见外屯失守，杨应龙再次沐昌祚请降，杨应龙很清楚，沐昌祚是绝对不会接受自己的投降的，所以杨应龙给沐昌祚玩了个花招，让播州妇女以妻子田氏名义向官军投降，并向官军表示杨应龙已饮药而死，对于杨应龙的这些花招，沐昌祚根本不为所动，现在牧场的想的就只要一件事情，就是破海龙囤，擒杨应龙，怎么同意杨应的请降了。
在沐昌祚的指挥下，官军猛烈攻城，接连攻破二关、三山，并截断播州军的柴樵和水源。但是海龙囤前山陡峭难以攻破，于是沐昌祚命令总兵马孔英率精锐从后山攻打，但是阴雨连绵，土地泥泞，官军仍无法攻破海龙囤，双方就这样对峙了四十多天。
连续作战对于官军来说是极为疲惫的，但是对于水源断绝的杨应龙部来说就更为痛苦了，不过官军也没有闲着，张元勋等人在附近砍伐树木，运送到山上，准备放晴之后，就焚城进攻，等到天气放晴。
隆庆十五年十一月初九日，连日的阴雨终于结束了，沐昌祚随即下令总攻，贵州总兵张元勋率兵放火焚城，刘綎和马孔英则分别率领精锐准备破城。
海龙囤四面火光冲天，杨应龙知道末日来临，与其妻田氏，妾室周氏、何氏返回王宫三星台将屋门钉死，登楼自缢，纵火焚尸。
杨应龙的自杀，使得叛军士气崩溃，刘綎率军直扑杨应龙的所谓王宫，俘虏田氏和杨朝栋、杨兆龙等杨应龙亲属百余人。他很清楚，眼下此战的首功就是擒获杨应龙，死活不论，刘綎从田氏口中听说杨应龙自杀的消息，于是立马赶到三星台将杨应龙尸体抢出火海，由于火势火大，刘綎甚至被烟呛至昏死，经抢救才苏醒过来。不过将杨应龙的尸体抢出来了，这首功就当之无愧了。
杨应龙年初起兵，官军征战十月有余，调集川、滇、黔三省之兵，终于将其扑灭，沐昌祚立即向经略赵锦报告此事，由赵锦向朝廷报捷。
而之前朝廷有关在贵州实施改土归流和分土世官的决策已经传达给了贵州方面，赵锦和邢阶也已经对于播州的事情做好了相应的规划，赵锦认为：“今逆酋既平,相应改土复流,以变夷俗。”
而具体的措施是：“播州遵义县故地，白田坝，沃野千里，应当设置为府治；夜郎县故地桐梓，位于綦江南路，是川贵路要道，应当设置为一县；绥阳县故地望草，向南靠近务、思，北部为真、涪，应该设置为县；怀阳县故地仁怀，滨播枕永,连接泸州等地，应当设置为一县；真州即古珍州,川原平衍，商贩走卒较多,应当设置为州。黄平是四川贵州要地，旧设抚苗通判一员，其地与播州相维相衬，是理所当然的重镇，应当设置为一府；湄潭、龙泉，范围较广，因此都应设置为县；瓮水、重安合并为瓮安县；余庆、白泥，合设一县为余庆县。草塘、容山二司，应割隶各县。”
将原来的播州宣慰司所属的所有土地予以全部改土归流，设置州县，总计设置增加遵义、平越二府八县。不过对于这两府八县的归属问题，川、黔之间激烈交锋，主要的问题就是遵义府的归属问题。
四川巡抚叶梦熊认为，遵义距离重庆府很近，应该划给四川，管辖起来更加方便，而贵州巡抚邢阶认为，贵州本就弱小，需要土地，遵义又是相对富庶平坦的地方，如果划归贵州的话，可以提升贵州的实力。
但是叶梦熊显然不这么认为，他径直向朱载坖上疏称：“蜀与黔，盖无所不接壤。夫蜀无籍于播。黔，瘠壤也。若乘此时而割播地以附黔，则于蜀无损，于黔有裨。且臣等别疏，又请以楚之四卫并割附之。从此，黔省幅员得与十二省比长挈大。甚为长便。但尽属之黔，则地方千里，诸凡缔造，劳费尚多，亦黔所不能堪。庶建邦启土，各自经营，成聚成都，指顾可就。又复再造于黔土矣。”
叶梦熊就是想要遵义府，这使得邢阶极为不满，找到赵锦陈述此事，叶梦熊此举，不仅仅是对邢阶的不尊重，更是对赵锦的不尊重，按理说这种处理善后的事情，首先就是应该地方督抚和赵锦这个经略商量好之后，由赵锦以经略衔上奏朝廷，等候朝廷的命令即可，叶梦熊不经赵锦，直接上疏朝廷，是对赵锦这个经略的不尊重。
邢阶故而找到赵锦，希望赵锦能够支持自己，对于叶梦熊的这个举动，赵锦当然也是很生气的，不过赵锦到没有立即上疏对叶梦熊予以参劾，而是仔细思量起来这次的川黔之争，平心而论，叶梦熊的方案也不是完全没有道理。
遵义划给四川后，川黔之间的边界线“犬牙交错”，四川的部分土地像匕首一样插入贵州腹地。同时播州即将战后重建，需要大量的经费，而贵州目前的经济无法承担此重任，四川的经济在西南诸省之中显然是最好的，由四川来管理显然更好。
同时，将遵义划归四川也符合朝廷一贯的作风，因为朝廷为了加强对地方的控制，往往打破山川地理格局，将地方区划变成“犬牙交错”的形态。这样方便朝廷控制地方，所以从朝廷的角度，将遵义划给四川也不是不可能的。
但是赵锦认为，这样一来，会使得贵州过于弱小，四川则雄冠西南诸省，并不利于朝廷的控制，以川养黔并不是长久之策，但是如果将遵义给贵州的话，不仅使得贵州的实力增强，平衡川、黔、滇等省份的力量，还让贵州获得了通往长江的乌江航道，极大提升了其经济地位。
所以赵锦最终以经略身份向朝廷建议，将整个播州之地都划给贵州，加强贵州的力量，同时遵义地形平坦，出产粮食，可以供应贵州官军，以保证朝廷对于贵州的问道控制。