在建立完善的军事教育之后，就是对于现有的武官和朝廷的军事指挥体制予以调整了，之前在朱载坖的主持下，对于大明官军建立了两套指挥体系，第一套是对于镇协官军的水师的，由练兵军务处予以指挥，包括总理水师衙门等，有关于镇协官军的指挥、调度，都是通过练兵军务处来负责实施的。
而第二套指挥体系就是兵部、五军都督府所领导，对于地方各都司卫所的官军进行管理的指挥体系。
朱载坖首先对于镇协官军的指挥、管理体制进行了改革，和张居正之前所担心的一样，朱载坖一样认为现在总兵、提督的权力过重，基本上对于指挥是一言堂，这点显然不是朱载坖所需要的，随着大明官军的火器化程度逐渐提升，对于官军来说，所需要的技术水平也就更高了，尤其是炮兵等兵种，需要军官们有良好的计算能力，而且后勤的重要性也上升了。
还有各军兵种之间的配合，平时对于士卒训练的监察等等，这些事情，总兵、提督等不可能一人就干了，所以相应的专业军官和官军的内设机构也要加以组建。
官军的主要作战单位是镇，镇也是官军遂行攻防的基本单位，所以说朱载坖的改革方向也主要是从镇开始的，在每镇设立三个下属机构，其一，参谋司，其下有军务、作训、机要、通讯、情报、侦察等下设机构，主要负责官军的日常训练、调度、作战计划的制定与执行；其二，后勤司，负责官军的后勤保障，军粮、军饷以及军器、甲胄、装备、弹药的发放、储存、运输和计划；其三，镇抚司，主要负责整肃军纪，训练监察，对于士卒的教育，反间防谍，对于各级军官的监察等。
这些专门机构负责协助总兵、副将、参将等官军高级将领们处理军务和军队日常事务，实现军队的专业化，同时这些机构的主官等由朝廷任命，即便是总兵、提督等大将，也只有建议权，而没有决定权，尤其是镇抚司，负责监视各级将校，整肃军纪，执行军法，直接对皇帝负责，镇抚司的急递直接通过锦衣亲军的呈递给皇帝，加强朝廷对于边镇的控制。
同时也要通过后勤对于边镇大军予以控制，在新的体制之下，后勤司负责官军的后勤事务，每季度向练兵军务处和所在地总督汇报官军的粮秣、弹药、军器等消耗情况，总督等大员也要随时检查官军的战备情况，朝廷也会责成卫尉寺对于官军的粮饷、弹药、军器储备情况予以掌握，尤其是军器和弹药的储备，既要保证官军的日常训练和作战，也要保证不能对朝廷构成威胁，这点是很关键的。
除了对于镇协官军进行改革之外，都司卫所也是朝廷的的重点改革方向，首先就是五军都督府，作为卫所的最高管理机构，分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。本来权力是很大的，但是在土木之变后，兵部逐渐侵夺五军都督府的权力，在朱载坖即位之后，五军都督府的权力得以加强，但是仍旧受到兵部极大的制约。
朱载坖首先要调整的是五军都督的管辖范围，最开始五军都督府分领各都司是不按地域划分的，但是后来发现这样确实是不便，所以不久就调整为以地域为主体的隶属关系。大致是后军都督府———华北各都司、行都司、左军都督府———华东／东北各都司、右军都督府———西部各都司、前军都督府———华南／华中各都司、中军都督府———河南／徐州以南杭州湾以北各都司和留守司，除左军都督府辖区被中军都督府下南京以东各卫所切断外，其它都督府所辖都司的地域性很强。
但是这样的调整朱载坖仍然认为不够完善，首先是各都督府和各都司距离太过于遥远，都督府根本无从掌握各都司、行都司、留守司的实际情况，朝廷将五军都督府全都留在京师，固然是便于朝廷直接掌握军队，但是也是使得各都督府和分领的都司卫所之间极为陌生，根本无从了解实际情况。
所以朱载坖决定，调整五军都督府的建制，要设立行都督府或者都督府分司，派遣到所管理分领的各都司的地面上去，直接管理所辖各都司卫所，朱载坖在和臣子们商量之后，决定设立行五军都督府，各行都督府以右都督为长官，分驻辖区，对各都司实施就地管理，左都督仍旧驻京师。不仅仅要设立行五军都督府，还要以地域为划分，将各都司、行都司、留守司等归都督府管理，加强朝廷对于卫所的管理。
按照地域划分，行中军都督府驻开封，管辖京师不属于亲军诸卫的各卫所，和中都留守司，河南都司、山东都司，再析分原湖广都司为湖南都司和湖北都司，还有兴都留守司。
行前军都督府驻节大宁，管辖辽东都司、吉林都司、大宁都司、山西都司、万全都司、宁夏都司。
行左军都督府驻节西安府，管辖山西都司、甘肃都司、青海各卫所、四川都司、贵州都司。
行右军都督府驻节杭州府，管辖浙江都司、福建都司、福建行都司、南直隶各卫所和南京不属于亲军诸卫的各卫所。
行后军都督府驻节广州府，管辖广东都司、广西都司、云南都司、缅甸都司。
各行都督府主要主要负责对所管辖各都司卫所予以监察，督促他们切实屯垦戍边，同时保障脱产士卒的军事训练，对于他们的军事训练予以考核，对于发现的不称职的卫所军官，行都督府右都督可以直接行文在京师的都督府，予以罢黜或者进行题参。
同时作为动员机构，掌握军余子弟的数量，世袭军官受训考核之后的分配等事务，都要由行都督府负责管理。