平行宇宙的访客带来了熵寂病毒的样本。林昭雪将其封入本源之力构成的囚笼，却发现病毒在缓慢侵蚀囚笼的结构。星语突然开口：“世界树的根系传来不安的共鸣，似乎有同类正在被感染。”
众人立即启动世界树的防御系统，沈烬离的魔纹与防御矩阵相连，x - 001则编写对抗程序。然而，病毒的传播速度远超预期，短短时间内，世界树的三根主根系已出现腐化迹象。林昭雪心急如焚，手中光芒闪烁，不断加固囚笼，但收效甚微。突然，囚笼发出一阵剧烈的震颤，一道黑色的触手破笼而出，瞬间缠上了最近的一根副根系，根系迅速变黑枯萎。就在众人慌乱之际，星语尖叫道：“不好，病毒激活了世界树内部的隐藏休眠程序，它要自我封闭了！”一旦世界树自我封闭，他们将失去所有的支援与保护。沈烬离咬了咬牙，魔纹闪烁出妖异的光芒，他试图强行切断病毒与世界树的连接。而x - 001则疯狂敲打着键盘，加快对抗程序的编写。就在世界树即将完全封闭的最后一刻，x - 001大喊：“程序完成！”光芒闪过，对抗程序开始生效，病毒的侵蚀速度逐渐减缓，世界树的自我封闭也停了下来。众人松了一口气，但他们知道，这场与熵寂病毒的战斗，才刚刚开始。 就在大家以为暂时稳住局势时，异变突生。那根被黑色触手缠过的副根系竟爆发出一股强大的反冲力，将对抗程序的光芒瞬间冲散。病毒再次疯狂蔓延，世界树的主根系上出现了一道道裂痕。
林昭雪眼神坚定，决定以自身本源之力直接对抗病毒。她双手结印，周身光芒大盛，冲向那根副根系。沈烬离也紧随其后，魔纹光芒暴涨，试图为林昭雪分担压力。
x - 001则快速分析病毒新的变化，准备更新对抗程序。星语不断感知世界树的状态，为众人提供实时信息。
然而，熵寂病毒仿佛有了自主意识，开始针对性地攻击林昭雪的本源之力。林昭雪渐渐有些力不从心，脸色变得苍白。就在她快要支撑不住时，沈烬离突然爆发出一股更强大的力量，与林昭雪的本源之力融合，暂时压制住了病毒。但他们明白，这只是权宜之计，必须尽快找到彻底消灭病毒的方法。 就在沈烬离和林昭雪合力压制病毒时，x - 001突然喊道：“不好，病毒产生了变异，新的对抗程序还需要时间才能完成！”话音刚落，世界树的主根系上的裂痕迅速扩大，一道道黑色的能量波从裂痕中涌出，冲击着众人的防御。星语的脸色变得十分难看：“世界树的生命力在急剧流失，这样下去，它撑不了多久了！”
林昭雪咬了咬牙，强忍着本源之力被侵蚀的痛苦，对众人说道：“我们不能坐以待毙，必须想办法找到病毒的核心，一举将其消灭。”沈烬离点了点头，魔纹闪烁出更加耀眼的光芒：“我和你一起去，无论如何，都要保护好世界树。”
于是，林昭雪和沈烬离在x - 001和星语的支援下，朝着病毒蔓延的核心区域冲去。一路上，他们遭遇了无数由病毒凝聚而成的黑色怪物的攻击，但两人配合默契，一一将其击退。终于，他们来到了核心区域，只见一个巨大的黑色球体悬浮在那里，不断散发着恐怖的气息，那正是熵寂病毒的核心。一场更为激烈的战斗即将展开。 林昭雪和沈烬离刚靠近黑色球体，一股强大的吸力便将他们拉扯过去。沈烬离魔纹闪耀，凝聚出一道护盾，暂时抵挡住吸力。林昭雪趁机双手快速结印，释放出一道道本源之力射线射向球体。然而，射线触碰到球体后，竟被瞬间吸收，球体的光芒愈发强盛。
就在这时，球体表面裂开一道道缝隙，从中钻出无数细小的黑色触手，如潮水般向两人涌来。沈烬离挥动魔纹利刃，将触手纷纷斩断，但触手却如同有再生能力，断了又长。林昭雪感觉本源之力消耗巨大，体力也渐渐不支。
