焚心谷祭坛上的嫩苗在月光下轻轻摇曳，叶脉间流转着混沌光泽。林素衣将本命药气渡入苗根，苗尖竟凝出一滴露珠，露中映出刘镇南沉睡的元神。各派修士围拢过来，玄冥宗长老突然出手抢夺。
苗叶迸发青光，青光中浮现青帝虚影。虚影屈指弹飞玄冥宗长老，声如洪钟。众人骇然发现，自己的修为在道苗面前竟如冰雪消融。药王谷主急忙奉上宗门至宝万物生，鼎中药灵化作甘霖浇灌幼苗。
三日后幼苗长成三尺小树，树干浮现先天道纹。星轨族新长老推演天机，惊见树心藏着混沌道种。正当各派商议如何移植道树时，南疆十八寨遗民突然杀到，为首巫祭手持血蛊幡。
血蛊扑向道树的刹那，树身突然透明。树心中沉睡的刘镇南睁开双眼，眸中混沌之气流转。他伸手轻点，血蛊尽数化作流光没入树根。巫祭惨叫倒地，一身修为被道树吸收反哺天地。
道树展开虚空幻境，每重天对应一道修炼难关。各派修士陷入幻境考验，唯有通过者可得道树赐福。玄冥宗长老在贪欲天迷失本心，被幻境反噬成枯骨。药王谷主在慈悲天顿悟，得赐药道真解。
林素衣踏入最危险的涅盘天，见刘镇南元神正在业火中煎熬。她毅然割裂半颗药心投入火中，业火遇药心化作重生莲台。莲台托着二人元神交融时，道树结出三果。
道果成熟引来天妒，九重雷劫轰然降临。雷霆中隐现天魔虚影，趁道树初成前来夺舍。刘镇南元神离树而起，以道果为引布下混沌大阵。阵成时雷劫倒卷，反劈向北极方向。
劫云散尽时，道树化作青年模样，容貌与刘镇南一般无二，但眉宇间多了混沌道韵。他轻抚林素衣药心伤痕，伤口瞬间愈合如初。各派修士纷纷跪拜，奉其为青帝传人。
当夜道树突然枯萎，只在原地留下九粒道种。刘镇南将道种分赠通过考验的修士，每粒道种都含着部分青帝传承。最后一粒道种飞入林素衣眉心，与她药神血脉融合。
临行前，刘镇南在枯萎的道树原址种下新苗。苗芽破土时，极北之地传来冰裂巨响。
道种分发完毕时，星轨族长老突然吐血倒地。他的星盘炸裂，显现出大凶之兆。原来道种蕴含的天机太过庞大，得到者需承受相应的因果反噬。一位得到道种的散修当场入魔，幸好被刘镇南及时镇压。
林素衣在整理药囊时发现，道种在她识海中生根发芽，长成一棵小小的道树虚影。虚影的枝叶间挂着露珠，每滴露珠都映照着一处天道奥秘。她借此参悟出《混沌药经》的更深层奥义。
三日后，得到道种的修士们纷纷出现异变。有人一夜之间突破瓶颈，有人却遭遇心魔反噬。最神奇的是，这些修士之间产生了微妙感应，能够跨越千里传音，仿佛结成了一张无形的天道网络。
刘镇南发现自己能通过道种感知每位得到者的状态。当一位修士在秘境遇险时，他隔空渡去一道混沌之气，助其化险为夷。这种能力让他意识到，道种正在将所有人命运相连。
然而危机接踵而至。西方魔渊传来消息，天魔左眼彻底苏醒，正在召集旧部。更可怕的是，一些得到道种的修士开始出现被魔气侵蚀的迹象，显然天魔能通过道种反向影响得到者。
刘镇南和林素衣决定立即动身前往北极。临行前，药王谷主赠予他们一瓶九转还魂丹，星轨族献上可预测吉凶的星辰罗盘。玄冥宗新任宗主则发誓率众镇守南疆，防止天魔势力南下。
途经中州时，他们发现皇城上空笼罩着诡异黑云。进城后才知，皇帝得到道种后突然昏睡不醒，体内魔气与龙气激烈冲突。刘镇南以混沌道韵为其调理，发现皇帝元神被天魔残念侵入。
救治过程中，林素衣意外发现皇宫地下藏着上古封印。封印中镇着一面古镜，镜中映出的竟是天魔左眼的影像。原来中州皇城正是封印天魔左眼的关键阵眼，如今天魔苏醒，封印即将破碎。
正当二人加固封印时，天空突然漆黑如墨。天魔左眼的投影降临皇城，瞳孔中射出毁灭之光。刘镇南以道树本体硬抗这一击，虽保住皇城，但道树出现裂痕，需要立即寻找五行本源修补。
危急关头，林素衣祭出药神鼎，以本命精血催动鼎中混沌之火。火焰与毁灭之光相撞，产生的能量波动竟暂时击退了天魔投影。但她也因此元气大伤，需要静养调息。
经过此战，刘镇南意识到单打独斗难以对抗天魔。他决定召集所有道种得到者，在北极举行天道会盟，共同应对这场天地大劫。而第一站，就是前往东海寻找水之本源。
临行前夜，刘镇南在皇城最高处远眺。他看到星空中九星连珠的天象正在形成，而北极方向的血光越来越盛。留给他的时间，不多了。