对于张居正的看法，朱载坖也是同意的，大明这次是要大张旗鼓的征讨倭国，所以名正言顺是非常重要的事情，对于大明来说，对于一个属国大规模用兵，在理由上必须是说的过去的，还有就是倭国远在万里之遥，后勤粮秣的补给肯定是非常重要的，兵马未动粮草先行，户部和相关衙门肯定是要立即制定相应的计划，准备向安东都护府转运各种粮秣。
廷议的绝大部分臣子都赞同徐渭的主张，对丰臣秀吉大举用兵，朱载坖随即决定对倭国用兵，同时根据张居正的请求，还是要让倭国国王向大明上表请求天兵才行，毕竟该走的程序还是要走，名不正则言不顺嘛。
而朱载坖也将严世蕃、王直等召回京师，严世蕃仍旧负责军器监、造船和文思院事务，王直升少府卿负责在倭国伪官军筹措粮饷，同时以对佛郎机的和议成功为由，严世蕃加太子太保、参赞军务大臣，王直加太子少保。
在廷议之后，朱载坖和阁部，以及参赞军务大臣们一道商量对倭国用兵的事情，对于倭国用兵，朱载坖并不担心官军的战斗力，现在安东都护已经和倭国军队多次交手了，倭国军队是什么水平大致也有些了解了，吴惟忠、李如松都是当世名将，收拾这帮倭人并不是什么难事。
关键的问题是如何保障后勤和朝廷要达到什么样的目的，毕竟安东都护府和大明的联系都是通过海运，现在朝廷虽然在佐渡岛上屯垦并且开发佐渡岛上的金银矿，但是要大规模用兵倭国，肯定是要增兵增饷的，徐渭要求朝廷再增兵三万，使得安东都护府的兵力达到八万之众，然后加上一些倭国仆从军，总兵力可以达到十五万，绝对足够镇压倭国的大名了。
朱载坖当然是同意了徐渭的要求，调神机营和五军营一部加上金吾前卫、腾骧右卫共计三万，驰援安东都护府，同时调拨相应的粮秣，为了征讨倭国，朝廷在朝鲜的釜山设立了庞大的后勤仓库，用以转运物资，现在为了向安东都护府转运粮秣，不仅大明要雇佣百姓，也要动员朝鲜的百姓，帮助大明转运粮秣，朱载坖命令驻朝大臣晓谕朝鲜国王，要求朝鲜官府配合大明东征。
而在倭国，大明和丰臣秀吉的关系也基本上算是彻底破裂了，原本足利义昭和织田信长是尖锐对立的，但是现在在毛利辉元的调停下了，足利义昭缓和了和丰臣秀吉的关系，丰臣秀吉的想法是足利义昭继续担任有名无实的所谓将军，而丰臣秀吉自己则担任关白兼太政大臣，也就是倭国的宰相。
但是在倭国，要想位极人臣，还是要当将军的，但是要当将军，必须是武家出身才行，所谓武家，就是指武士系统的家族、人物，与“公家”相对。其核心是平氏和源氏。武家是从在古代公家的领地、庄园中负责武备警卫的家族发展而来，原是为公家所统治的阶层，后逐渐壮大，实质性地把持了倭国政权，继而建立了镰仓幕府，公家则被傀儡化。随着武家完全掌握了权力的中心，征夷大将军成为倭国的实权人物，而要想担任将军，就必须得是武家出身。
而丰臣秀吉是什么出身？没有出身，他父亲木下弥右卫门是织田信秀的亲兵，自己连个姓都没有，想要当将军，在倭国基本是不可能的，所以说丰臣秀吉就像人足利义昭为义父，混上足利家的姓，好当将军，要是在大明，改姓那是奇耻大辱，一般人都不能接受的，吕布都没改姓董啊，但是在倭国这种人均道德水平负数的国家，改个把姓根本不是问题，丰臣秀吉更是改姓跟吃饭喝水一样。
所以丰臣秀吉是没有任何负担的，甚至为此已经派人和足利义昭接触了，但是被人偷偷的给泄露风声给徐渭了，是谁泄露的风声呢？丹羽长秀，作为织田信长最信任的家臣，在织田家的重臣中，柴田胜家和丹羽长秀是织田家的谱代重臣，池田恒兴是信长奶妈之子与信长如同兄弟，丰臣秀吉和泷川一益只算是后辈，织田信长死后，丹羽长秀就看出来丰臣秀吉不是个东西，为了保全织田家的血脉。
在本能寺之变后，丹羽长秀将织田信长的嫡孙织田秀信送往大明安东都护府，至少可以保全性命，而事情的发展也果然不出丹羽长秀的预料，在坐稳了位置之后，丰臣秀吉就家那个屠刀挥向旧主织田信长的血脉，织田信长的两个儿子织田信孝和织田信雄先后被杀，而现在丰臣秀吉更是想当将军，这是丹羽长秀所不能容忍的。
为了破坏丰臣秀吉的计划，丹羽长秀向徐渭密报了此事，而徐渭的反应也是非常之快的，在收到了朱载坖的旨意之后，当即命令李如松率领精骑，同时以倭国国王的名义迎接足利义昭到倭国京都去，之前在和织田信长的斗争中失败，所以足利义昭被逐出京都，寄居于毛利辉元的地盘。
足利义昭移驾到毛利辉元辖下备后国的鞆。 鞆是当年足利尊氏接受光严上皇追讨新田义贞院宣的地方，对于足利将军家可谓是有渊源的地方。 此后足利义昭在此地开设流亡幕府，史称“鞆幕府”。 足利义昭在鞆以备中国的御料所所进献的年贡，以及足利将军家任命京都五山住持所获得的礼钱维持生活，同时收到宗氏、岛津氏通过明倭贸易获得的财政收入，近畿、东海以外支持足利将军家的武家很多。
而大明官军又携带倭国国王的命令，重新请足利义昭回到京都，对于足利义昭来说自然是求之不得的好事，因为室町幕府和大明的关系是相对不错的，所以足利义昭高高兴兴的回到京都继续当将军了，得知此事的丰臣秀吉自然是暴怒了。