觉醒的初号机悬浮在高空，周身金色At立场羽翼骤然收缩、重组，化作一枚巨大的十字星，在天幕上散发着神圣光芒。随着碇真嗣体内亚当细胞的觉醒，十字星开始旋转、拆分，无数道光带从其中延伸而出，在空中交织成卡巴拉生命之树的阵型——光带勾勒出生命诞生与进化的轨迹，象征物质与灵魂的圆满，而阵型的顶点，正对应着初号机所在的位置，那里是唯一的神明之座。
顶天立地的莉莉丝（绫波丽）缓缓抬头，纯白的躯体因初号机的吸引而微微震颤。她伸出双手，庞大的身躯在空中移动，每一步都让大地与LcL海掀起巨浪，最终在初号机面前停下，双臂轻轻环住这台象征“神”的EVA。
“轰——！”两者接触的瞬间，前所未有的大爆炸爆发，第三次冲击的光芒如同睁开的巨眼，从爆炸中心扩散至整个世界。冲击中心，黑之月缓缓浮现，与觉醒的初号机融为一体，橙色的LcL液体从地面升起，化作光柱连接天地，将世间万物纳入这终极的仪式之中。
莉莉丝的躯体开始发光，十二支纯白羽翼从她体内诞生、展开，遮天蔽日，羽翼上的纹路与初号机的生命之树阵型相互呼应。成神仪轨正式进入最终阶段——万物的融合统一在冲击中开始，无论是人类的躯体，还是散落的灵魂，都在光芒中化作粒子，朝着初号机与莉莉丝的方向汇聚；灵魂在这过程中经历璀璨的升华，所有的痛苦、愤怒、喜悦与执念，都在融合中逐渐消解，朝着“圆满”的形态蜕变。
天地间只剩下光芒与LcL海的浪潮，第三次冲击以莉莉丝为原典，以初号机为神座，将世界推向了万物归一的终极结局。
第三次冲击的光芒笼罩大地，每一个残存的人类眼前，都浮现出心中最渴望的景象——有人看到已故的亲人笑着向自己伸出手，有人看到错过的爱人在熟悉的街角等待，有人看到未完成的梦想在眼前绽放。所有人的愿望在此刻得以实现，脸上都洋溢着释然的微笑，再无痛苦与遗憾。
“这就是……相互理解的世界吗？”有人轻声呢喃，话音未落，身体便开始泛起橙色的微光，如同冰雪消融般，缓缓化作LcL液体，融入脚下的浪潮。人与人之间的隔阂、猜忌、孤独，都随着At立场的消散而瓦解，曾经无法触碰的灵魂，在此刻紧紧相拥。
高空之中，三号机的At立场如同玻璃般碎裂。御神言的眼前，早乙女结衣的身影温柔地拥抱他，父母站在不远处，眼中满是欣慰的笑意——那些未曾说出口的遗憾、未能弥补的过错，都在这幻影中得到了圆满。他闭上眼，嘴角扬起微笑，三号机的躯体与他的形体一同化作粒子，融入LcL海。
渚薰看着眼前的光芒，没有丝毫抗拒。他轻轻抬手，仿佛在触碰空气中无形的命运——从诞生之日起，他便知晓自己的结局，而此刻，他选择坦然接受。“这就是我选择的路。”他轻声说道，身体逐渐透明，最终消散在光芒中，没有一丝留恋。
全球范围内，人类的At力场尽数消失。无论是高楼顶端的幸存者，还是废墟中的伤员，肉体都开始崩坏、消融，化作橙色的LcL液体，顺着街道、山谷、海洋，朝着冲击中心汇聚。大地被LcL液体覆盖，曾经喧嚣的世界变得寂静，只剩下光芒与浪潮交织，诉说着这场万物归一的终极补完。
当最后一个人类的形体消融时，世界彻底被橙色的LcL海覆盖。没有战争，没有痛苦，没有隔阂，人与人之间的灵魂在此刻真正相连——一个可以相互理解的世界，终于在第三次冲击的余波中，悄然诞生。
……
欢乐的音乐在漆黑中流淌，再睁眼时，刺目的白光与刺耳的闹钟一同砸进脑海——之前的战争、冲击、生死离别，都像一场破碎的幻梦。“真嗣，该起床了！”母亲的声音从门外传来，带着熟悉的温柔。
碇真嗣揉着眼睛走下楼，客厅里，父亲正坐在沙发上看报纸，母亲在厨房煎着荷包蛋，阳光透过窗户洒在地板上，暖得有些不真实。“碇真嗣！快点！要迟到了！”门口传来明日香的呼喊，她背着书包，脸上带着俏皮的笑容，还是记忆里青梅竹马的模样。
匆匆吃完早饭，他和明日香并肩走向学校。踏入教学楼，来到教室，一阵欢呼声突然响起——红色跑车停在操场，葛城美里摘下墨镜，对着围观的学生挥手，依旧耀眼得让人移不开眼。
上课铃声响起，御神言老师站在讲台上，身边跟着一个穿着校服的女孩：“给大家介绍新转校生，绫波丽。”绫波丽抬起头，露出腼腆的笑容，和曾经沉默寡言的模样判若两人。
这就是最美好的世界吧——家人健在、朋友相伴、没有战争，一切都完美得像一场精心编织的梦。可正是这份完美，让碇真嗣心头发紧：战斗的疼痛、明日香的悲鸣、初号机的觉醒……那些记忆清晰得仿佛就发生在昨天，绝不会是虚假的幻觉。
“我出去一下！”碇真嗣猛地站起身，不顾御神言老师“现在是上课时间”的呼喊，冲出教室。他跑过走廊，路过操场时，渚薰笑着对他挥手，他却不敢停下；他跑出学校，远离那个和谐得诡异的家，街道上的人越来越少，两旁的建筑物逐渐变得稀疏，连荒野的色彩都在慢慢褪去，只剩下一片模糊的灰白。
“碇真嗣！你跑什么！”明日香的声音从身后传来，她追上他，紧紧握住他的手，语气里满是委屈与认真，“这么美好的世界，你有什么不满意？我们可是男女朋友，你不能抛下我——就算你跑去天涯海角，我也会找到你！”
她的爱意浓稠得让人窒息，可碇真嗣的脑海里，却浮现出另一个身影——那个在量产机爪下悲鸣、却仍想着保护他的明日香，那个在真实战场上与他并肩作战的明日香。“对不起，明日香。”他轻轻抽回手，眼神坚定，“我喜欢的那个她，还在等我。这个世界再美好，也是假的，我不能在这里停滞不前。”
说完，他转身继续向前奔跑，朝着荒野的尽头、朝着那片灰白的深处跑去——哪怕前方是未知的真实，他也不想再沉溺于虚假的美好。