同时对于贵州的战后重建，赵锦也提出了相应的办法，首先就是要建卫所、屯田、留将领、选官员，以镇压叛乱安定地方，在播州设立遵义、平越两卫，同时设立遵义兵备道，负责原来播州地区的防务、兵备等事宜。
在播州故地实行改土归流，最重要的就是要实行清丈田亩和朝廷的赋役之法，赵锦在奏疏中称：“责成新道府深率州县官,插定疆界，沿丘履亩逐一丈量，分为等则造册呈报，以定赋法。丈量完后，免两年科税，田赋中，一年夏秋二税、银力二差、杂费具因收齐外，其余费用充作布政司边饷。限田制，播州旧民，除原土地外，另给田亩三十，上中下田掺给。荒田，招民承种，纳粮当差。杨应龙等人的官田收入官府。”
将杨应龙等人逆犯的田产作为赏赐给有功将士的奖励，征播将士，愿意留在平越、遵义两卫的，每人给田五十亩，免征五年，充实遵义、平越两府的人口。
对于川、黔之争，赵锦支持贵州，赵锦认为贵州在川、滇、黔三省之中最为弱小，必须要予以扶持，至于叶梦熊所称的贵州穷困等问题，可以由朝廷拨款支持，朝廷既然要在贵州实行改土归流和分土世官，就应该加强贵州的实力，同时对于未来的改土归流和分土世官，赵锦也做了详细的规划。
赵锦认为，贵州、四川、云南应当各有侧重，贵州的重点是对水东、水西的土司予以管束，而四川则是对于乌斯藏的土司予以控制，云南主要是要保障和缅甸的联系以及各处铜矿的开采并且控制水路交通，三省各有侧重，视其情况进行改土归流或者分土世官。
赵锦的奏疏中还提到了另外一件事情，就是为了防止这个土司再次作乱，朝廷应该在贵州恢复驿站、兴修道路，赵锦在奏疏中说道：“兹者地方底定,道路大通,驿站之设,势不容已。”
还有一件重要的事情，除了军事征服以外，还要加强文教，以教化百姓，防止降而复叛，保证地方的安定，赵锦恳请朱载坖支持贵州的文教建设，赵锦在奏疏中说道：“令干戈既戢,文教宜先。 第新遭大兵,不惟士人废沮,抑亦物力未赢,若纷纷建设,徒以恣虚费之窦,开奔冒之门,于宏文雅化无当也。 今照府治纲纪,诸邑实为风化之首,白田、黄平旧有学宫,补葺亦易,特师儒久虚耳,当于二府原学各补教授一员,益之训导二员以联生儒，用夷变夏，莫要于此！”
朱载坖收到报捷文书和叶梦熊、赵锦等人的奏疏之后，立即召见内阁和部院重臣，首先要解决的事情就是为播州的战事收尾，要赏赐参战将士，兵部、户部拟定赏格，同时将杨应龙尸身和一干逆犯解送京师正法，设置州县，在播州推行改土归流。
而现在在播州推行改土归流，最主要的问题是川黔之争，叶梦熊把官司都打到朱载坖这里来了，朱载坖当然不能坐视不管了，朱载坖询问道：“诸位，这次川黔之争，你们怎么看啊？”
首辅张居正当然是要首先发言的，张居正认为，川黔之争，对于朝廷来说，主要还是财政的问题，如果将遵义划给了四川，那么川、黔两省各自负责一府的重建，两省都有余力，从节约朝廷资金的角度来讲，将遵义府划给四川，确实是有好处的。
但是从维护地方安定的角度，将遵义、平越两府八县都划给贵州是最合适的，但是这样的话，贵州一省之力显然是无法完成这个重建的，朝廷肯定是要资助的，所以这个问题，就看朝廷怎么抉择了。
其余的内阁辅臣也大多支持将遵义给贵州，毕竟现在朝廷的财政还算充裕，向贵州拨款也不是不行。
朱载坖于是决定将遵义府划给贵州，所需要的资金，由贵州上报户部之后予以审核拨给。
接下来就是怎么处理这些土司的问题，这次播州之乱，将川、黔两省的土司牵连进来不少，朝廷现在要处理此事，自然是要慎重的，之前内阁都拟定了相关的章程。
首先是要进行改土归流的，杨氏作为这次播州之乱的首逆，自然是要被族诛的，同时原来的播州宣慰司也随之撤销，在播州旧地设置遵义、平越两府，同时还有那些跟随杨应龙造反作乱的土司，也要予以处分，对于死硬不改的，直接予以剿灭，对于中途反正的，也要予以惩罚，虽然仍旧允许他们世袭职务，但是他们的土地、人口都被朝廷控制，和改土归流相比，他们仅仅只是保留一个世袭的土官职务罢了。
除了这些造反作乱的土司，还有两大类土司，第一是积极出兵，帮助朝廷处理杨应龙叛乱的土司，如石柱和云南的各土司，朝廷要予以赏赐，同时加强这些土司头目的权力，如石柱土司宣慰使马斗斛，不但要予以加官，还要明发诏书，准允其长子马千乘继承石柱土司宣慰使之职，任命马千乘为宣慰司同知。
而对于直接参战的土司大小头目，要按照其功劳的大小，予以赏赐，同时在各宣慰司内部给这些土司的大小头目授予官职，使得他们在宣慰司内部掌握一定的权力，使其大小相制。
而对于水西安氏这样的之前首鼠两端，最后才参与平叛的土司，朝廷也自然是要予以惩罚的，要在他们的领地内设置卫所，部分实施改土归流，同时分封安氏的其他旁支子弟为宣慰司官员，并且要求安疆臣拿出一部分土地和人口，分给这些心向朝廷的中小土司，增加水西、水东每年向朝廷缴纳的赋税总量，加强对于他们的经济控制，逐步削弱他们的势力。
在安置这些小土司的时候，也要将他们打散安置，不能使他们有抱团聚集的可能性。虽然对于他们实行的是分土世官，但是最终的目的还是改土归流。