黄河决口在军事上达到了预定的效果，日军的军事进攻行动受到了重大挫折，日军4个师团陷于黄泛区，损失2个师团以上，日军的战车、重型装备都陷入泥沼之中，军事力量大为迟滞。其次，日军原计划由陇海线进犯武汉的计划破灭，日军不得不改由长江进攻武汉。虽然花园口决堤最终没能阻止日军进攻武汉，但国民政府利用日军推迟进攻武汉和改变计划的时间，对中国军队进行了调整和转移。
此外，花园口决堤带来了黄河改道，使中日双方沿着黄泛区形成了东西对峙，新黄河的北面和东面为日军所占领，西面和南面为国民党所辖。改道后的黄河线基本可看成中日双方在军事上的分界线中日两军隔新黄河线而西东对望，日本直到1940年也未踏入分界线西侧的一步；从1938年花园口决堤到1944年豫湘桂战役的六年里，河南中西部广大土地和千万中国人民得以保全。
由于国民党当局借口军事机密，没有及时组织人民群众撤离的措施。掘堤之日又遇到暴雨，使得黄河水猛涨，漫延而下，贾鲁河、涡河流域的乡村城镇一片汪洋大海，被瞬间淹没。中牟、尉氏、扶沟、西华、商水一带地区形成宽阔的水带。致使上千万普通百姓因此而倾家荡产、流离失所，数十万人死于非命，给豫、皖、苏三省人民带来无穷的灾难。
受灾范围，据后期统计，泛区直接波及水系间接相通的地方，河南省省有郑州、中牟、尉氏、扶沟、西华等二十个县市；安徽则有太和、毫县、阜阳、颖上、蒙城、凤阳、寿县等十余个县市；江苏有高邮、淮安等六县，总计44个县市。
灾区所受损失，据国民党政府行政院及联合国善后救济总署统计，淹没耕地公顷，占豫皖苏总耕地面积的24%；河南省为公顷。共记有人逃离，占豫皖苏原有人口的20.3%，其中河南省的有人。死亡人口人，占豫皖苏原有人口的4.7%，河南省为人。河南省扶沟县，黄河改道前，有村庄九百八十七个，决堤后只剩九十一个；人口由口减为口，死亡80 600人，逃亡人，房屋损失95%,牲畜损失90%。
花园口大决堤给河南、安徽、江苏三省人民造成了严重的生活灾难，数以万计的普通民众家园被滔滔的洪水摧垮，无家可归，不得不沦为难民，乞讨为生，到处漂浮着家具和死尸等。
花园口决堤后，国民政府没有向民众公布真相，而是借机进行舆论宣传。6月11日上午，国民党中央社从郑州发出专电，称：日我双方在郑州中牟附近激战，我军顽强抵抗坚守阵地，敌遂不断以飞机大炮猛烈轰炸，将该处黄河堤均巨轰毁一段，致成决口，水势泛滥，甚形严重。中央社在谴责日军暴行的同时，指出“敌此种惨无人道之举，既不能消灭我抗战力量，且更增加我杀敌之决心”。此后，《大公报》《申报》《时报》《新华日报》等各大报刊相继转载了国民党中央社的消息，并对日军进行谴责。
6月13日，政治部长陈诚在汉口召开记者招待会，政府再次公开谴责：日军的狂暴军部，竟以人力来帮助黄河为害，以淹没我军前线土兵和战区居民，惨无人道的行为，实足为全世界人类之公故而有余了”。
对此，徐渊本人保持缄默，只是在不断通过各种渠道转移受灾群众，按照各自意愿到抗战大后方或者南洋。
豫东战局因黄水泛滥而停顿了下来，救灾成为一时间的社会焦点。国民政府行政院一方面下令黄河水利委员会抢堵黄河决口以防止灾区扩大，另一方面派赈计委员会副委员长屈映光赶赴河南灾区全面主持安抚赈济事宜。
在拨款救济黄河水灾的同时，行政院号召全国未沦陷城市为救济黄灾举行募捐，在战时首都汉口，人们举行了历时三天音乐游园会，并将全部票价收入用于灾民救济。武汉培英小学的三十多名学生为黄灾募捐而组织了培英剧团，也将演出的全部收入用于募捐。此外，山西、湖北、广州等地也组织了形式各样的募捐活动。
