因为朝廷实行了海漕并举之后，漕粮的主要部分是从松江府起运通过海运到天津的，原本的漕运地位降低，朝廷对于运河的投资肯定是会减少的，但是朝廷也做了相应的补救措施，因为运河现在仍然是沟通南北的重要手段，所以朝廷命令在运河上设立钞关，提高运河的过路费，然后从钞关税收中拿出一部分来作为修河费用。
但是现在看来，这部分费用显然没有落到这些修河的百姓手上来，因为就朱翊釴的巡视所见，山东各州县仍旧是采取佥发的形式直接征调百姓来修河，这就导致百姓缴纳了折色赋税，却还要被拉来修河，不过地方官府也不敢做的太过，倒是管了饭，朱载坖得知消息之后立即将命令都察院查察，对于这些贪官污吏，绝不姑息。
同时朱载坖命令朱翊釴先赴 南京，祭拜孝陵之后先送端王之国在巡视浙江等处。
没了朱翊釴的帮助，朱载坖的工作量就变大了，基本上都是在文华殿批阅奏疏，每晚都要到深夜才能够结束。朱载坖最近比较关心的是有关安南的事情，据两广总督殷正茂奏报，安南都统司现在不是黎朝的对手，很多黎朝旧臣或隐匿山林，或逃往外国，或隐名埋姓，归之者寥无几人。更有慷慨激昂之士，因痛恨莫氏奸恶行为而聚集义士，起兵攻伐，面对黎朝的反攻，安南都统司根本无力招架。
据殷正茂的奏报，安南黎朝僭越帝号，封翼郡公郑松为都将，节制各处水步诸营，兼总内外平章军国重事太师、谅国公。凡阃外兵权，国家事务，谋略筹划，远近封拜，皆得便宜裁决然后奏闻，郑松也在积极谋划消灭莫氏和安南都统司，虽然大明已经多次予以干预，但是郑松根本不为所动。
殷正茂在奏疏中说：“黎莫交构已久，未揣存绝，先年姑待莫登庸不死，许备藩篱。一旦遽称郑松假称黎氏，迫逐敦让亡命至此。查得莫茂洽若果被害，敦让系彼尊属，或惧及祸。但既称莫敬邦与郑松交锋未决，因何先事告急，能无他虞？兽穷则斗，蓦近内境，能无惊扰？”
殷正茂担心的是安南的内战影响到大明的两广，而且黎朝来势汹汹，看来极不恭顺，所以殷正茂请求朝廷早做处断，朱载坖在收到了殷正茂的奏疏之后，连夜详细查看了相应的情况之后，第二天就召集重臣们商量此事，对于安南的事情，一部分臣子认为应当镇之以静。
次辅张四维就说道：“陛下，蛮夷易姓如弈棋然，不当以彼之叛服为顺逆，惟当以彼之叛我服我为顺逆，斯机权在我，无庸以蕞土而遽兴兵。顾维潭将恢复是图，而茂洽故职方之贡臣也，倘如先朝故事，命大臣致讨，听其款关请罪，比诸漆马江，以不翦莫祀。”
张四维的意思很明确，就是仿效嘉靖年间对安南的处理方式，威吓黎朝纳降请封，并给予莫氏一定的保护。
但是首辅张居正、兵部尚书徐渭等人并不是这么认为的，这次安南已经触碰了大明的底线了，不仅仅是在国内僭越帝号，更重要的是在和两广总督殷正茂的文书往来之中，擅自加盖安南国王金印，这对于大明来说是绝对不能容许的，徐渭也是这么认为的。
徐渭说道：“陛下，彼辈擅用金印，僭称帝号，叛逆昭然，如不早加剿除，必成后日之疆患也！”
这点朱载坖也认同的，这帮猴子确实不是什么好东西，但是现在京广直道尚未修通，朝廷又在准备征讨土蛮，大明不可能两线准备大战，这点朱载坖还是很清楚的，但是现在黎朝已经非常之嚣张了，对于大明的再三警告，置若罔闻，加紧对于莫氏的进攻，如果大明没有反应的话，天朝的威严何在？
张居正的建议了一面加紧修通京广直道，另一面在两广囤积粮秣等战争物资，还要威慑黎朝，明确传檄黎朝：“恭顺则臣妾、叛逆则俘虏。”
对于张居正的建议，朱载坖认为是可行的，但是朱载坖认为光放狠话对于黎朝是不怎么管用的，因为黎朝始终有些轻视大明，他们认为当年能够将官军赶走，是因为他们善战，所以一向不怎么恭顺，朱载坖认为必须要给黎朝一点颜色看看，同时又不能扩大战事，毕竟大明的缅甸和安南相邻，现在还没有准备好。
蓬莱侯戚继光说道：“陛下，可否动用水师？”
朱载坖让戚继光详细阐述他的方略，戚继光的看法很简单，如果调动官军的话，很容易扩大事态，而且兵马调动，粮秣转运，耗费不菲，朝廷要的是展示武力，威慑安南，那么水师就是很好的手段，安南国土狭长，重要的城市都在沿海，而且安南水师和大明水师相比，约等于没有，动用水师是最安全稳妥的。
朱载坖同意了戚继光的建议，命令戚继光和练兵军务处、水师衙门一道确定方案，然后传令南洋水师执行即可。
戚继光查阅地图和海图之后，很快向朱载坖上疏了，他建议炮击安南的清化，因为这里是伪黎朝太祖黎利的故乡，也是现在安南黎朝的东都，地位重要，而且临海，便于官军发扬火力，而升龙府在红河三角洲西北部，红河与急流江的汇合处，距河口二百里，不便于水师炮击之后撤走，炮击清化既能够展示大明的实力，也能够将事态控制在最小范围内。
同时朱载坖还明确下诏，对安南绝贡，朱载坖诏令礼部及相关地方督抚：“绝安南国朝贡。”
朱载坖在诏书中明确说道:“大明统一万方，天子文武圣神，以仁义礼乐君师亿兆，故凡华夏蛮貊，罔不尊亲。际天极地，举修职贡。自生民以来，未有如今日之盛者。蕞尔安南，凶顽成性，殊未革心，前后表闻，类多不实。每怀诡诳，罪极难宥，朕严旨再三，口云从命，侵凌不止。积其奸恶，尝包祸心，盖天攸弃，岂宜驯养。自今已后，勿听朝贡。”