而在外面，x - 001加快程序编写，星语则全力维持世界树的稳定，可世界树的生命力仍在不断流逝。突然，林昭雪脑海中灵光一闪，她想到世界树本源中蕴含的净化之力。她急忙联系星语，让其引导部分净化之力注入自己体内。顿时，林昭雪身上光芒大盛，她带着净化之力冲向黑色球体，一场决定世界树命运的最终对决就此打响。 林昭雪带着净化之力冲向黑色球体，黑色触手疯狂地朝她袭来，试图阻止她靠近。沈烬离紧跟在她身后，拼尽全力为她清除障碍。当林昭雪接近球体时，净化之力与病毒的黑暗力量激烈碰撞，爆发出刺眼的光芒。就在此时，球体突然剧烈震动，从中射出一道黑色光柱，将林昭雪击飞。沈烬离急忙接住她，两人都受了不轻的伤。但林昭雪没有放弃，她再次凝聚净化之力，这一次，她将全部的意志和力量都灌注其中。净化之力如同一把利刃，穿透了黑色球体的防御，开始侵蚀核心。黑色球体疯狂地挣扎，黑色触手四处乱舞。而在外面，x - 001完成了新的对抗程序，与林昭雪的净化之力内外配合。最终，在众人的共同努力下，黑色球体逐渐黯淡，熵寂病毒的核心被成功摧毁。世界树的裂痕开始愈合，生命力慢慢恢复。众人终于松了一口气，这场艰难的战斗，他们胜利了。 就在大家沉浸在胜利的喜悦中时，世界树突然发出一阵低沉的嗡鸣。星语面色骤变：“不好，这是世界树在发出警告，似乎还有残留的病毒隐患！”众人的心再次提了起来。果然，从世界树的深处，缓缓浮现出一个微小的黑色光点，它散发着微弱却邪恶的气息。x - 001分析后发现，这是病毒的一丝残魂，若不彻底清除，随时可能卷土重来。林昭雪深吸一口气，虽然本源之力消耗巨大，但她还是决定再次出手。沈烬离也站到她身旁，给予她支持。他们小心翼翼地靠近光点，就在林昭雪准备释放净化之力时，光点突然分裂成无数细小的碎片，朝四面八方射去。众人立刻分散开来，开始追捕这些碎片。一场新的、更为艰难的清剿行动又拉开了帷幕，谁也不知道，这残留的病毒隐患，还会带来怎样的挑战。 林昭雪追着其中一片碎片，那碎片速度极快，在世界树的枝干间穿梭。突然，碎片钻进了一个古老的树洞，林昭雪刚靠近，树洞便喷出一股黑色烟雾，将她笼罩。烟雾中，她的净化之力竟被迅速削弱。沈烬离赶来，用魔纹驱散烟雾，却发现碎片已不见踪影。
与此同时，x - 001那边也遇到麻烦，他追踪的碎片竟引来了一群被病毒感染的小型精灵，它们疯狂攻击x - 001，让他无暇顾及碎片。星语在维持世界树稳定的同时，还得分出精力去帮助其他人。
就在众人焦头烂额时，所有碎片突然开始汇聚，重新凝聚成一个稍小的黑色球体。球体散发着比之前更浓烈的邪恶气息，似乎在吸收世界树残留的负面能量来壮大自己。林昭雪等人再次集结，这一次，他们明白，必须更加谨慎，制定出更有效的战术，才能彻底清除这最后的病毒隐患。 林昭雪迅速冷静下来，与众人紧急商议对策。她提出利用世界树的根系构建一个巨大的能量牢笼，先困住球体，再由x - 001释放新的对抗程序进行削弱。沈烬离负责用魔纹强化牢笼的稳定性，星语则继续引导世界树的净化之力。计划开始实施，众人各就各位。沈烬离的魔纹闪耀，根系交织成一个密不透风的牢笼将球体困住。x - 001输入指令，对抗程序如电流般涌入球体，球体光芒闪烁，开始颤抖。就在大家以为胜利在望时，球体突然释放出一股强大的反震力，冲破了部分牢笼。林昭雪当机立断，将剩余的净化之力全部注入球体，净化之力与病毒激烈交锋。沈烬离也加大魔纹输出，加固牢笼。在众人的坚持下，球体的光芒逐渐黯淡，最终化作一缕黑烟消散。世界树恢复了往日的生机，众人相视一笑，这场与熵寂病毒的漫长战斗，终于彻底结束。