朱载坖在收到了张居正的密疏之后，立即召见了张居正。
张居正当然也知道朱载坖为什么要召见自己，张居正到了文华殿之后，朱载坖问道：“张师傅这密疏，朕以为很有意思。”
虽然朱载坖没有明说，但是朱载坖很明显对此事是不满的，朱载坖为什么要提拔这些工匠、翰林医官，然后开设明法、明算等科目，本质上就是要在大明朝廷内部建立伎术官队伍，朱载坖是很清楚这些伎术官的作用的，但是要是按照张居正的这个方案，即便是在伎术官体系中，担任正印的仍然是那些进士、举人出身的官员，这样一来，明法、明算即便是考上了，在待遇方面可能还不如从吏员考选上来的官员，这怎么能够为朝廷选拔人才。
这是朱载坖所不喜欢的，所以朱载坖就此事召见了张居正，将自己的看法告知了告知了张居正，朱载坖的想法很简单，明法和明算两科都是极为重要的，明法事关朝廷的司法，朱载坖认为虽然朝廷已经设立了大理寺分司、巡检司、州县推官、县尉等专门的法司管理来负责处理司法案件，试图将司法权从地方正印官的手中剥夺，但是这些司法官员大部分都是儒学出身，对于律条并不是很了解，所以朝廷要专门设立明法科。
设立明算科的目的也是如此，现在朝廷要建立起预算、决算制度，同时都察院、户部要履行相应的检查职能，这些都需要大量的算学人才，对于朝廷来说，确实是需要大量的相关人才，才能够支撑起这些衙门的运行。
当然朱载坖也有意降低这些儒臣的地位，提高官员中非儒学背景出身的数量，但是张居正显然是明白朱载坖的意图，所以在这份密疏中，张居正提出了相应的办法，请求选派进士、举人接受明法、明算教育之后任官，以保证儒学出身的官员仍旧在司法和财政系统中占据主要位置。
在这点上，张居正也有自己的看法，首先，张居正虽然支持改革，但他自己也是科举制度的受益者，而且张居正很清楚，现在大明官场的主力和中坚仍然是科甲出身的官员，朝廷固然是要推动改革，引进专门人才，但是对于大明整个官场来说，则是必须要保持稳定。
这点是张居正这个首辅的责任，张居正很清楚现在的情况，大明的官员们在这方面是很敏锐的，一旦朱载坖盲目下达诏令，恢复明法、明算两科，在这些科甲出身的官员们看来，肯定是冲击了科甲出身的官员的地位，他们必定会群起而反对的，朱载坖虽然控制了厂卫，但是面对这个官僚机器的反对，一样也只能徒唤奈何，在这些问题上，大明官员是会非常团结的，张居正正式看到了这点，所以才通过密疏的方式向朱载坖建议，要采取折中的办法。
朱载坖也当然那明白张居正的意思，朱载坖问道：“以张师傅之见，明法、明算两科，应该如何安排？”
对于这个问题，张居正早就有了一整套的办法，首先，张居正认为，明法、明算两科出身要予以限制，现在进士出身不过八品，明法、明算肯定是要是更低才行，这样才能够保证科甲的绝对主导地位，在这点上，朱载坖也是同意的，科举现在是毕竟是大明的正途出身，当然是要和明法、明算相区别的。
张居正认为，明法可给正九品出身，明算可给从九品出身，虽然出身低微，但是也比吏员要好，毕竟是官，这点已经超过了很多人了，所以朱载坖对于这个提议并没有反对，朱载坖自己也很清楚，在科甲出身的官员们看来，不管是明法还是明算，其实都是杂流出身，比之举人还不足，也就比吏员出身的好强一点。
对于这个安排，朱载坖认为并不过分，同时在考试科目上张居正认为虽然是明法、明算，主要以考察对于法律和算学专业知识为主，但是儒学也必不可少，张居正认为，要以儒学定去留，专科定高下，也就是说，对于儒学不能达到标准的人，即便是他的法律或者算学考的再好，也不能录取，而在排名的时候，可以按照他们的专业成绩来排名，如此以来，尽可能减少对于明法、明算对于科甲的冲击。
朱载坖并没有立即表态，还是请张居正继续陈述意见，张居正认为，现在朝廷正是用人之际，等到开科取士，在经过培训，分配职务，已经是数年过去了，朝廷等不了这么漫长的时间，为了弥补朝廷的人才匮乏情况，应该从进士、举人中选拔愿意学习明法、明算科的人，送国子监、律例馆等地培训之后，经过考核，授予相应的职务，然后到朝廷任职。
同时张居正还提出了一个最重要的问题，就是限制明法、明算科出身的官员品级，这其实也是大明的惯用套路了，在大明初年，吏员出身升任部堂者也大有人在，但是从科举成为大明官员出身的主流之后，对于大明来说，就逐渐开始限制非科举出身的官员职务了。
从宣德以后，吏员出身的没有再担任部堂的了，即便如况钟这样天下闻名的清官，虽然官加三品，其实还是不过一任知府，实际上是干的四品知府的活，其他人基本上都没有四品的可能了。
现在大明对于吏员出身的官员，默认的潜规则就是不过官不过五品，位不及同知，基本上主要是以通判，布政司参议，按察佥事为他们宦海生涯的顶点。
张居正认为明法、明算当然要比吏员出身好一些，但是也应该予以限制，明法最多三品，明算最多四品，而且不能担任地方州县正印官，明法、明算主要在自己相关的衙门中升迁，没有特殊情况不能外调其他衙门。
张居正认为这样可以尽可能的减少明法、明算对于科甲的冲击。