朱载坖以上谕的形式明确表达了自己对于安南的态度，朱载坖对于安南是极为厌恶的，安南从来就对大明不恭顺，那大明也要还以颜色，不仅仅是要断绝和安南的朝贡关系，更重要的是所有大明的藩属都不能和安南进行贸易，否则就要受到大明的严惩。
而大明下达绝贡诏书之后，暹罗、占城等大明藩属纷纷上疏表示愿意听从大明的命令，断绝和安南的各种贸易，暹罗他们对于安南确实是早就不能忍受了，安南也是个侵略成性的货，周边国家都对他比较反感，朱载坖还命令在缅甸、云南、广西修筑道路，各镇总兵要加强官军训练，听候朝廷的命令，准备进剿。
而太子朱翊釴也护送端王抵达了南京，开始休整。按照朱载坖的诏书，这次朱翊釴除了护送端王之国以外，还要巡视各地，祭祀孝陵，这也是重要的任务之一，所以到了南京之后，朱翊釴立即斋戒，准备祭祀孝陵，朱翊釴恭代朱载坖祭祀孝陵和懿文太子陵，对于懿文太子陵，以往都是被忽略的，但是从朱载坖即位以来，不管是自己亲自祭祀，还是遣官代祭，都要专门提及懿文太子，对他加以祭祀。
甚至在编撰国史的时候，将懿文太子的形象也要加以树立，这其实是朱载坖的一个小心思，通过拔高懿文太子的形象，和少帝即位之后的骚操作，两相对比，就可以得出他们父子两人的能力差距，因为如果朱载坖在国史中明目张胆的对少帝加以贬损，后世肯定有人会说这是为了证明成祖的合法性才这么编造的，但是用懿文太子的话，就不会有这种顾虑，所以朱载坖可以提高了对于懿文太子的祭祀规格。
而在祭祀完毕之后，朱翊釴照例听取南京官员们的汇报，首先自然是督师南京大学士沈鲤前来拜见，向朱翊釴汇报了东南相关的情况，朱载坖在朱翊釴走之前也和他深谈了一次，其中就谈到了朝廷对于东南的治理策略，从迁都以来，东南对于大明朝廷的离心力就越来越强了，之前的大规模拖欠朝廷赋税就是一个很典型的表现。
这也是朱载坖即位以来，多次在东南掀起大狱，严厉打击东南的豪强士绅的主要原因，在朱载坖看来，朝廷要想加强对于东南的控制，首先就是严厉打击这些所谓的豪强，把他们打怕、打服，同时加以分化瓦解，对于愿意帮助朝廷的，也绑上朝廷的战车，比如松江徐家，在朱载坖的扶持之下，已经成为东南棉纺织业的巨头，每年的收入是极为惊人的，而且可以得到来自朝廷的大量订单，对于徐阶来说，他们是从朝廷获得了极大的好处的，徐家也是朝廷所树立起来的一个榜样，通过徐家，朝廷展示的态度就是愿意服从朝廷的，朝廷也会给予相应的好处。
在朱载坖这么多年的打击和拉拢并用之后，东南的这些巨室豪门至少明面上是不敢和朝廷作对了，朝廷的威信再次重新再东南树立起来了，但是朱载坖很清楚，仅凭这套办法，虽然可以暂时安定住东南，但是不是长治久安之道，朝廷虽然以绝对的实力重新再东南建立起了管理机构，但是对于东南来说，最重要的就是要控制教育。
东南文风鼎盛，教育发达，是大明文化最发达的地方，每科取士，东南的生员、举子们也确实是表现不错，正因为如此，朝廷对于东南的文教才要更加上心，朱载坖对于所谓的书院、讲学，一向是极为反感的，他们往往整一些惊世骇俗的言论，还有就是通过讲学聚敛人气，造势，甚至是借所谓的士林清议，操控舆论，影响朝廷决策，这都是朱载坖极为厌恶的。
所以朱载坖在后来，实施了将全国书院统一官办，由朝廷任命教谕、学官等加以管理的措施，目的就是管束这些生员士子，使得他们安心学习，不要去议论这些国事，朱载坖这次派遣朱翊釴来巡视，学政也是一个十分重要的问题，南直、浙江等处，书院甚多，尤其是南京，大明陪都所在，一向是文人墨客所聚集的地方，朱载坖要求朱翊釴了解这些书院的情况还有这些生员的动向，为朝廷后续的政策提供数据支持。
对于东南的这些生员士子，沈鲤也是极为头疼的，东南文风鼎盛，文人众多，但是朝廷取士数量是一定的，据沈鲤的统计，对于东南各省的生员们来说，最痛苦的不是会试，而是乡试。乡试的录取率远远低于会试。生员要参加乡试，必须要跨越一道门槛，即科考，科考就是在乡试之前举行的一场资格考试，一般由学政主持，通过率很低。以南直隶丹阳、金坛二县为例，丹阳在学的生员有130多人，但是乡试给出的名额仅有28人；金坛在学的生员有110多人，乡试的名额仅有22人。
在参加乡试的生员中，录取率大概是三十分之一，沈鲤说道：“殿下，乡试率三岁一试，合一省数郡之士，群数千人而试之，拔其三十分之一，升其得隽者曰举人，又合数省所举之士，群数千人而试之，拔其十之一，升其得隽者曰进士。”
算上科试的录取率，乡试的录取率是低于百分之一的，尤其是在东南，竞争更加激烈，张居正担任首辅之后，更加严格了乡试的录取规定，张居正在奏请朱载坖之后，颁布规定：“遇乡试年份，应试生儒名数，各照近日题准事例，每举人一名，取科举三十名，次外不许过一名。两京监生亦依解额，照数起送。有多送一名者，各监试官径行裁革，不许入场。”
这就导致东南有大量的无所事事的文人，虽然朝廷开设吏员考选等途径，试图扩大这些生员的谋生就业，但是在东南的效果是一般的。