热泉镇的幸存者被联盟后续派出的、穿着全套防护服的医疗部队接走，安置在远离海岸线的隔离区进行观察和恢复性治疗。他们虽然脱离了异变，但精神与肉体都遭受了重创，能否完全恢复正常仍是未知数。小镇本身被暂时划为永久隔离区，由联盟部队轮流驻守，防止残留污染复燃。
这场惨胜，在联盟内部引发了深远的余波。
高塔展现出的、那种近乎“规则级”的净化能力，让所有知情者感到了前所未有的震撼与……一丝寒意。这种力量超越了他们对“术”的理解，更接近于神话中的“神罚”。尽管高塔用它拯救了（至少是物理形态上的）数千人，但其过程的冷酷、以及对施术者（幼苗）造成的沉重代价，都让各大忍村的高层心生忌惮。
依赖，伴随着恐惧。这份恐惧，在暗处悄然滋长。
岩隐的代表在内部会议上，语气已经不再是单纯的质疑，而是带着一种深深的忧虑：“我们必须考虑，如果有一天，高塔将那种净化场，对准我们的村子……我们有任何手段抵抗吗？”
即使是坚定支持与高塔合作的砂隐和木叶，内部也出现了不同的声音。一些保守派长老开始质疑，将村子的安全如此深地与一个非人且力量未知的存在绑定，是否明智？
联盟表面上的合作仍在继续，技术共享、预警网络铺设都在按计划推进，但一种无形的隔阂与谨慎，开始在各方势力间弥漫。奈良鹿久和纲手敏锐地察觉到了这种变化，但他们暂时无力改变，只能尽力维持着合作的框架，并加快对高塔提供技术的消化与吸收，试图尽快提升联盟自身的实力，以减少对高塔的绝对依赖。
高塔，能源中枢。
混沌幼苗的沉眠比上一次更加深沉。它蜷缩在能量井旁，星光黯淡到几乎熄灭，意识波动微不可察。塔之核心调动了远超之前规格的能量流进行滋养，但恢复速度极其缓慢。“净蚀”对规则层面的干涉，尤其是如此大范围的施展，对其本源的消耗是根源性的。
塔之核心冰冷地记录着这一切。幼苗的两次沉眠，一次因对抗带土的“净土之门”，一次因净化热泉镇，皆源于外部威胁。数据库内部，一个基于“威胁清除效率最大化”的逻辑线程被再次激活并强化。
它开始加速推进数个因资源或优先级而被暂缓的项目：
1. “星核探针”计划：旨在建造能够深入地幔、甚至探测地核能量的侦察单位，以期从根本上监控乃至切断阿奎琳娜利用地脉的能力。
2. “信息瘟疫”武器化研究：基于混沌幼苗在对抗轨道侦察时展现的信息扰动力，开始推导其主动攻击形态，目标瘫痪“壳”组织的蜂群网络指挥系统。
3.对“神树之根”碎片的冒险解析：在多重隔离环境下，开始尝试用极低能量刺激碎片，观察其反应，试图理解其与带土目标、以及查克拉本质的关联。
高塔的应对方式，永远是更加冰冷、更加极致的效率与力量提升。它没有“愤怒”这种情绪，只有不断优化的“问题解决程序”。
就在联盟内部暗流涌动，高塔默默舔舐伤口并强化自身之时，一直行踪诡秘的宇智波带土，终于再次露出了踪迹。
这一次，不是在偏远的山谷，而是在一个出乎所有人意料的地方——雷之国与汤之国交界处的、一座古老的、供奉着疑似与六道仙人有关遗迹的神社附近。
发现他行踪的，并非高塔的“外延壁垒”，也不是联盟的巡逻队，而是一支恰好在此地进行历史遗迹考察的、由云隐和木叶学者组成的小型考古队。
带土并未掩饰身形，他独自一人，站在神社废墟的中央，仰望着残破的神像，面具下的写轮眼似乎在与某种残留的意念进行着交流。当考古队意外闯入时，他仅仅是冷漠地瞥了他们一眼，并未动手，而是如同鬼魅般缓缓沉入神威空间消失。
考古队吓得不轻，立刻将情报上报。
“他在寻找什么？与六道仙人相关的遗迹……难道‘神树之根’并非唯一的关键？他在搜集某种……‘资格’或者‘钥匙’？”奈良鹿久在接到报告后，陷入了深深的思索。带土的行踪和目的，比“壳”组织更加飘忽，但其潜在威胁丝毫不弱。
他立刻将情报共享给了高塔和其他影。
塔之核心在接收到信息后，迅速调取了关于那座神社的所有现存记载（部分来自木叶共享的古籍，部分来自高塔自身对大陆历史的扫描存档）。数据显示，那座神社在远古时期，似乎曾是祭祀“自然能量”与“阴阳遁”的场所，与妙木山、龙地洞等圣地隐约存在某种联系。
“目标（带土）行为模式更新：搜寻与上古查克拉体系及自然能量相关的遗迹。目的推测：补充‘净化’所需条件，或寻找替代‘神树之根’的媒介。”塔之核心更新了关于带土的威胁评估档案。
一个新的、更加古老的线索，被带土的行动牵引了出来。忍界尘封的历史，似乎正在被这些追逐着不同终极目标的势力，一点点地揭开面纱。
而无论是高塔、联盟，还是带土，都并未察觉，在更深的、连地脉都难以触及的某种“信息层”中，一股更加古老、更加淡漠的意志，似乎因为近期频繁的规则级扰动（净土之门、净蚀），而泛起了一丝极其微弱的、如同苏醒前兆的涟漪。
真正的棋手，或许从未只是台面上的这几方。热泉镇的净化，如同投入深潭的石子，激起的涟漪，正在向着更加不可预测的远方扩散。