而对于朱载坖和内阁辅臣们来说，比较头疼的是这些藩属国的班次问题，大明已经很久没有藩属参加正旦日大朝会了，即便是有，之前也就是只是朝鲜、琉球这些对大明仍旧比较亲近的藩属，但是这次不一样，按照礼部和理藩院的上奏，这次来参加正旦日大朝会的藩属可是不少。
除了老面孔朝鲜、琉球之外，还有顺义王不他失礼和忠顺夫人三娘子、黄台吉、把汉那吉的使节，西域诸国的使臣、活佛索南加措的使臣，还有倭国暹罗、占城、安南都统司、女真人的使臣，以及尼德兰、佛郎机等国的使臣。
其实最好处理的反而是西夷，他们反正又不是大明的藩属，不懂这个班次的意义，也好糊弄，难得就是这些大明的藩属，他们多多少少是了解一点朝会的情况，像朝鲜还是汉化很深的国家，对于大明的典章制度是十分的熟悉，对于这些事情也很清楚，朝班对于他们来说还是非常敏感的一件事情。
这点令朱载坖还是有些担忧的，毕竟这些人都是大明的藩属，大明必须要确定一个完备的藩属朝班，以保证这些藩属不搞事情出来，经过朱载坖和内阁、礼部、理藩院等衙门的商量，决定将这些藩属分为两班，藩国和属夷，藩国由朝鲜领班，包括朝鲜、倭国、琉球、暹罗、占城等藩国。
属夷由顺义王领班，包括西北番部、女真人、索南加措、安南都统司等属夷，这样的话算是比较好的解决了这个问题。
除此之外，为了保证大朝会之前京师的风貌，朱载坖还命令五城兵马司和锦衣亲军严厉整顿京师市容，同时将之前由锦衣亲军所负责的京师沟渠的街道房转交由五城兵马司负责，凡京城内外修理街道、疏通沟渠，本卫指挥一员，奉旨专管，领属官三员、旗校五十名。
朱载坖严令严绍庭和陆绎，要整顿京师和北直隶附近的治安，保障使节不受骚扰，还有京师的市容务必要整洁，以展现大明强大的国力，这些主要都是给这些藩属和西洋使节看的。
还是一个问题是大明现在有一帮传教士在文思院、国子监、测绘学堂等衙门里面任职，为了显示朝廷对于他们的重视，朝廷都给他们授予翰林待诏等官职，这些人要不要参加正旦日大朝会，他们参加朝会，班次怎么确定？这确实是个问题。
朱载坖在和礼部商量了之后认为他们现在既然已经是大明的官吏了，就应该参加大明的正旦日大朝会，但是由于他们身份的特殊性，全部到文思院衙门站班，作为近侍衙门参加大朝会，班次在六科之后。
同时宗人府也上疏，按照洪武旧例的话，正旦日大朝会，各地的藩王也需要派人参加，并且向朝廷朝贺，这次朝廷召开正旦日大朝会，是否需要召藩王进京。
朱载坖认为，召藩王进京大可不必了，这些藩王们到京师来，兴师动众的，到时候徒耗钱粮，根本没有必要，只是令他们派遣人进贡方物就行了，藩王们由现在在京师的郑王朱厚烷和端王朱翊钧代表就行了。
经过好一番折腾，朱载坖和内阁、礼部等衙门才将正旦日大朝会的相关仪注全部制定好了，由于隆庆十五年是大计之年，按照朝廷规定，地方布按衙门、督抚大员都要分批到京师接受审计和考核，所以正旦日大朝会的事情，北方各省的地方官也要到场。
而朱载坖也命令总督蓟辽兵部尚书谭纶和提督蓟辽军务曹国公李庭竹要派遣官军，剿灭地方的土匪等，防止他们作乱，地方的州县也要严加缉捕，防止这些人作乱。
而接近岁尾年终，朱载坖和内阁商量隆庆十五年的一些事情，主要就是地方财政的编制，按照内阁之前给各督抚、布按等司下达命令，今年是要编制相关的预算，重新确定留存和起运的数字，对于朱载坖来说，这是大明从静态财政向动态财政过渡的一个重要的环节，所以朱载坖对此是极为重视的。
对于各省上报的预算，朱载坖命令户部和工部要严厉审核，对于这些省份上报的留存钱粮的使用也予以核查，不必要的项目一律要予以取消，保证朝廷的中枢的财政收入。
同时要均衡南北，对于北方的一些基础设施，如农田水利、道路等，朝廷要多加支持，对于南方的防洪建设也要重视，朱载坖的原则也很简单，就是移南就北，加大朝廷对于北方各省的支持力度，尤其是北直隶、辽东、河南、宁夏等地，朝廷要加强扶持的力度，对于黄河的堤防也要予以重视。
同时朱载坖在和工部、总督河道潘季驯商量之后，决定调整对于运河和黄河的治水方略，之前由于朝廷要保障漕运，所以之前治河的方略就是保障运河，所以牺牲河南、淮河流域的农业，以保障朝廷的漕运，现在海运已经承担了绝大多数漕粮运输，对于朝廷来说，运河的重要性已经大幅度下降了，朝廷对于治河的方略的也要调整。
朱载坖认为，应该在保障运河和维护沿岸农业生产之间取得平衡，不仅仅要以维护运河通畅作为朝廷治水的目的，也要保证沿岸地方的利益，所以朝廷下一步的治水方略就是维护地方的利益为主，要保护河南、南直隶凤阳等府县的地方利益，在此地兴修各种水利工程，平衡地方和运河的利益，在尽可能保护运河通畅的情况下，保障地方州县的利益。
经过工部和户部的核算之后，最终向朱载坖呈递了各省的预算草案，根据户部的统计，按照这份草案的话，朝廷和地方的赋税分成大概在六四开，虽然朝廷比之前减少了起运钱粮，但是地方官府要做的事情也更多了，地方官府要负责本辖区的各种工程的兴修，仓储的完善，使得朝廷对于地方控制加强。