丰臣秀吉得知此事自然是暴怒，现在京都已经被大明所控制，之前本能寺之变，李如松以营救倭国国王为名，将倭国王室和一班公卿全都弄到越后之后，大明的安东都护府以倭国国王的名义要求倭国的这些大名们缴纳金银，名义上是为了重建京都，实则大部分都被大明弄走了。
而再次回到京都的倭国国王和公卿们，是在六千大明官军士卒的护卫下回来的，这六千大明官军士卒，以保护倭国国王的安全为名，就驻扎在京都不走了，由李如松亲自统帅，摆明了就是控制倭国国王和朝廷，不过对于这种事情，倭国国王和他的所谓朝廷已经习惯了，这几百年不是被所谓的幕府将军控制，就是各地的强势大名所控制，现在只不过把爹又换成了大明罢了。
对于倭国王室来说，被人控制已经正常状态了，但是大明这个爸爸显然是更好一些，朱载坖特地命令徐渭按照亲王的供给给倭国国王以相关的物资保障，赏赐各种物品、器具，同时严令安东都护府上下官僚要尊重倭国国王和这些所谓倭国的公卿们，虽然不能给他们以政治权力，但是在待遇上要充分保障，就当多养一个藩王罢了。
所以对于现在的倭国国王来说，跟着大明反而不错，至少大明在经济上对他们不错，而且大明足够保护倭国王室的安全，这点是很重要的，由大明官军驻守在京都，这些大名们不敢造次，对于倭国国王也恭敬了不少，因为倭国国王现在可是有向大明皇帝直接上疏的权力，要是他认为谁不恭顺，可以直接上疏大明皇帝，请求大明皇帝派遣官军予以征讨，所以大名们上贡各种物资、金银等都是十分的及时，对于倭国王室来说，这样就挺好的。
但是足利义昭现在也跑到京师去了，对于丰臣秀吉来说就是十分的不利了，因为丰臣秀吉原本打算将足利义昭弄到自己的地盘上，然后再想办法变成足利义昭的养子，混到一个武家出身，对于丰臣秀吉来说就算完美了，没想到大明突然横插一手，将足利义昭接到了京都，这就使得丰臣秀吉很难办了。
现在足利义昭已经到了京师，丰臣秀吉再搞他之前想的那套东西显然是不可能了，但是这还不是对于丰臣秀吉来说最可怕的事情，丰臣秀吉很清楚，大明不可能无缘无故的就突然来讲足利义昭控制了，要知道足利义昭现在也就剩个将军的名号了，虽然有不少大名还支持他，但是他一没有地盘，二没有军队，能有什么价值，大明突然将他弄到京都来，很显然是得到了情报才行动的。
而丰臣秀吉很清楚，能够掌握这么机密的情报，又有能力直接和大明联系的上，就只有丹羽长秀了，这使得丰臣秀吉极为愤怒，感到自己被背叛了，当年柴田胜家、泷川一益、织田信孝等重臣纷纷明确反对秀吉，只剩下丹羽长秀一人支持秀吉。
那时的丹羽长秀并非是加入秀吉旗下，而是以前辈的姿态出现，并且与反丰臣秀吉派的胜家、一益等保持友好的关系。如果此时织田家第二重臣丹羽长秀站在第一重臣柴田胜家一边，织田家的家臣们会纷纷投靠柴田胜家，打破了秀吉与胜家两方的平衡关系，织田家内战无可避免。然而秀吉的势力却迅速扩大，丹羽长秀逐渐陷入被动，最终也没能阻止织田家的内战，自身也沦为丰臣秀吉的臣子。
丰臣秀吉认为丹羽长秀是背叛自己，准备兴兵讨伐，但是丹羽长秀早就已经逃到了越后，投靠的大明，丹羽长秀很清楚，以丰臣秀吉睚眦必报的性格，肯定是会报复自己的，所以丹羽长秀直接跑到越后，投靠了大明，对于丹羽长秀而言，他从来不认为自己是丰臣秀吉的家臣，他是织田信长的家臣。
丹羽长秀十五岁时出任信长的近习，并娶了信长的养女、其兄信广的女儿，嫡男长重迎娶了信长的五女，两代连续成为姻亲是其他织田家臣都没享受到的。丹羽长秀稳重的性格，深受信长的信任。当时他之所以支持丰臣秀吉，是因为不想织田信长的势力内讧，但是没想到丰臣秀吉现在已经控制了原来织田信长的势力，这是丹羽长秀所没有想到的，他对于丰臣秀吉已经不抱任何希望了。
之所以投奔大明，一方面是要保全自身，他对于丰臣秀吉是很了解的，丰臣秀吉虽然下作，但是聪明，大明控制住足利义昭之后，丰臣秀吉肯定能够想到风声是从自己这里传出来的，以丹羽长秀对于丰臣秀吉的了解，丰臣秀吉肯定是不会放过自己的，而自己的实力是不能和丰臣秀吉抗衡的，所以唯一的办法就是投奔大明，保全自己。
另一方面就是因为织田信长的嫡孙织田秀信在安东都护府那里，丹羽长秀想要保护织田秀信，所以他果断的携带自己的妻儿逃往越后，而得知丹羽长秀投奔的徐渭极为高兴，丹羽长秀不仅仅是织田信长的重要谋士，还是织田信长势力中难得文武兼备的人才。
丹羽长秀在织田家其实是与柴田胜家齐名的猛将，因此也被称作鬼五郎，丹羽长秀在军事方面上具有杰出表现。参加了织田家几乎所有的作战。在行政方面也颇有能力。负责确保各地的援军、补给的路线和战后处理。织田信长上洛后，曾与明智光秀、丰臣秀吉担任京都行政司代。安土城也是丹羽长秀负责修建的。
所以徐渭对他非常重视，亲自出来迎接，对于丹羽长秀给予高规格的接待，丹羽长秀也很清楚，徐渭之所以这么重视他，主要是因为他熟悉倭国体制和各大名之间错综复杂的关系，这点是现在徐渭的短板，丹羽长秀的投靠对于安东都护府来说是极大的好事。