朝廷准备修订诸司执掌，还有确定朝廷和中央权责之后，不管是朝廷各部院还是地方官府对此都开始予以讨论了，和朱载坖之前所料的一样，对于朝廷和地方的权责问题，发生了激烈的冲突，主要的争端还是要钱粮问题上，不少地方大员们认为，朝廷将地方的钱粮控制的太死，地方力量不足。
很多督抚都向朝廷上疏陈述这个事情，因为自从实行新政以来，地方官府的规模扩大，所要供养的官吏数量也急剧上升，再加上朝廷实施考成法，对于地方官府的考成提出了很多的项目，现在的地方官府，不仅仅要征收赋税，还要负责安定地方，修缮道路桥梁，兴修水利，赈济灾害等很多事项。
而朝廷对于钱粮控制的太死，财政收入的大头海关关税、钞关税收等都是由朝廷直接掌握，并不给地方分润，现在还要将原本和地方分润的部分盐税收入也全部收归朝廷，这就使得地方的财政收入更加减少，州县财政更加困顿，所以很多督抚大员都向朝廷上疏，认为朝廷将地方的财权控制的太死了，而现在州县要用钱的地方又太多，州县困难，难以行政，请求朝廷在财权上予以放松。
收到这些奏疏的朱载坖并没有立即作出回应，而是命令户部先详细调查，查看地方的主要财政支出情况，还有就是现在地方的主要收入来源，是否能够满足地方的主要开支这个问题。
而现在朱载坖要处理的就是私盐问题，看了王锡爵的奏疏之后，朱载坖命令召首辅张居正、东阁大学士王锡爵、户部尚书王国光、刑部尚书王世贞、刑部尚书提督巡检总署郑洛、户部左侍郎总理盐政庞尚鹏等人到文华殿来，主要就是为了商量处理私盐这个问题。
朱载坖首先将王锡爵的奏疏给诸位重臣们传阅，然后问道：“现在大明私盐猖獗，朝廷虽厉行严禁，始终不绝，何以制之？”
对于这个问题，其实朝廷也确实是想了不少办法，但是收效甚微，朱载坖这次来就是为了处理此事的，和之前朝廷打击私盐的办法不同的是，朱载坖这次决定先算出大明一年应该有的盐税是多少，得益于朝廷的摊丁入亩和清丈户帖制度，在朝廷的大力清查之下，刑部巡检总署已经核实了大明现在的人口，按照刑部巡检总署的统计，大明户帖上的人口数量是九千七百余万人，朱载坖认为这个数字肯定是大大的少于实有人口的，肯定还是有大量的人口被隐匿了，不过比之之前的六千多万的数据还是还是要真实的多了。
朱载坖的想法很简单，就是按照这个人口数字计算出大明朝廷应当征收的盐税数额，王国光、庞尚鹏等人都是老于财政的，他们很快就计算出了按照这个人口数量大明朝廷每年所应得的盐税应在四百万以上，而实际上现在大明朝廷能够收到的盐税数额是多少呢？
朝廷的各地的盐税总数，不过一百六十万，其中直接解入太仓的只有一百一十万，也就是说，即便是按照朝廷这个缩水的人口统计，朝廷的盐税也已经流失了三分之二，还有他们没有被登记到户帖上的呢？他们也是人，一样要吃盐的，是可忍孰不可忍！
朱载坖说道：“朝廷盐税流失大半，诸位作何看法啊？”
作为总理盐政的庞尚鹏当即请罪，作为总理盐政，盐税大量流失，他肯定是难辞其咎的，不过朱载坖也很清楚，此事错不在庞尚鹏，大明盐政，积弊极深，不是一时半会能够处理的，现在的问题，就是要严厉打击私盐，保证朝廷的盐税不流失。
对于私盐，大明一样也是严厉打击的，按照大明律规定，凡贩私盐者杖一百徒三年；若有军器者加一等，拒捕者斩。同时还规定，买食私盐者杖一百，转卖者杖一百徒三年；若有军器者加一等，拒捕者斩。但是现在看来，这样的法度已经不能禁止私盐了。
朱载坖于是对刑部尚书王世贞说道：“刑部要行文各州县，严厉打击贩运私盐的，运输与贩卖同罪，将走私、制造、贩卖、运输私盐四个罪名统一入罪统一量刑，凡有军器者，不问多少，斩立决，妻子流放极边，同时提高走私、运输、制造、贩卖私盐的量刑幅度，拿获就流三千里，超过一引就斩立决，而且连坐家人。”
朱载坖就不信了，这些私盐贩子都是孙猴子转世的，一个个无父无母，无亲无友的，朱载坖就是要用连坐来震慑他们，同时对于王锡爵所说的打击武装贩卖私盐一事，朱载坖认为也确实是必须要做的，这些武装贩卖私盐的团伙，对于大明来说威胁是最大的，必须予以建立剿灭。
朱载坖命令将驻扎在南京的操江水师升格为长江水师，同时以南京兵部尚书参赞机务加南京左都御史衔总督操江，同时将原操江水师分为重庆水师、武昌水师、九江水师、南京水师和江防水师五镇，负责在长江上维护治安，打击私盐和走私，截断这些私盐贩子通过长江运输私盐的路径。
而在运河、钞关、直道上，则由巡检司和钞关负责查禁私盐，而且在地方上盐法道也要承担起查禁私盐的责任来，朱载坖和重臣们都很清楚，地方的衙役、巡检，对付一般的私盐贩子尚且能行，要是遇到武装贩运私盐的亡命之徒，他们还真不是对手，必须要借重于朝廷官军才行。
刑部尚书王世贞奏请，加盐法道整饬军务衔，准予盐法道调动一千以下的朝廷官军剿除这些私盐贩子，要是遇到大股盐枭，可以直接请求巡抚动用王命旗牌，调动驻防官军予以剿灭，对于私盐，朱载坖很清楚，只要先动用雷霆手段，将现在大明猖獗的私盐贩运给狠狠打击下去才行。