和溶解，茧丝相互间的胶着力减弱，有利于缫丝。缫车之下也需要放置炭火盆以烘干蚕丝，这样可以保证蚕丝色泽纯白。
不仅如此，丝织行业所用的燃料还有很高的要求，据朱载坖考察东南的丝织行业发现：“凡供治丝薪，取极燥无烟湿者，则宝色不损。”在丝织行业中要尽可能的使用干柴或木炭以减少烟气，因为丝一旦遭烟熏，颜色就会受到影响，极大的影响丝绸的价值。
除此之外，练漂与染色这两个环节也要使用大量的燃料，因为要用到草木灰等原料，对于木柴的消耗是极大的。这点朱载坖是很清楚的，而现在丝绸是大明的重要出口物资，丝织行业的发展必然就会导致燃料消耗的大量提升，而陶瓷、茶叶、冶铁等工业的发展，就更加离不开燃料的供应了，现在大明对于燃料的需求与日俱增，还是仅仅依靠木柴的话，是远远不足以满足大明的需求。
由于燃料不足，价格飞涨，导致这些行业的发展都或多或少的受到了影响，所以之前就有很多官员上疏，请求取消矿禁政策，解决大明现在的燃料问题，对于这些问题，朱载坖并没有立即作出决定，而是在实际考察了解情况之后再作出决定，作为大明现在最发达的地区，苏松对于燃料的需求是巨大的，而且苏松缺乏煤矿，这些使得木柴价格飞涨，不要说生产，连百姓的生活都要受到影响。