冉闵在吴郡王氏宗祠前的雷霆手段，如同在滚沸的油锅中泼入了一瓢冰水，瞬间引爆了整个江南地区，其产生的冲击波远比建康城内的刀兵相接更为剧烈和深远。恐惧，如同致命的瘟疫，以前所未有的速度在士族门阀间疯狂蔓延、滋长。皇帝那“天下是百姓的天下”的石破天惊之语，以及拆祠立碑、流放全族的残酷行动，彻底击碎了他们赖以维系了数百年、引以为傲的精神支柱和家族荣耀感。这不再是简单的政治打压或经济剥夺，这是从根本上否定他们存在的价值和意义，是刨坟掘墓式的清算。
清算的浪潮，以吴郡为中心，迅速、猛烈地向周边州郡扩散。这一次，不再是局限于擒杀首恶，而是呈现出“拔出萝卜带出泥”的态势，针对所有参与、甚至仅仅是暗中同情、资助或与叛党有密切往来的士族势力。王猛坐镇建康，统筹全局，如同掌控着一张巨大的罗网；慕容恪、荀羡等能征善战的将领则分率精兵，如同出鞘的利刃，奔赴各地，配合朝廷派出的、被赋予极大权力的“肃政御史”，展开了大规模、拉网式的清剿与整顿。
血腥镇压，毫不留情。帝国的机器一旦开动，便展现出其冷酷高效的一面。
在会稽，负隅顽抗的孔氏家族（孔熙虽已被擒，但其家族势力仍在）不甘坐以待毙，依托经营多年、墙高沟深的庄园坞堡，聚集族兵部曲，试图进行最后的抵抗。他们幻想着凭借地利和积存的粮草，能够支撑到“转机”的出现，或者至少能让朝廷付出足够惨重的代价。然而，慕容恪麾下的军队早已不是单纯的冷兵器部队。他冷静地观察了坞堡的结构后，下令调来随军的小型火炮（虎蹲炮及部分稍大的野战炮）。几声震天动地的轰鸣之后，坞堡那看似坚固的厚墙被炸开数道巨大的缺口，砖石飞溅，守军被震得东倒西歪。早已蓄势待发的精锐步兵如同潮水般一拥而入。孔熙之父等核心成员或在混乱中被格杀，或见大势已去而自戕，少数被俘者也在简单的军法审判后，被公开处决，以儆效尤。其家产、田宅、藏书楼阁，被查抄一空，昔日钟鸣鼎食之家，顷刻间烟消云散。
在吴兴，朱氏家族（朱桓虽死，余党尚存）试图利用江南复杂的水网地形与官军周旋，化整为零，进行骚扰和游击。然而，荀羡采取了更为灵活的分化策略。他广泛张贴告示，宣布只诛首恶，胁从不问，并悬赏缉拿在逃的朱氏核心成员。同时，他大胆启用了一些早已对士族垄断不满、熟悉当地地形水道的归附寒门子弟或中小地主作为向导。在这些“本地通”的带领下，官军行动如鱼得水，迅速锁定了朱氏余党的藏匿地点，逐一擒获，效率极高。
在丹阳、晋陵、宣城等地，类似的清剿行动也在同步进行。一时间，江南之地，血雨腥风，往日里文人墨客吟咏的杏花春雨，仿佛都染上了一层淡淡的血色。昔日钟鸣鼎食、诗酒风流、被视为文化象征的豪门大宅，或被查抄，衙役如狼似虎地将无数珍宝古玩、地契账簿搬运一空；或被付之一炬，冲天烈焰吞噬着雕梁画栋，象征着旧时代的彻底葬送。曾经高高在上、视寒门如草芥的士族子弟，或身首异处，血染刑场；或银铛入狱，等待流放的命运；或踏上通往北疆苦寒之地的漫漫苦途，回头望着烟雨朦胧的故乡，眼中尽是绝望与茫然。
均田令的强制推行与深化。
军事清剿的铁腕，为均田令的彻底推行扫清了最大的障碍。以往阳奉阴违、推三阻四的地方官吏，此刻要么已被清洗，要么噤若寒蝉，执行起朝廷政令来前所未有的高效。朝廷派遣的“清丈使”在精锐军队的护卫下，手持丈量工具和崭新的田亩册，深入乡里，重新丈量所有田亩，无论是明面上的“纳税田”，还是被隐匿数百年的“黑田”。
