张居正陈述完了自己的意见，小心的观察着朱载坖的反应，对于张居正的这些意见，朱载坖认为有部分是可取之处的，如从进士、举人当中选拔愿意学习法律、算学的，经过培训合格之后在分到相应的衙门任职，朱载坖认为这个办法是很好的。
对于对于在明法、明算两科大规模增加儒学内容，朱载坖认为要有所商榷，朱载坖认为朝廷选拔明法、明算科，首先就是要选取相应的人才，对于这两科来说，专业能力是最重要，过分强调儒学素质对于这两科来说就不太重要了，所以朱载坖认为，张居正所提出的以儒学定去留，以科名定等次的办法似乎有些不妥。
朱载坖认为，既然是考试明法、明算两科，那么考试的科目就是明法、明算，但是儒学底子确实是要有的，朱载坖认为在明法、明算两科考试之前，由礼部组织一次考试，专门考察这些应试生员的儒学水平，但是考试的难度不必过大，达到秀才的水平即可，在通过礼部和翰林院的考试之后，才能参加明法、明算两科的考试，这样以保证明法、明算两科的应试举子有一定的儒学底子。
但是在两科的具体选取中，惟本科的成绩作为参考，这点也得到了张居正的认同，毕竟朝廷现在所需要是专业人才，他们只需要具备基本的儒学底子就行了，真正重要的是他们的专业能力，这点张居正也是认同的。
但是君臣分歧最大的一点就在于明法、明算两科出身的官员是否应该设置上限的问题，朱载坖认为他们本就在法司和相关衙门中工作，没有特旨是不能调入其他衙门，也不能够担任州县正印的，他们的上限本来就不可能太高，朱载坖还不了解这帮官员们吗？
即便是朱载坖搞了十多年的三途并进，一大批的吏员也通过考选成为官员了，但是看看现在，整个大明又有多少正印官和京官是吏员或者举人出身呢？举人出身的官员现在已经算日子好过的了，因为大量吏员出身的官员进入官场之后，成为了官场的底层，而原本官场的底层举人的地位反而是有所提升，现在的底层肯定是吏员出身的官员们，其次是举人，然后自然是进士们。
朱载坖提拔海瑞以举人出身担任左都御史，执掌天下风宪之后，举人出身的官员处境有所改善了，一些考绩优良的举人官员被吏部所举荐提拔，现在举人出身的官员担任州县正印、按察副使、兵备道、布政司参议、督粮道等地方要职和京官、科道官的已经并不鲜见了。
但是吏员出身的官员现在连州县正印都很少，这一方面是因为吏员出身的官员起点太低，吏员经过考选之后，出身从九品下，然后再经过考满升迁，从从九品升迁到能够担任州县正印的七品，就需要不短的时间，再加上吏部本能的认为这些从吏员出身的官员奸猾，往往都是先安排进士、举人出身的官员，最后才轮得到这些吏员出身的官员，所以绝大部分的吏员出身的官员，仍旧是担任主簿、县丞、巡检等佐贰官、杂职官、首领官等。
朱载坖很清楚，一旦朱载坖对于明法、明算两科出身的官员设置所谓的官品上限，以这些文官的尿性，他们肯定会对这些明法、明算科出身的官员予以最严厉的控制，到时候不要说张居正建议的四品，他们能够担任六品官都算是侥天之幸了，要知道，无论怎么说，吏部可是始终掌握在这些进士出身的官员们手中的。
所以朱载坖认为不能够设置所谓的四品上限，对于这些明法、明算科出身的馆驿，比照举人升迁、考成即可，同时也不能把他们长期限制在法司、户部等有限的衙门中，这样会导致他们在这些衙门中抱团，反而影响朝廷的行政，做大朋党势力，朱载坖认为，要建立合适的流动机制，明法科、明算科出身的官员，一样也可以向其他官员一样的升迁，转任，只要考绩优良，就应当予以升迁。
当然，明法、明算科出身的官员，必须首先分配到相关的衙门中去，必须在本衙门考绩优良，考满升迁到七品之后，才能够向其他衙门的调动，同时调动往其他衙门，不能直接担任正印官，必须从佐贰官做起，防止舞弊。
朱载坖对张居正说道：“张师傅，明法、明算科出身，不过九品，就算弱冠入仕，从正九品，逐级迁转，从八品、正八品、从七品、正七品，也需要是四次迁转，大明官员三岁一考，就是十二年，从七品到四品，六次迁转，到四品时，已经五十了，又有几人能够迁转至四品以上呢？何况哪能每考必迁，若真是能够每考必迁的话，那也确实是不世出的人才了，朕看这样的人，不过是刑部尚书还是都御史都是做得的。”
所以朱载坖认为，完全没有必要对这些明法、明算科出身的官员予以设置官品的限制，朝廷对于吏员都尚且没有设置限制，何必对于这些明算、明法出身的官员予以设置限制呢？这是完全不合情理的，朱载坖认为没有必要，而且从现实情况来说，由于他们出身的低微，他们很难能够迁转到高位，这点其实朱载坖和张居正都很清楚。
偶尔能够有一两个天才迁转到四品以上，不是能够激励天下的士子报考明法、明算科吗？同时朱载坖还要求严厉考成，严格官员的迁转，从前元以来，官制混乱，官品贬值，朱载坖认为要从自己这里纠正这个问题了，唐宋之时，三品为高官，一二品等闲不授的，到了大明这里，三品官多如牛毛，不甚值钱，朱载坖认为要珍惜官品，严格考成，以免官品冗滥，朝廷上下权责不清，要对大明的所以衙门、职务重新厘清职务，赋予官品。