张居正当然是闻弦歌而知雅意，明白了朱载坖的意图，朱载坖从即位以来，对于大明朝廷的内外官制进行了重大的调整，但是大多是因事而设，如因为开海，设立海关总署衙门和相应的分司、缉私水师等部门，为了整顿盐政，而设立总理盐政衙门等，包括在地方设立的一系列官署，如巡检司，在县增设县尉等，比较零碎散乱。
而在制度层面上，朱载坖并没有将之形成律令，将其固定下来，因为当时的朱载坖还没有时间在处理这些事情，现在朱载坖好不容易空出手来整顿大明的内政，自然是要将各种改革措施加以确定，以诏令的形式予以公布，而其中的重中之重就是官制，朱载坖所以首先要做的就是对于大明官制的重新厘定。
而在这一轮的新政措施中，朱载坖主要是要厘定大明的地方官制，以加强朝廷对于地方的控制，太祖朝所制定的官制已经无法保证朝廷能够有效的控制地方，朱载坖为什么之前要屡屡兴起大狱，打击地方势力，归根到底就是地方官府不得力，现在朝廷的力量已经足够了，朱载坖当然要做的就是加强地方官府的力量。
所以朱载坖命令张居正先和相关的部院衙门商量之后，形成奏疏，向朱载坖奏报之后再行定夺。
而同时，朱载坖正式下达诏书，于下一科开设明法、明算，每科取二百人，同时命令礼部制定详细的规程，用以确定考试的程序，朱载坖的诏书下达之后，果不其然的引起了激烈的讨论。
大量的官员向朱载坖上疏，认为不应当开设明法、明算两科，他们的主要论点都两个，第一是这两科是末业，和儒家治国的大道相比，这些都是歪门邪道，朝廷是用礼仪纲常治国，而不是用律法治国，所以经义自然重于律义。礼仪为本，刑法为助，在唐宋，明法科最为下科，然必责之兼经，是古者先德后刑之意也。礼之所去，刑之所取，律法只能作为巩固政权的工具，而不能凌驾儒家经典之上居于首位，否则就是本末倒置。
对于这种观点，刑部尚书洪朝选、左都御史海瑞等人都上疏予以批驳，他们认为礼仪纲常固然是朝廷的治国之本，但是法度刑杀也绝不可放松，虽然有大臣引用董仲舒的论述称：“夫万民之从利也，如水之走下，不以教化堤防之，不能止也。是故教化立而奸邪皆止者，其堤防完也；教化废而奸邪并出，刑罚不能胜者，其堤防坏也。古之王者明于此，是故南面而治天下，莫不以教化为大务；立太学以教于国，设庠序以化于邑，渐民以仁，摩民以谊，节民以礼，故其刑罚甚轻而禁不犯者，教化行而习俗美也。”
但是很多有实际地方行政经验的官员们是很清楚的，在实际的行政中，教化固然是重要的，但是朝廷的法令和其带来惩罚后果才是能够威慑这些不法之徒的重要手段，所以连东阁大学士申时行都上疏称：“圣人有言，道之以政，齐之以刑，民免而无耻；道之以德，齐之以礼，有耻且格，此法之用也。故礼不可废，法不可懈也！如法不严，奸私之臣愈众，而暴乱之徒愈胜，不亡何待？出礼入刑，隆礼重法，此先圣治国之道也！”
礼部尚书徐学谟也上疏称：“治国有二机,刑德是也。王者尚其德而布其刑,霸者刑德并凑,强国先其刑而后德。夫刑德者,化之所由兴也。德者,养善而进阙者也；刑者,惩恶而禁后者也。故德化之崇者至于赏,刑罚之甚者至于诛。以其不可偏废也！”
至于明算的用途，不管是户部尚书王国光还是总督仓场兼司农寺卿张学颜，都将算学的作用说的很清楚，朝廷的用兵行政、物资调度等，方方面面都离不开算学，所以现在啊算学对于大明来说是很重要的。
至于他们提出了第二个论点，自然是关于取士太多，容易造成冗官，对朝廷财政造成沉重的负担，影响大明的行政效率，部分官员们认为，太祖所制定的官制，能够一直沿用，说明还是有其可取之处了，太祖当年也只用这么多官员，就足以治天下了，而现在朝廷的官员数倍于太祖时，仍旧不能治理好天下，并非官员数量不够，而是不能用太祖之法，他们希望朱载坖恢复太祖之法，罢无益之政，使得民风淳朴之后，天下自然就好治理了。
对于这些言论，朱载坖全当狗叫，直接留中不发，朱载坖很清楚，这些人并非是不知道大明现在情况是什么样的，而是睁着眼睛说瞎话罢了，对于这种情况朱载坖也是很清楚的，这种人你搭理他都是浪费时间。
既然他们动不动就拿冗官说事，朱载坖趁机命令吏部和都察院统计天下的官员，看看大明的官员到底有多少人，他们再干些什么事情，是否是真的如他们所说大明现在也有冗官的情况。
同时朱载坖还专门下诏，制定官员致仕的办法，按照品级规定官员致仕的年龄，同时也要规定各种特殊情况，如军务、特旨等情况。
朱载坖同时下令吏部整理编制，因为现在的州县设置都是洪武、永乐时设定的，当时规定定粮二十万石以上为上府，以下为中府，十万石以下为下府；县则以十万石以下为上县，六万石以下为中县，三万石以下为下县。现在大明的情况变得更加复杂了。
朱载坖命令内阁领导吏部、户部、兵部、刑部和都察院与地方督抚们一道，按照冲、繁、疲、难等考察项目，重新对天下的州县予以划分，根据每个府州县所面临的不同情况，分别确定官府的编制，做到县有定员、事无虚应，既要保证朝廷对于地方的有利控制，又要尽可能的不造成冗官。