朱载坖的意思是很明确的，就是念旧民涂炭之苦，复中国往昔之疆，既然成祖时都在此处设立了外府，现在朱载坖趁此机会将其收复也是正常的，而且佛郎机人虽然从小佛郎机人手中接管了马六甲，但是对于马六甲的重要性显然没有重视，他们主要的经营对象还是在吕宋，因为吕宋和其附近的岛屿上盛产香料，可以为佛郎机带来丰厚的利润，所以佛郎机人重点经营的是吕宋，在马六甲设防不多。
朱载坖于是在和重臣们商量之后，决定命令南洋和缅甸水师攻取马六甲和原满剌加外府旧地，同时攻取马尼拉要塞，对于参与屠杀华侨的这些佛郎机人和土着，一律处决，但是也要控制战事的规模，不能够将战事扩大化，毕竟大明此时还在青海和倭国有战事，所以务必要将战事控制在一定范围之内，当达到大明的目的之后，就可以和佛郎机谈判。
通过尼德兰，朱载坖了解到现在佛郎机的情况并没有他们宣称的那么好，首先，在吞并了小佛郎机也就是葡萄牙之后，看起来佛郎机的实力增强了，佛郎机国王腓力二世的战略优势已无可匹敌，他宣称世界所有24个时区都有他的领地， “太阳总在照耀我”，“世界不足我欲”，“超越黄道线”这类目中无人但又并不夸张的格言在纹章、书籍和纪念币的设计中处处可见。可见其虚骄自大。
但是他的这种行为使得其在欧洲树敌众多，不仅仅是原本小佛郎机的这些贵族们不满足于被佛郎机兼并，对于强势且野心勃勃的佛郎机，尼德兰、法兰西、英吉利等国都深感压力，他们结盟对抗佛郎机。现在法兰西国和佛郎机在欧陆大战，而在海上则是尼德兰和英吉利于佛郎机的舰队大战，佛郎机在欧洲的深陷泥潭，根本没有余力对付大明。
而且据朱载坖通过西洋商人所了解到的情况，现在佛郎机的情况恐怕算不上好，因为战事频繁，为了同时维持规模庞大的陆海军，佛郎机朝廷不得不疯狂加税，这导致其内部并不安稳，所以朱载坖认为，佛郎机未必有余力东顾，到时候大概率还是过过谈判来解决问题，所以对于大明来说，就要留有余地，控制战事的规模，给谈判留下空间。
朱载坖批准了俞咨皋和殷正茂的奏疏，决定扩大对于佛郎机的报复行动，但是朱载坖仍然对大明官军的行动范围做了严格的限制，除了朝廷上谕所提及的地方和海上的佛郎机商船之外，不准随意扩大战事，但是如果其他佛郎机据点向大明官军发动进攻的话，则不受限制，同时对于佛郎机俘虏，除了参与过杀戮华侨的之外，还是要善待的，尤其是这些贵族，他们是可以索要赎金的，至少可以贴补大明的部分军费嘛。
朱载坖的诏令通过急递的形式迅速向南发出，而朱载坖也在出发之前和监国的太子朱翊釴、还有首辅张居正的详细的说明了自己的安排，第一就是夺取马六甲、攻克吕宋，作为对于佛郎机的惩罚，第二就是如果佛郎机愿意谈判，大明可以和佛郎机谈判，但是大明是有底线的，马六甲绝对不可能交换给佛郎机，吕宋也必须复国，但是大明可以准允佛郎机在吕宋拥有一个港口或者在吕宋享受一些特殊待遇，但是佛郎机必须足额赔偿大明的损失，朱载坖认为先照着一千万两谈再说，如果有有关战事的塘报，务必要及时向朱载坖汇报。
朱载坖安排完这些事情之后，才踏上东巡的路，这次有英国公张元功担任京卫都指挥使，负责随扈，羽林左卫、府军前卫等亲军六卫随驾护卫，京营也抽调精锐前来，护卫官军的数量庞大，朱载坖乘坐车驾，从京师出发，先巡视北直隶，然后经由山海关出关，抵达广宁中卫、辽阳、沈阳中卫等大明在辽东的重要据点。
同时召见王兀堂、尼堪外兰等女真部落领袖和朝鲜国王李昖等人，朱载坖这还是第一次巡视辽东，虽然朱载坖一向重视辽东，从即位之初就大规模从内地向辽东移民，同时设立辽东布政使，使得辽东成为大明的一个省，但是对于辽东的实际情况，朱载坖还是要亲自去看看来能够知晓。
在朱载坖巡视辽东的时候，李成梁也在积极准备，调动各路官军，驱逐海虏，青海广大，对于官军来说最大的敌人并不是北虏，而是恶劣的气候，所以李成梁必须仔细规划路线，周密准备，然后再用兵。
而身在缅甸的殷正茂也已经收到了朝廷的旨意，他立即与南洋水师提督俞咨皋联系，请他派遣船只来搭载缅甸的官军前往吕宋，对于俞咨皋来说，现在整个南洋海面上已经没有佛郎机的船只了，现在他缺乏的只是步兵，由足够的步兵，他就可以夺取马尼拉要塞，官军水师已经多次炮击马尼拉要塞了，对于要塞的守军和各种城防器械造成了严重的伤害。
佛郎机驻吕宋总督多次向俞咨皋请求谈判，并且向大明官军解释，在叛乱中被杀的华侨，没有3万那么多，甚至没有此数的一半，而且主要是当地的土着在杀人，佛郎机人心地并不残酷，没有正当理由，我们从不向任何人开战。我们对待这里的华人犹如兄弟和儿子，但是他们无法控制这些土着，他们愿意赔偿损失。
对于这些废话，俞咨皋连看都不想看，俞咨皋回复佛郎机吕宋总督两点，第一，大明要谈判，也是佛郎国王派遣使臣来和大明朝廷谈，吕宋总督没有这个资格，而俞咨皋只是统兵大将，没有接受谈判的权力，所以俞咨皋不接受所谓的谈判，第二点就是命令佛郎机人投降，否则大明天兵到来，玉石俱焚。除此之外，他不用言。