天启二十七年的冬雪，未能冷却南京城因“血脉疑云”与“天命之争”而激起的暗流。格物院输血疗法的失败，如同一滴落入滚油的水，在朝堂上下炸开了锅。
太医院院使联合十余位翰林、科道官，联名上奏，弹劾格物院“妄践人伦，荼毒生灵”，更将此事与之前的《华夷新辨论》相联系，指斥其背后是“以巧技乱纲常，以夷风坏华统”的危险思潮。奏疏中明确提出：“请陛下明旨，禁绝此等骇人听闻之术，并申明纲常伦理为我大明立国之本，凡有悖逆，皆当严惩。”
这已非单纯学术之争，而是上升到了意识形态与统治合法性的高度。
然而，这一次，皇帝的反应却与以往不同。他没有立即召见林川训斥，也没有对弹劾奏章做出批复，而是将其留中不发。同时，他下了一道意味深长的旨意，命“议会、刑部、都察院、格物院及太医院，共议输血疗法之利弊，并拟定条陈奏报”。
这道旨意，看似是将皮球踢了出去，实则暗藏玄机。它首次在涉及伦理纲常的重大争议上，没有由皇帝或内阁直接裁决，而是要求一个由多方势力组成的临时机构进行“共议”。这本身，就是对《大明约法（草案）》中“议会参与重大决策”精神的一种微妙认可，也是对各方势力的一次公开考验。
议会的议事厅内，气氛空前紧张。关于如何“共议”，便先引发了一场程序之争。
保守派官员坚持认为，此事关乎“名教纲常”，理应由德高望重的礼部主导，太医院辅佐，进行“道德评议”，议会只需旁听记录即可。
“荒谬！”顾炎成拍案而起，他如今已是议会中革新派的骨干力量，“陛下明旨，命‘共议’，且议会位列首位！此乃政事，非单纯医理或道德空谈！当依《议会章程》，设立特别审查委员会，传唤证人，调阅格物院研究记录、事故报告，太医院亦需提供其反对之医学依据，公开辩论，最终由委员会投票形成条陈！”
他的主张得到了大多数议员的支持。经过激烈辩论，议会最终顶住压力，依据《大明约法（草案）》赋予的议事权，成立了“输血疗法特别审查委员会”，由议会、刑部、都察院派员组成，并邀请格物院和太医院作为技术顾问方出席，但无表决权。审查过程需公开记录，允许《大明公报》择要报道。
这一举动，打破了以往由清流议论或皇帝乾纲独断的传统决策模式，首次尝试将一场重大的伦理与社会争议，纳入一个初步的、程序化的协商框架中来解决。
审查会上，辩论异常激烈。
太医院院使引经据典，从《孝经》“身体发肤，受之父母”讲到血脉传承关乎宗法秩序，痛陈输血之术“混淆亲疏，玷污血脉”，其害甚于猛虎。
王贞仪则代表格物院，冷静地出示了大量动物实验数据，分析了输血失败案例的具体原因（如血液凝结），坦诚了目前认知的局限性，但也坚定地指出了输血在战场急救和某些危重病症上的巨大潜力。“格物之精神，在于求真知以救人性命，”她目光清澈，环视会场，“若因恐惧未知而扼杀探索，非但不能保全伦理，反而会因见死不救而背离仁心。关键不在禁止，而在如何建立安全之规条。”
李仲景裹着伤，亲自到场，详细解释了“直系血亲”输血规范的制定初衷，以及助手违规操作的教训，沉痛表示：“此非术之罪，乃人之过，亦是我格物院监管不严之失。我等愿受律法制裁，但恳请给此术一个继续研究、完善规范之机会。”
刑部官员则从律法角度提出疑问：“若此术可行，他日输血致人死亡，该当何罪？是依《大明律》‘庸医杀人’条，还是另立新法？若血液可输，是否意味着人身之物亦可视为‘货品’？其所有权、使用权如何界定？”
都察院的御史则更关注程序正义与社会影响，质询格物院的研究是否经过必要的伦理审查，事故发生后对受害者家属的抚恤是否到位，以及如何防止此类高风险技术被滥用。
争论持续了数日。委员会内部也意见分歧，难以达成一致。
关键时刻，林川并未直接介入辩论，而是通过支持他的议员，提出了一项折衷方案，并最终获得了委员会多数通过：
第一，承认输血疗法目前仍属高风险、未成熟之技术，即刻起，严禁任何形式的非危急情况下的临床应用及一切有偿输血行为。
第二，不全面禁止研究，但格物院的相关研究需置于议会下设的“医事伦理核查小组”监督之下，所有人体实验（即便在危急情况下）必须提前报备并经核查小组质询，且需当事人或家属签署具有律法效力的“知情同意书”。——这在大明历史上，首次确立了“知情同意”的雏形。
第三，责成刑部、礼部与格物院，会同议会议员，共同起草《高风险医事研究管理暂行条例》，对类似输血疗法的新技术，从研究、伦理、责任到潜在的社会伦理影响，进行全面的规范与约束。
第四，对李仲景及其助手，依《大明律》相关条文及事故责任进行惩处；对格物院，予以申饬并罚银，用于建立医疗事故救助基金。
这份条陈呈送御前，天启帝阅览良久。最终，他朱笔批红：“依议。”
两个字，轻描淡写，却重若千钧。它意味着，皇帝默认了议会主导的这次“共议”及其结果，认可了在涉及伦理与科技的模糊地带，需要依靠初步的程序、多方的协商和专门的条例来管理，而非简单地依靠圣心独断或道德批判。
“血脉疑云”至此暂告一段落。格物院付出了代价，研究受到严格限制，但火种并未熄灭，反而在规则的框架内，获得了某种意义上的“合法性”。太医院等保守势力虽未达成彻底禁止的目标，但也成功地将这头“危险的野兽”关进了制度的笼子，并确立了传统伦理在公共辩论中的话语权。
更重要的是，这一次，面对前所未有的伦理困境，大明没有退回到“祖宗成法”或“道德空谈”的老路，而是尝试着，用一场略显粗糙但程序明确的“共议”，用一份旨在建立规则的“条例”，作为保护社会、也保护探索者的盾牌。
这面盾牌，名为“律法”。它的出现，本身就是在旧势力的反扑中，新制度于阵痛里焕发出的顽强生命力。