药神谷禁地药圃中，刘镇南握着新生的并蒂道种，怀中躺着记忆尽失的林素衣转世身。天际传来天魔本体的震怒咆哮，谷外星轨族残余势力正在集结。并蒂道种突然自发扎根土壤，种壳裂开处生出金银双色根须，金须汲取谷内残存药性，银须连接地底灵脉。
道种萌芽的刹那，谷内残存的诛仙剑阵突然复苏。但仙剑不再攻击，反而环绕道种飞舞，剑身浮现药神谷历代谷主残念。这些残念汇成光流注入道种，种芽瞬间长成三尺幼苗，叶片上天然铭刻着失传的《药神谱》。
幼苗散发的生机让林素衣转世身睫毛微颤，她无意识伸手触碰叶片。指尖触及叶脉时，叶片上的《药神谱》突然活过来，文字流入她眉心。但她眼中仍是一片茫然，只是本能地结出炼药手印，手印引动谷内沉寂千年的药王鼎。
药王鼎破土而出，鼎内飞出九枚丹药虚影。每枚丹药都映照出林素衣前世炼药场景，最中间那枚轮回丹突然炸裂，丹屑化作光点没入她灵台。她突然抱头剧痛，破碎的记忆碎片在脑中冲撞。
刘镇南急忙以道种幼苗的生机为她梳理气息。但生机触及她心脉时，竟引动星轨族种下的忘情咒。咒力反噬让幼苗瞬间枯萎三成，叶片浮现黑斑。更可怕的是，忘情咒触发的同时，谷外星轨族大阵突然亮起，显然咒术与大阵相连。
幼苗根部突然钻出混沌精灵残留的意念，意念化作小手按在枯萎处。精灵燃烧最后灵性，暂时压制忘情咒，但代价是幼苗停止生长。精灵消散前指向谷中禁地石碑，碑文记载着解咒需以施咒者心头血为引。
此时谷外杀声震天，星轨族三大长老率领傀儡大军攻破谷门。为首的木德长老祭出噬魂幡，幡中飞出被炼化的各派修士残魂。这些残魂结成的万鬼噬心阵，专攻道心破绽。而刘镇南因道种受损，刚重塑的筑基道台再现裂痕。
林素衣转世身突然睁开双眼，眼中流转着《药神谱》的金文。她无意识拍向药王鼎，鼎身浮现青帝道侣炼药时留下的净世丹火。火光照耀下，万鬼阵中的残魂纷纷超度，但每超度一魂，她就吐出一口黑血，忘情咒正在吞噬她的生命本源。
刘镇南福至心灵，将并蒂道种幼苗逼出体外。幼苗扎根虚空，根须刺入星轨族大阵的阵眼。道种竟开始反向汲取大阵能量，但汲取的魔气让幼苗迅速魔化，金银叶片变成暗紫色。若任其魔化，道种将成新的魔种。
危急时，林素衣转世身突然咬破指尖，以血为墨在幼苗叶片上画解咒符。她虽记忆全失，但《药神谱》的本能让她画出失传的逆咒印。印成时，谷外星轨族大阵剧烈震动，三位长老同时吐血，他们的本命咒印正在反噬。
幼苗趁势净化魔气，但净化产生的冲击波震塌了半座药神谷。坍塌的废墟中露出一面古镜，镜中映出的不是现在，而是林素衣兵解前的场景。她兵解时，竟将半缕本命魂力封入镜中，只为应对今日之劫。
古镜飞入林素衣手中，镜光与她体内《药神谱》产生共鸣。共鸣中她暂时恢复片段记忆，想起星轨族在药神谷地底埋着惰性灵脉，此灵脉正是滋养天魔本体的关键。而要斩断灵脉，需以道种为引，药神鼎为炉，炼制逆天丹药。
刘镇南毅然将幼苗投入药王鼎，林素衣引动净世丹火。炼丹产生的能量波动引来了天魔注视，虚空裂开缝隙，天魔左手探出，直抓药王鼎。但天魔手触及丹鼎时，鼎内幼苗突然开花，花心坐着的竟是青帝虚影。
虚影轻叹，原来并蒂道种是青帝当年斩情时流下的泪珠所化。此泪非伤情之泪，而是明悟情劫后的大解脱之泪。泪中蕴含的力量，可化一切执念为智慧。天魔手触之即退，因这解脱之力正是天魔克星。
炼丹完成时，鼎中飞出的不是丹药，而是一枚新的道种。这种子呈透明色，种壳内流转着星河光影。但炼丹耗尽了林素衣最后元气，她身体开始透明化。刘镇南将新道种按入她心口，种子竟与她魂魄相融，暂时稳住了消散趋势。
此时谷外传来星轨族长的狞笑，他竟以自身为祭品，召唤出天魔右腿。天魔腿踏下时，整个药神谷开始下沉。刘镇南抱起昏迷的林素衣，踏着道种花开时的霞光跃向虚空。他看见霞光尽头连着往生河，河对岸站着守墓长老的转世身。
长老转世身挥手打开轮回通道，但通道中盘踞着星轨族炼制的惰念妖龙。妖龙吐息化作惰雨，雨滴沾身即令人永世沉沦。刘镇南以身为盾护住林素衣，后背被惰雨蚀出白骨。
濒死之际，怀中的林素衣突然睁眼。她眼中不再茫然，而是洞彻轮回的清明。原来道种与她魂魄相融时，已唤醒她最深层的真灵。她轻诵《药神谱》终极奥义，声音化作金桥横跨往生河。
金桥成时，药神谷彻底崩塌，谷底惰性灵脉暴露在天光下。灵脉中升起天魔完整的虚影，虚影伸手抓向金桥。但桥身突然透明，桥上浮现青帝与道侣携手兵解的画面，画面中飞出一柄情剑，剑尖直指天魔眉心。
天魔虚影暴退，退时卷走星轨族长残魂。但情剑余势未消，斩断了下方的惰性灵脉。灵脉断裂处涌出混沌灵气，灵气滋养下，刘镇南的伤势开始愈合，修为突破至金丹中期。
而林素衣因强行动用真灵，再次陷入沉睡。她心口的透明道种内，浮现出新的星图，图上有三处光点闪烁，那是她散落在其他时空的魂魄碎片所在。
刘镇南踏上金桥，桥下往生河水突然倒流，水中浮现未来片段。片段显示，若集齐林素衣魂魄，将触发最终天劫，而渡劫之地竟是天魔心脏所化的灭情界。