严复在上海的主要任务是解决北洋水师与南洋水师的问题，附带任务是尝试与江苏都督王有宏联络。
随着人民党进军浙江与广东，两地与工农革命军交手的北洋军全军覆没，两声北洋军呈现大崩溃的局面。铁杆北洋军纷纷逃往福建，反倒是在本地征集的北洋军还尝试守住城市。
严复原本并不太同意何汝杰提出的从海上运兵到福建的计划，他并不敢完全相信北洋水师的萨镇冰。海上运兵的确是好办法，但是这必须建立在能够保证航道的基础之上。工农革命军的海军别说与日本海军与英国海军相比，与现在的北洋水师与南洋水师相比，都是单方面挨打的局面。
一艘船上能运几千人，在没有海上掩护的情况下派遣陆军走海路，万一萨镇冰翻脸不肯投降，几发炮弹过去，这几千人就很可能全军覆没。工农革命军自建军到现在，纵横万里，打了这么多仗。前前后后战死的同志也不到五万。海上运兵一次损失五千人却是分分钟钟的事情。有这五千人，工农革命军甚至能够从浙江与福建边界一路打进福建。以相信萨镇冰为基础的军事计划风险太大，严复自然不肯同意。
作为内应，萨镇冰的态度越来越积极。严复能够想到自己这位老同学，老战友的转变理由。除了浙江诸城市已经被占据之外，工农革命军已经在9月1日，苦战两日攻克了广东。活捉了包括张人骏在内的大批广东头面人物。
整个中国能够容纳北洋舰队与南洋舰队能够前往的非人民党控制的港口，只剩上海与福建几个小港口。萨镇冰原来还说些云天雾地的咸淡话，现在他已经只讨论人民党给与北洋与南洋水师的待遇如何落实。
严复也明确表示了人民党的态度，工农革命军一定要活捉东南督军冯国璋。绝对不允许冯国璋逃出国去。为此，萨镇冰专门派遣何汝杰前来与严复交涉此事。
何汝杰提出了萨镇冰的问题，“为何人民党能够放过孙中山，却不能放过冯国璋？难道是因为孙中山也是革命党么？”
“这与孙中山什么出身没有关系。”严复果断的答道，“孙中山到现在的所作所为都是个人行为。他投靠人日本人也好，自立政府也好。在这个时代里面，孙中山和他的追随者们都是随波逐流的自己选择。他们或许许下过很多诺言，欠了不少人的钱，但是那顶多是个民事纠纷。而且就我们所知，孙中山当时许下封官的诺言，那些人是自己肯掏钱。可是冯国璋不同，他参与到412行动中，欠下了无数血债。冯国璋没有亲自杀人，但是他指示很多人屠杀群众。这就是我们能够不搭理孙中山，但是绝对不能放过冯国璋的原因。”
何汝杰见严复的态度如此坚定，思索了片刻之后，何汝杰终于说了萨镇冰真正担心的事情，“严先生，这次412里面，水师因为冯督军的命令，也干了些事情。如果有人要穷追这件事，水师也不可能完全托了干系。却不知道严先生准备怎么对待水师官兵呢？”
“你们亲自参与屠杀群众了？”严复问道。
“那当然没有，不过我们参与运兵的事情是有的。”何汝杰正色答道，北洋与南洋水师都是师承英国，海军还算是遵循“戴白手套”的骑士作风。因为与陆军在军饷待遇，操作武器价格，这些几乎有天壤之别的具体问题，海军与陆军素来格格不入。海军在海上四处漂泊，经常上舰之后就几个月下不了，也没空参与陆军那些破事。冯国璋指挥的大屠杀和南洋水师海军并无关系。更不用说412大屠杀的时候，北洋水师整个舰队还留在天津那边。
不过萨镇冰与何汝杰都不是小孩子，所谓欲加之罪何患无辞，更别说人民党消灭北洋的态度如此坚定。此时因为工农革命军没有海军，不得不对北洋与南洋水师客气一些，等到接管了军舰后，工农革命军翻脸不认人的可能性并非没有。那时候随便找个理由就能收拾掉海军这些人。
严复当然能够理解北洋南洋水师的担心，眼下的局面发展趋势，工农革命军只靠陆军也能干掉冯国璋。水师根本不可能挽救冯国璋的命运，萨镇冰与何汝杰都没有投靠外国人的打算，那么水师也只能考虑投降后自身安全的问题。所以严复耐心的说道：“汝杰，我反复说过人民党的态度，你若是不信的话我也没有任何办法。我能保证的是，只要水师没有参与亲自屠杀，只是参与运兵行动。那么我们不会追究水师这个责任。若是把水师听从冯国璋的军事调遣当成水师的大罪，汝杰你不觉得这么做很可笑么？”
