对于朱载坖要求佛郎机赔款的想法，重臣们还是有些顾虑的，大明乃是天朝上国，按理说用兵作战，都是恭行天讨，从来没有向战败国索要赔款的先例，当然之前大明所征讨的对象也不可能给大明以赔款，之前大明所征讨的对象，不是北虏就是国内的叛乱，他们哪里有钱向大明赔偿呢？
对于这个顾虑，朱载坖不以为然，天朝上国怎么了，天朝上国不也是要银钱了，无论是官员们的官俸还是水陆两军的军饷，不都是银钱，朝廷打仗，不能无节制的投入，对于大明来说，对外战争必须要考虑成本，否则大明早晚会被战争拖垮的，朱载坖要灌输给臣子们的一个观念，就是主不可因怒而兴师，将不可以愠而致战，但是在决定和战的重要关头，是要将利益考虑进去的。
对于北虏、叛乱等朝廷当然是不惜一切代价予以镇压，但是对外的战争，尤其是朝廷有主动权的战争，自然是要考虑利益问题的，就像这次和佛郎机的战争，对于大明来说，是在家门口进行的战争，对于佛郎机来说是要远隔万里重洋来作战的。
而且佛郎机在欧洲并非没有敌人，只要大明能够把握好度，应该是能够取得和佛郎机谈判的胜利的，朱载坖甚至为此事召见了严世蕃，和诸位重臣们一道商量应该怎么应对佛郎机的。
首先就是要逼迫佛郎机就范，朱载坖认为这个可能性还是很大的，佛郎机国王不是傻子，对于现在的情况应该是看的很清楚才是，对于佛郎机来说，能够对他构成威胁的，不是大明，大明现在是不可能横跨万里之外来进攻佛郎机的的，真正对于欧洲构成威胁的，是尼德兰等后起之秀，而大明也和佛郎机之前所征服的这些国家不同，大明国力强盛，根本不是派遣一支所谓的远征军就能够征服的。
这些朱载坖想佛郎机国王只要不是蠢货，就应该明白这个道理，这次大明为什么要进攻佛郎机，是因为佛郎机驻吕宋的总督对大明和大明百姓采取不友好的举动，才使得朱载坖果断用兵的，如果佛郎机不想失去大明的货物和南洋的香料的话，就应该坐下来和大明好好谈谈。
大明手上现在可以打的牌还是不少的，大明水师可以截断佛郎机商船向欧洲运输香料的道路，同时佛郎机在南洋的殖民地都在大明水师的打击范围之内，只要大明愿意这些殖民地佛郎机一个都保不住，朱载坖给严世蕃划定了底线，第一就是满剌加不能交给佛郎机，必须由大明直接掌握，但是马尼拉可以在佛郎机缴纳赎城费之后交换给佛郎机，仅限于港口，吕宋必须复国，佛郎机人只能够在马尼拉拥有一个港口。
朱载坖很清楚，大明也在在西夷之中搞制衡，不管是尼德兰还是佛郎机等国家既要合作也要防备，对于大明来说，西夷是绝对要防备的，朱载坖很清楚这一点，所以这次虽然大明是要惩治佛郎机，但是并不是彻底将佛郎机给得罪死，大明还是要借重于佛郎机的。
佛郎机所控制的美洲银矿，对于大明来说有重要的意义，大明飞速发展的经济需要这些从美洲的白银，虽然倭国的黄金白银数量也不少，但是朱载坖一向秉持着不能把所有鸡蛋放在一个篮子中的想法。朱载坖命令严世蕃要和佛郎机在签订条约的时候同时讨论有关大明和佛郎机贸易的事情。
除了解决佛郎机的事情，右都御史杨继盛就提出一个问题，由于大明和佛郎机的贸易断绝，大明的各种货物订单减少，尤其是茶叶、瓷器等物资，要是朝廷无法及时的解决的话，不仅仅会影响税收，还会影响大明的问题。
朱载坖认为这确实必须要解决的事情，事实上海上贸易订单的减少确实已经影响到了大明的经济，尼德兰、英吉利等西洋国家确实是希望取代在佛郎机在大明海上贸易中的地位，但是这种事情是很难一下子就完成的，尼德兰等新兴的国家要想取代佛郎机在与大明海上贸易中的地位，还需要很长久的时间，毕竟他们手中的金银和船只都很有限，需要时间才行。
而现在这种情况下，随着从佛郎机来的订单减少，对于大明来说确实是非常不利的事情，朝廷必须迅速采取措施，以保证经济的平稳，朱载坖在和重臣们商量之后认为，首先是要是增加销路，不仅仅是跟西洋人做生意，也要增加茶马互市等交易。
朱载坖认为，由朝廷收购一些物资，用于今年给土默特部的交易中，增加供应给土默特部的茶叶的数量，用以换取大明朝廷所急需的牲畜，同时在蓟镇、大宁等处沿边口岸增设互市地点和屠宰场等设施，从长芦盐场调运大量的盐道此事，将屠宰的牲畜迅速处理掉，腌制成肉干，配给给水师和官军作战时食用。同时用这些皮草制造皮裘等御寒衣物，配给驻守东北、西北、青海等地的官军，提高他们的御寒能力。
除此之外，还要增加给朝鲜、倭国的贸易，让他们消化掉这些多余的货物，还有南洋诸国，都要成为大明商品的市场。
同时朱载坖命令用从马尼拉缴获的这笔金银，在大明继续大兴工程，在东南兴修道路和修整河道，同时在江西，兴建开凿赣粤运河，将赣江水与北江水用于农田灌溉，同时用运河连通江西、广西，使得江西的物资能够更加便捷的运输到港口。
除此之外还要开展大规模的港口和工场兴建的工程，扩建上海、天津等重要港口，同时由朝廷出钱，从东南、山东、河南等地雇佣工匠，迁往辽东等地，开发徐州、辽东和湖广的煤铁资源，进一步改善大明的道路交通和钢铁生产能力，提高重工业的比重。