那些被士族隐匿的、身份如同奴隶的“隐户”被一一登记造册，脱离了士族的掌控，成为了国家的编户齐民，获得了合法的身份和相对的人身自由；“寄庄”田产被强制剥离，收回国有，不再是士族逃避赋税的工具。大量的无主之地（主要是被抄没的逆产）和清理出来的官田，被按照均田制的规定，优先分配给那些原本一无所有、或仅有少量土地的佃户、流民以及立有战功的退伍士卒。
这个过程并非一帆风顺，温情脉脉。一些地方爆发了小的冲突，少数忠于旧主的佃户或被残余势力煽动的民众，袭击清丈队伍，毁坏丈量工具。但在绝对武力和坚决的镇压面前，这些零星的抵抗如同投入洪流的石子，迅速被粉碎，为首者被严惩。同时，朝廷也宣布，对于主动配合清丈、如实申报田产（在限额内）的普通民众，给予减免部分赋税、优先分配好田等优惠措施，这在一定程度上缓和了矛盾，争取了底层民众的支持。
文化层面的清扫与重塑。
除了肉体消灭和经济剥夺，朝廷也对江南的舆论和文化阵地进行了前所未有的清扫。那些曾经常年举办清谈雅集、非议朝政、品评人物、俨然成为独立王国的士族园林、私人书院，被大量查封，或改制为讲授儒家经典、律法算学、忠君爱国思想的官学。大量被视为“空谈误国”、“诽谤新政”、“内容虚妄”的私人着述、诗集、笔记被查抄，在广场上公开焚毁（虽然王猛也下令，对于部分确有史料和文学价值、不涉及敏感内容的典籍，予以保留，收归官方书库）。朝廷明令，各州县官学必须采用由太学和格物大学联合编纂的统一教材，严禁私下传授“非议国策”、“惑乱人心”的内容，试图从思想根源上消除对抗的土壤。
拉拢与分化，孤立顽敌。
在举起屠刀的同时，朝廷也并未忘记运用政治智慧，拉拢与分化。对于像谢安这样早已归附、并在平叛过程中（通过提供部分士族动态情报、协助稳定某些区域等方式）做出贡献的士族，朝廷给予了保全和优待，其家族田产在《均田法》规定的合规范围内得以保留，其子弟依然可以通过科举等正当途径出仕。对于一些态度较为温和、未参与叛乱甚至对叛乱持反对态度的次等士族，也采取了相对宽大的政策。这在一定程度上避免了打击面过宽，防止了潜在的、更广泛的联合抵抗，有效地孤立了那些最顽固、最危险的敌人。
这场席卷江南的血雨腥风，持续了数月之久。其惨烈程度，牵连之广，远超之前的任何一次政治清洗。数以千计的士族及其核心依附者被处决，数万人被流放至北疆、西域等苦寒边塞，难以计数的田产、宅院、商铺、藏书易主。江东士族数百年来积累的、盘根错节的政治特权、经济实力和文化影响力，在这场帝国意志主导的风暴中被连根拔起，元气大伤，从此一蹶不振。
江南血雨，涤荡的是积弊，是旧时代的幽灵，是阻碍国家统一和社会进步的顽石。它用最残酷、最直接的方式，为新政的彻底推行扫清了障碍，也为寒门庶族和普通百姓的上升，开辟了前所未有的、相对公平的空间。帝国的根基，在血与火的洗礼中，被更加深入地、牢固地夯实在这片曾经门阀林立、壁垒森严的土地上。一个更加扁平化、皇权更加直达基层、社会流动性显着增强的新结构，正在江南的废墟与新生中，逐渐形成。