光绪元年，随着钦差大臣的任命正式下达，左宗棠并未急于挥师西进。他比谁都清楚，要横跨万里荒漠，从强敌手中夺回西域，手中必须有一支兵精、饷实、械利、纪严的铁军。于是，兰州与肃州——这两座屹立于河西走廊的雄城，化作了他锻造西征利刃的宏大熔炉。
兰州城外，校场之上，朔风卷起漫天黄沙。左宗棠一身洗得发白的戎装，端坐于帅台之上，目光如鹰隼般扫视着台下森严的队列。这是麾下各路人马首次大规模校阅：有自湖南时便追随他南征北战的湘军旧部，有于陕甘招募整编的楚军与蜀军，还有新近归附、眉宇间仍带几分桀骜的回军——尤以董福祥部最为显眼。
点卯开始！名册唱过，应者却稀落零落。左宗棠面色一沉，声音冷峻：“各营实到人数，与兵部册籍相差多少？”负责点验的营务处官员冷汗涔涔，颤声回禀：“禀大帅…各营空额，多则三成，少亦有一成半……”所谓“空额”，便是各级军官虚报兵数、中饱私囊的积年痼疾！
“好！好一个‘吃空饷’！”左宗棠怒极反笑，猛一拍案，“传令！即日起，各营重造兵册！所有兵丁，一一亲到验明正身！往后饷银，皆按名册实发，直达兵丁之手！有敢克扣、冒领者——”他声调骤厉，如寒刃出鞘，“无论官职高低，立斩不赦！首级悬于辕门，以儆效尤！”
此令既出，全场死寂。几个平日喝惯了兵血的军官，顿时面无人色。左宗棠随即宣布：“凡年逾五十、体弱多病、技艺生疏者，一律裁汰！发给路费文凭，妥善遣返原籍！所省饷银，悉数用于招募精壮、添购枪炮！”这一刀，毅然斩向军队的臃肿与沉疴。
肃州大营，气氛更为肃杀。此地作为进疆前最后枢纽，左宗棠将整军重心移至于此，事必躬亲。
他深知湘军、楚军、蜀军及回军董福祥部，各有渊源，互不统属实乃兵家大忌。遂断然下令：“打破旧制，混编重组！”湘军的坚韧、楚军的骁勇、蜀军的耐劳、回军董福祥部的骑射之长，被有意识地熔铸于新的营伍之中。
他大力提拔了一批敢战能战、不论出身的青年将弁，如湘军出身的刘锦棠、蜀军骁将徐占彪，以及那位被左宗棠看重其勇猛与熟悉西北情势的回军将领董福祥，命他们统领新编之军，在共同操演中砥砺默契。
对于裁汰下来尚有潜力者及新募勇丁，左宗棠特设“训勇营”。遣经验丰富的老卒与严苛的教习督导，施行高强度操练：每日负重越野数十里，跋涉于戈壁沙丘之间；火枪射击、刀矛格斗、骑术驾驭、掘壕筑垒，无一不苛求精准；更坚持在酷暑严寒、风沙弥漫中演练，模拟西域极端环境。
左宗棠常亲临训勇营，默观士卒在风沙中挥汗如雨，乃至力竭晕厥，他面色如铁，心硬如石：“平日多流汗，战时少流血！练不出这身铁骨，如何跨得过星星峡，斗得赢安集延悍匪？”
军纪，是左宗棠整军的铁律。他颁布了极其严苛的《西征军禁令》：
1.严禁扰民：“擅入民宅者斩！强买强卖者斩！奸淫妇女者凌迟！”他深知民心向背关乎成败，“王者之师”声名重于刀剑。
2.严禁冒功、怯战：“临阵退缩者斩！杀良冒功者斩！谎报军情者斩！”
3.严禁贪墨、涣散：“侵蚀军饷者斩！聚众赌博者重责！吸食鸦片者立革！”
禁令绝非虚文。一日，肃州城内，一名湘军老营出身的哨官强抢商贩货物，被人赃并获扭送辕门。左宗棠不顾其战功赫赫与同僚恳请，下令绑赴市曹，明正典刑！血淋淋的首级高悬城楼三日，全军为之悚然，再无敢越雷池一步。
又一日，董福祥部下回军骑兵因战马惊奔，践踏百姓青苗。董福祥本想赔钱了事。左宗棠闻讯，亲至董营，当众斥责：“军纪如山，一视同仁！践踏青苗，亦是扰民！依律当杖！”遂命军法官当场行刑。此举既震慑了回军，亦令董福祥心服，更赢得了汉回百姓的信任。
对董福祥部的整编，尤为关键，亦是其“剿抚兼施”战略的体现。董福祥原为陕甘回军首领，兵败归降。其人勇悍，在回部中颇有声望，然其部下军纪涣散，积习难改。
左宗棠亲召董福祥，推心置腹：
“禹亭，尔本豪杰，昔日误入歧途，情有可原。今朝廷不计前嫌，授尔职衔，统率旧部，乃旷世恩典！然欲为国家干城，洗刷前辱，必先整饬军纪，明辨大义！尔部勇则勇矣，纪律欠缺。若纵兵扰民，与昔日何异？何以面对父老？何以报效朝廷？”
董福祥闻言，深受震动，跪地立誓：“大帅教诲，福祥刻骨铭心！必严束部众，恪守军纪，戴罪立功，以报效朝廷！”
左宗棠遂行特殊整编：保留董部核心战力，将其精锐分散编入各营；同时调入湘军、楚军骨干至董部任基层军官与军纪官，既加强掌控，亦促融合。
又遣熟悉回务之官员、学者入营，宣讲朝廷德政，强调“保国即保教”，团结各族共御外侮（阿古柏、沙俄）。
董部饷械补给、训练课目，皆与他军同等。战功必赏，违纪必惩，无一例外。
在左宗棠的铁腕整肃与董福祥的倾力配合下，这支昔日的“回逆”武装，终蜕变为一支纪律严明、骁勇善战的西征劲旅，成为日后收复新疆，尤其是平定南疆的中坚力量。
兰州、肃州两大营盘，在左宗棠坐镇下，日夜运转不息。校场杀声震天，匠铺炉火通红（修造器械），粮台仓廪物资堆积如山。经汰弱留强，西征军面貌焕然：兵员精壮，器械崭新，更关键的是，军纪森严，令行禁止。昔日散漫扰民的兵痞不见踪影，取而代之的是目光坚毅、训练有素、深知使命的战士。
左宗棠常巡行各营，看士卒于烈日风沙中操练，看辕门外高悬的军令与那口静默的黑漆棺木。他知道，手中利刃已然磨就。肃州秋风萧瑟，却吹不灭他胸中烈焰。整军既毕，粮秣渐足，万事俱备。他昂首西望，目光似已越过玉门关，锁定了天山南北那片沦丧的国土。
“传令各营，”左宗棠的声音于肃州城头响起，清晰而决绝，“加紧备战，整装待发！不日，兵出阳关，收复新疆！”
戈壁长风，卷着这铮铮号令，传遍军营每个角落。