这是朱载坖和张居正之间最大的分歧，张居正认为，为了尽可能保证朝廷的货币收入，要尽可能的实行大规模的折色，这样方便朝廷财政的征收和支给，但是朱载坖则是一直反对全面折银的办法。
为此，君臣两人曾经多次深入讨论此事，张居正认为将所有的赋役全部折银，可以简化朝廷征收和解运赋税的程序，也使得百姓能够减轻一些负担，但是朱载坖认为，此事不能够搞一刀切，必须要保证朝廷又足够的本色收入。
朱载坖认为，对于朝廷来说，本色收入的有着重要的意思，一是作为朝廷的储备，用以应对各种天灾人祸，赈济百姓，平抑物价，二就是作为朝廷的物资保障，这些本色收入也是军储的重要来源，是朝廷保障官军军需和军事行动所必须的，所以朱载坖认为田赋作为朝廷的正项钱粮，是不能够折色的。
朱载坖就是要本色上缴的这些粮食，充实朝廷的库藏，各处官军的军储，以备不时之需，同时，利用不折色的田赋，使得东南地区始终保持着一定比例的粮食播种面积，使得东南至少能够养活自己。
朱载坖很清楚，一旦全部折色之后，百姓为了追求更高的经济利益，肯定是会放弃种植粮食而选择种植收益更高的棉花等经济作物，这就是使得东南的粮食产量进一步减少，而东南都是大明人口最稠密的地方，而且也拥有大明数量最庞大的城市工人群体，这些人对于物价是很敏感，一旦物价尤其是粮价出现巨大的波动时，对于他们的影响将会是很明显的，一旦出现粮食危机，而朝廷又不能迅速的调集物资，平抑粮价的话，民变将会迅速发生。
这是朱载坖最担心的情况，所以朱载坖一直不希望全面折色也就是这个原因，虽然随着经济的发展，朱载坖也很清楚，东南不可能还是大明的粮仓，随着东南人口的进一步增加，还有大规模种植棉花等经济作物的影响，东南的粮食产量肯定会下降的，现在东南就已经要依靠湖广的粮食来缴纳漕粮了。
但是朱载坖仍旧希望东南拥有基本粮食生产能力，至少能够在正常情况下自给自足，同时即便是遇到一些天灾，也能够依靠朝廷建立的各种仓储能够及时平抑物价，保障百姓的基本生活，不至于发生民变。
对于朱载坖的这个看法，张居正也是同意的，但是君臣之间的矛盾就在于到底保留多少的本色田赋，朱载坖认为田赋保留本色不动摇，也就是全部的田赋都保留本色不折色，这个数字无疑是十分巨大的，即便是按照隆庆十年的朝廷收入来看，田赋一共是麦406.7万石、米2264万石，合计2670.7万石，还有军屯籽粒米217.1万石、麦216.5万石，按照这个数字全部予以保留的话，张居正认为数字实在是过于巨大的。
田赋总额折银都超过一千万两的，张居正认为如果折色一部分的话，对于朝廷来说也能够增加七八百万两的银钱收入，要知道现在大明朝廷的现银收入也才堪堪突破一千万元，如果能够将田赋折色一半的话，按照张居正的估计，大明的银钱收入就可以立即提高到一千八百五十万两，对于大明的财政来说将会是一个极大的提升。
所以张居正认为应当改折部分田赋，为此君臣两人已经协商多次了，但是都没有找到默契，于是朱载坖召集阁部重臣们，一起来商讨有关田赋改折的事情，张居正首先向重臣们介绍了一条鞭法和摊丁入亩，重臣们都认为可以在东南试行，然后就是田赋的折色问题。
其实大明的田赋一直也是有部分折色的，以隆庆十年为例，田赋2670万石中，麦35.3万石、米404.8万石折银124.7万两解运，还有大明的金花银，也是进行了折色的，所以田赋折色是很正常的一件了，而且现在隆庆十三年的田赋收入已经超过三千三百万石了，张居正认为，即便是折色一半，也足够保证朝廷的各项开支和军储等事情了，对于田赋也要进行大规模的折色。
但是对于到底折色多少，朱载坖和张居正的意见是不统一的，于是户部尚书鄢懋卿就出来打圆场说道：“陛下，首揆，田赋到底应该折色多少，臣以为还是应该通计大明的用度，然后再予以计较。”
鄢懋卿的方案得到了朱载坖和张居正的赞同，首先确实应该将大明朝廷所需要的本色开支予以算清楚，然后再来决定折色多少的问题，朱载坖和重臣们对于大明的本色开支做了一个分类。
首先就是俸禄开支，主要包括各级文武官吏、官军士卒、朝廷工匠等的禄米、本色军饷、工食本色等，然后就是各级仓场的储备，主要包括京通仓、地方的常平仓、备荒仓还有就是官军的军储，这个也是数量最为庞大的一部分本色开支，然后就是用于各种工程开支、军事行动、对蒙古的贸易赏抚等，这些也需要大量的本色粮秣，鄢懋卿的意思是先将朝廷所必须的本色予以算出来，然后在根据田赋总量予以确定一个折色的比例。
对于鄢懋卿的这个方案，朱载坖也表示同意，但是朱载坖也要求鄢懋卿，在进行统计的时候，要尽可能的宽裕，要将运费和损耗等也要算入本色征收的部分中，而且也要尽可能的增加朝廷储备，以应对可能出现的灾荒。
鄢懋卿领旨去办理此事，根据内阁和户部的提请，朱载坖发布上谕，在东南两省实施一条鞭法和摊丁入亩，将各项杂泛差役、徭役和人丁税全部折银摊派到土地上，按照所拥有土地的多寡进行征税，这样一来，无地的佃户的负担就相对减少了。