花园口事件后，黄河水灾办事处一面派员分路施放急赈、收容无家可归灾民，一面组织渡水工具，督促被水围困群众迁往高处地带，对于自动迁往别处与外出谋生的灾民，赈计委员会在郑州、洛阳和潼关等处设置了难民输送站，为流动难民免费供给食宿。
1939年1月在关于振济工作中的报告，花园口决堤后的半年时间内，国民政府救济河南灾区的中央拨款以及各种黄灾募捐款项，“共计一百四十五万一千元；救济人数共约六十余万人”。
河南省沦为战区后又遭水灾，虽然政府派出中央大员联合河南省府等多方力量竭力救济被灾难民，然而，有限的急赈只能维持灾民短期的生活,并不是长久之计。因此，黄河水灾办事处在为黄灾难民施放急赈的同时，拨款二一十万，由河南省政府振务会负责，于平汉陇海两线设立收容所十三处，以暂时安置流民。
由于收容所只能提供短暂的食宿，国民政府救济黄河水灾工作亦逐渐将难民的输送配置作为救济工作的重点，而在难民配置中最重要的方式就是向豫西邓县和陕东黄龙山地区移民垦殖，既可以从根本上解决灾民安置问题，也可以为中国的持久抗战增加力量。
徐渊依旧是秉承自愿的原则，跟着国民政府的安置迁徙，他也不阻挠。
1938年7月23日，中央赈计委员会、第一战区长官部、河南省政府、河南省赈务会和黄河水利委员会五个机关各派代表，在郑州联合成立了黄河防泛新堤工赈委员会，共同负责防泛新堤的修建，工程的具体事宜则由黄河水利委员会计划实施，7月26日，黄河防泛新堤工程开始施工。
黄河防泛新堤施工结束后，为了继续给黄灾难民提供生计，河南省政府又计划在临伊、汝阳等县修筑护岸工程并疏浚河流，事实上到次年以后，河南境内以工代赈的水利工程主要是郑县至界首新堤的二期修建、原有堤防的不断修缮以及防泛新堤以西地区的积水排除。
花园口决堤后，法国巴黎哈瓦斯社电，报道了法国急进社会党机关报《共和报》对黄河决堤的评论：时至此际，中国业已准备放出大龙两条，即黄河与长江，以制日军死命，纵使以中国人十人性命，换取日本人一人性命，亦未始非计，此盖中国抗战决心所由表现也。
《申报》(香港版)以“黄河河道或将改道”为题，称：此次洪水使黄河可找一条天然水道，因目前之小道，乃人力强加维持，故道之河床已较沿岸城市地平线为高，此次决口或能解决几世纪来之问题也。沿河之城乡，由于战争之故，目前居民皆逃散一空，因此此种事实，正为黄河寻一天然水道之良好机会，而不致引起空前之死亡也。
在现代人看来这些信息有些奇诡，花园口决堤事件中，国内各方对“蒋介石直接下令”的事实集体缄默，并非单一因素导致。
其一是国民政府的主动掩盖，系统性造假与高压管控。
伪造“日军轰炸”说辞，抢占舆论先手——决堤后2小时，国民政府军事委员会即通电全国，宣称“日军飞机狂轰黄河大堤，致花园口段溃决”，同时伪造轰炸现场（如补炸堤岸、摆放破损飞机零件），组织中外记者“参观”。中央社、《中央日报》等喉舌同步密集发布“日军暴行”报道，将决堤损失全部归咎于日军，形成“既定叙事”。
严控信息传播渠道——战时国民政府垄断电报线路、报纸印刷发行、广播频段，民营媒体需经“战时新闻检查局”预审，任何质疑“日军轰炸”的内容均以“通敌”“破坏抗战”为由查封。例如，天津《大公报》曾试图调查决堤真相，记者刚抵达河南就被军统扣押，报纸随后登报“更正”立场。
特务统治与追责威慑——军统、中统对军政系统、民间团体实施严密监视，参与决堤的军官（如第8师师长蒋在珍）接到“绝对保密”命令，泄露者按“军法从事”（当时明确规定“泄露最高军事机密者处死刑”）；地方官员若敢透露“政府主动决堤”，立即革职查办，河南、安徽等地有3名县长因私下抱怨被处决，形成强烈震慑。