盛夏的南京城，除了闷热，更添了一丝令人不安的疫气。秦淮河下游的几个棚户区，开始出现呕吐、腹泻的病例，起初并未引起太多注意，直到疫情迅速蔓延，每日都有数十人倒下，才引发了恐慌。
格物院医学院内，气氛紧张。王贞仪与李仲景（李时珍后人）等人正在分析疫情。得益于显微镜的初步应用，他们从患者排泄物中观察到了一些异常微小的生物（细菌），虽然无法完全确定其与疾病的直接关系，但结合症状，他们高度怀疑是“霍乱”，并通过《大明公报》紧急发布了预防措施：煮沸饮水、隔离病患、处理秽物。
然而，这些基于“疫气”、“微生物”的新式防疫观念，遭到了太医院及民间大多数传统郎中的强烈质疑和抵制。
太医院院使，一位须发皆白、德高望重的老太医，在朝会上当着天启帝的面，就对王贞仪的结论提出了严厉驳斥：“陛下！万不可听信格物院一面之词！霍乱之症，古已有之，乃因暑湿疫疠之气，感伤脾胃所致！当以藿香、佩兰等药芳香化浊，健脾利湿！岂能归咎于那虚无缥缈的‘微生物’？煮沸饮水或可去其寒凉，然隔离病患，使其不得亲人照料，有违人伦！处理秽物或可洁其环境，然绝非根本！”
他的观点代表了绝大多数传统医者的认知。他们坚信千百年的经验，认为疾病源于“气”的失常和外界“疠气”的侵入，治疗需调和阴阳、扶正祛邪。对于“微生物致病说”和严格的隔离措施，他们视为离经叛道，甚至觉得隔离是残忍不仁之举。
民间更是谣言四起。
“听说了吗？格物院说病是看不见的小虫子引起的，还要把得病的人关起来！”
“这不是胡说八道吗？肯定是得罪了哪路鬼神！”
“太医院的老太医们才靠谱！”
疫情在争论和迟疑中继续扩散。一些相信格物院建议的百姓，开始烧水喝，情况稍有好转。但更多人不信，依旧饮用生水，甚至有些病患家属拒绝隔离，导致全家感染。
王贞仪心急如焚，她知道时间就是生命。她一方面组织医学院的学生和愿意相信新医理的郎巾，在疫情严重的区域设立临时“防疫所”，强制收治、隔离病患，并免费发放初步验证有效的汤药（其中包含了黄连等具有抗菌作用的药材）；另一方面，她决定进行一次公开的演示，以最直观的方式，争取民众的理解。
在得到林川和皇帝的首肯后，一场特殊的“演示”在格物院外的广场上进行。广场一侧搭建了临时棚子，收容了数名病情稳定的霍乱患者。王贞仪请来了朝中官员、太医院代表以及众多市民围观。
她首先请太医院的太医为患者诊脉，确认其症状。然后，她取来患者的排泄物样本，通过一架精心调试好的显微镜，将观察到的影像投射到一块特制的、经过处理的白色丝绸幕布上（简易投影）。
当幕布上出现那些密密麻麻、不断蠕动的微小生物时，全场哗然！
“天啊！真的有虫子！”
“就在那水里！就在那污秽里！”
许多百姓吓得面无人色，连连后退。就连一些太医，也目瞪口呆，他们从未想过，在那些污秽之物中，竟有如此一个“活”的世界。
王贞仪声音清晰而镇定地传来：“诸位请看！此等微虫，便存在于不洁之水与秽物之中，入人腹内，便可致此恶疾！煮沸饮水，可杀此虫！处理秽物，可断其传播！隔离病患，可防其蔓延！此非妖法，乃是格物之理！”
她又指着正在服用汤药的患者：“太医院所用之方，其中黄连等药，经我格物院实验，证实确有抑制甚至杀灭此类微虫之效！新学旧术，并非水火不容！查明病源，对症下药，方能拯救万千生灵！”
这番演示，结合眼见为实的震撼和入情入理的分析，产生了巨大的效果。许多原本将信将疑的百姓，开始真正重视起煮沸饮水和清洁卫生。一些开明的郎巾，也开始反思，尝试将格物院的研究成果与自身经验相结合。
太医院院使看着幕布上的影像，又看了看那些在格物院方法照料下病情得到控制的患者，脸色变幻不定，最终长叹一声，没有再出言反驳。他知道，一个全新的医学世界，已经在他面前打开了大门，尽管这扇门的开启，让他感到失落和不安。
借此机会，林川顺势在议会提出设立“大明防疫司”的议案，旨在整合太医院与格物院医学院的资源，建立疫情监测、上报和应急机制，推广公共卫生观念。尽管仍有阻力，但在确凿的疫情和演示带来的冲击下，议案最终得以通过。
医道之争，以新旧观念的激烈碰撞和初步融合暂告段落。这不仅是一场关于疾病的斗争，更是一次对传统认知体系的巨大冲击，为后续更全面的社会变革，埋下了重要的伏笔。病菌无形，却比任何刀剑更能撼动人心深处固守的堡垒。