朱载坖询问阁部重臣们，应当怎么处理青海问题，朱载坖的想法很简单，一是要控制青海，打通去往西藏和西域的道路，安定陕西、甘肃、宁夏三地的后方，为日后大明经略西藏和西域提供条件。
第二就是要在青海牧养战马，解决大明的战马短缺问题。
对于这个问题，重臣们已经有了一些办法，之前大明通过设置塞外四卫、西宁兵备道、朵思麻宣慰司等机构，并将当地有势力的蒙藏世族册封为官员，试图以此稳固根基。现在官军已经将海虏逐出青海，张居正等人认为应当将原有的世袭制彻底废除，不再向青海地区的蒙藏贵族世家进行册封。取而代之的，是派遣由中央直属的大员将领前往驻防，并按照常规将地方行政和武装纳入总督、总兵的领导之下。与此同时，原先的封地和土司也被悉数裁撤，改由中央编制州府，直接统辖青海各地。
也就是说，要对青海实行改土归流，同时要重新划分青海的行政区划，张居正认为：“沿边番回必属内地，方是平定西海永远之良策。”
对于张居正的这个建议，朱载坖也深以为然，青海地域过于广大，仅设立一省的话，显然是不足以有效控制青海的，必须要将将青海分割控制，朱载坖认为必须在行政区划上隔绝藏蒙，防止其串通，不徒开辟疆土，且消蒙古、藏番蠢动之心。为下一步经略西藏打好基础。
青海的情况是西海地面宽广，便于刍牧；喀木居民稠密，饶于糗粮，也就是从地理上来说，沿青海湖一带是草场，便于游牧，可以为朝廷提供战马，而青海南部靠近四川的地方则可以种植粮食，对于这些不同的地方，要予以不同的措施予以管理，将青海的部分领土予以划分，
还有一个重要的问题就是宗教问题，这里是格鲁派的传播的中心，百姓多信奉格鲁派，宗教势力很强大，朝廷既要利用宗教稳定青海的局势，也要对其加以防范，严防宗教势力过分做大，影响到朝廷对于地方的控制。
在青海，格鲁派喇嘛教为蒙藏民族所信奉，尊崇该教派不仅是底层百姓，还有大量的部落首领。青海为格鲁派创始人宗喀巴的故乡，西宁附近寺院林立，僧人众多，据李成梁之前的奏报：“各寺喇嘛多者二三千名，少者五六百名”。塔尔寺、郭隆寺、祁家寺、郭莽寺等寺院中潜藏盔甲，制备军械，私设武装。“更有各处奸徒，干犯法纪，遂逃入喇嘛寺中，地方不能追，官吏不能诘，而喇嘛寺院渐成藏奸匿宄之薮。
这是绝对不能够容忍的，对于这些寺院要予以限制，不能让他们成为朝廷控制的地方的障碍。
还有就是要修筑边墙，禁止蒙古进入河西通道。青海与河西虽以祁连山相隔，但其间隘口众多 ，在在相通。朝廷要在这些地方分拨军士，修筑边墙堡垒，以隔绝青海和蒙古。同时要用茶马贸易以牵制这些头目，不仅仅是蒙古人，这些藏民对于茶叶的需求也是很大的，朝廷要利用好茶叶这个工具。
同时还要增加青海的百姓人数，加强朝廷对于青海的直接管理，定沿边藏族赋税额。甘州、凉州、庄浪、河州、西宁、松潘、打箭炉、里塘、巴塘 、中甸等地藏族原向寺院缴纳赋税，所受剥削十分沉重，将沿边藏族改归附近道厅管辖，其户数造册送部存案，由官府收取赋税。其应纳粮草，则照 从前纳于西海，纳于喇嘛者少减其数，以示圣朝宽大之恩。
青海兵多民少，难以就地取给，要增加青海的百姓数量，将直隶、山东、山西、河南、陕西五省军流人犯发遣青海，由地方官拨给地亩 、籽种、耕牛，开垦屯种。三年后按例收取粮草，土地即为永业，用以加强朝廷对青海的控制。
同时对于青海的行政区划问题，要由青海、四川、云南等沿边省份共同确定，朱载坖命令李成梁继续南下，肃清青海南部的反抗势力，同时朝廷要派遣钦差，实地考察之后确定省界，以近川归川，近滇归滇为原则，保障朝廷对于青海的控制，在召索南加措活佛到京师来，共商治理青海之策。
对于青海的事情基本上就是如此处理，除了青海的战事之外，就是南洋的战事了，现在俞咨皋已经夺取了马尼拉，同时从马尼拉的府库之中，缴获了金银四百余万两，这下大明的军费算是有人报销了，接下来应该怎么处理此事，是一个问题。
朱载坖认为，先将缴获的银子转运到广州、上海两铸币厂，将其中的白银铸成银钱，黄金交解内承运库储存，同时从内承运库发银钱三十万，犒赏参战将士，对于佛郎机，大明仍要保持高压态势，以逼迫其和大明谈判，朱载坖认为，继续封锁南洋，不让佛郎机船只将南洋的香料运回国内，同时对于佛郎机的据点也要予以封锁。
但是大明并不准备将战事扩大化，大明的目的是逼迫佛郎机和大明谈判，朱载坖决定任命工部尚书严世蕃加南京户部尚书衔，为钦差正使，少府卿兼北洋通商大臣王直加南京户部左侍郎衔，为钦差副使，赴广州准备和佛郎机谈判，大明的筹码就是马尼拉港口和大明说擒获的佛郎机船只、人员。
至于大明的条件，朱载坖认为主要有几条，第一，满剌加和吕宋必须复国，这两国都是大明的属国，兴灭继绝，是大明作为宗主的责任，既然满剌加和吕宋的王室向大明请求出兵，大明就要履行宗主义务，帮助他们复国，这是毋庸置疑的。
第二，就是要赔偿大明损失，大明因为佛郎机的不恭顺，出动大军，恭行天讨，不仅耗费钱粮，还因此影响了大明的海关关税，这些损失，都应该由佛郎机人承担，要想终结战事，佛郎机人就必须向大明赔偿，朱载坖认为，不能少于八百万两白银，否则就是赔本的买卖了。