何汝杰当然能看得出严复内心的不耐烦，其实这么絮絮叨叨的说这么多，何汝杰自己也烦了。不过很多问题不是萨镇冰一个人提出的，北洋与南洋水师的高层已经开过会，在会上达成投奔人民党的原则性共识，不过每个人都有自己的担忧，何汝杰作为中间人，不得不把所有问题都给问一遍。听了严复的好多回答可以说是滴水不漏，何汝杰心里面对严复这个六十多岁的老头子也是颇为钦佩的，年轻人也未必能够拿出这等精力回答这么多问题，何汝杰终于开始询问自己的疑惑了，“严先生，就我个人只想问一个问题。人民党为什么不选择对我们秋后算账？”
“汝杰，我们人民党的作风是实事求是。北洋水师与南洋水师的官兵们，有投身水师来报国的，有跟我一样因为家里面穷，只能去上不要钱的南洋水师学堂。最后干了水师这一行的。想来这里面没有因为想与我们人民党为敌，这才加入水师的人吧？”
“这自然是没有。”何汝杰连忙答道。
“那么大家以前加入水师，站到了人民党对立面上，我们人民党为什么要秋后算账呢？这世上没有这个道理。”严复说道。
何汝杰连连点头，这话的确是堂堂正正。不过何汝杰还没轻松片刻，严复继续说道：“但是，一旦水师投奔了人民党，成为工农革命军的海军。那么海军就是人民党的海军，就得服从人民党的章程。我前面说的一年期过渡期，绝对不食言。一年过后，不仅仅是水师的官兵愿意不愿意留在海军里面继续干，我们人民党也会选择我们认为适合继续在海军工作的官兵。这时候绝对不是我们要秋后算账，而是既然是工农革命军的海军，就必须符合工农革命军的章程。这点还请汝杰想明白，也对水师的官兵说明白。”
何汝杰的心情随着这句话一下子落入了谷底，北洋与南洋水师的真正想法是能够像现在一样垄断水师，把水师建成这个派系控制的领地。他们当然可以效忠严复，效忠人民党，效忠陈克。不过除了效忠的义务之外，他们不想放弃水师。严复的话却清楚明白的表明了这种想法是不可能实现的。即便是知道严复的要求一点都不过分，何汝杰心里面还是觉得颇为沉重。毕竟大家在水师这么多年，被迫离开的话也很是为难。可这种想法实在是难以说出口，最后何汝杰提出了一个要求，“严先生，能否将过渡期延长到三年，最少也得两年半。”
严复想了想答道：“两年半，不能再久了。”
何汝杰心中一阵轻松，一年的过渡期实在是令人不能接受，两年半的话，情况就大大不同。想离开水师的人也有比较充足的时间给自己谋取后路。
达成了协议后何汝杰等不及离开上海亲自回福建向大家回复，他直接通过无线电向萨镇冰发报，汇报了最新谈判的情况。得知严复不会对水师实施欲加之罪的处理方法，而且过渡期延长到了两年半。萨镇冰经过一天的讨论之后，向严复传达了同意起义的决定。当然，这也是有条件的，北洋与南洋水师因为缺乏物资与维修，大部分船只根本无法开动。工农革命军一旦打到福州和马尾，水师就会投降。
中央对严复传递的情报十分高兴，立刻指示严复马上把这件事的细节给敲定。现在中国仅存的北洋与南洋水师是非常珍贵的资源，人民党能够拿到的话，对于整个国家的海上体系算是一次飞跃性的发展。
所以严复除了得到了全权，还得到了很大的自主权。毕竟严复是老海军出身，学生们遍布北洋与南洋水师，这里面的规矩与各种弯弯绕，还是严复最清楚。
而严复很快就回复了一个惊人的请求，他请求带领一直小部队，以及一部分银元亲自到福建萨镇冰那里。“任何事情都有风险，我已经老了，所学的东西也都全部交给了海军学院的学生们。冯国璋到了狗急跳墙的时候，肯定会指挥海军做出什么疯狂的行为。若是能够因为我亲自到福建去，能够减少一些海军的损失，那我愿意冒任何风险。”
这等请求其他同志自然不敢轻易下决定，严复不仅是工农革命军海军中的元老与缔造者之一，也是陈克的老师。虽然大家都认为严复的想法很对，此时能够多保存一艘军舰，哪怕是一艘小军舰，也是极大的利益。但是在风险面前，谁也不敢打包票。毕竟没人愿意说，一艘军舰的价值比严复的性命更重要。
最后陈克还是拍板了，“同意严复同志的请求，不过这次告诉福建方面，我们将派遣两个团的部队一起从海路抵达福建，请他们做好接应的准备。”
萨镇冰考虑了一天后，给了回复，“同意严先生与两个团的部队前往福建。”
1916年9月9日，一艘货轮和两艘福建的巡逻艇组成的队伍从上海启程开往福建。福建水师方面果然按照原先的计划，顺利接应这批人在福建登陆。
不过到了9月13日，严复亲自发电报给武汉党中央，“我部已于12日逮捕了试图乘船从福建逃跑的冯国璋，部队已经攻占福州以及福建督军府，在起义海军的协助下封锁了福州港。请求陆军的同志迅速进军福州，帮助稳定当地形势。”