万法会结束第七日，刘镇南在玄冥宗药圃锄草时，锄尖触到半块刻着幽冥符文的龟甲。林素衣指尖刚触及甲片，药神体质便自发抗拒，原来甲内封印着噬心老祖的残魂。龟甲传出嘶哑笑声，称幽冥教九大分坛已布下九幽吞天阵，三月后月蚀之夜便是死期。
当夜子时，刘镇南在油灯下研读龟甲符文。灯花爆响时，窗外掠过九道黑影。他取门闩在门前划出守字诀，门闩触地竟长成青藤结界。次日清晨，门外躺着七具黑袍尸体，唯两具化黑烟遁走。药王谷主见龟甲神色凝重，推演时罗盘炸碎，天机已被蒙蔽。
刘镇南将龟甲埋入药圃东南角，三日后开出墨色曼陀罗，花心浮现阵眼方位图。林素衣认出这是以毒攻毒之法，需取九大分坛镇物破阵。首战黑水镇，两人扮游医见镇民眼底泛黑气。刘镇南义诊时发现噬心蛊，茶馆掌柜暴起发难，毒血引发全镇异变。
刘镇南以药汁画净化符，地气翻涌退蛊虫。镇中祭坛塌陷露血池，九具青铜棺浮起。林素衣掷药鼎相抗，刘镇南用义诊铜钱布阵，血池倒灌入棺。取走血玉时追踪蛊发作，幽冥圣女率傀儡围城。乱葬岗上，刘镇南埋血玉念往生咒，引爆地脉破敌，取得玉簪镇物。
战后发现九镇物可拼成星盘，指向极北深渊。玉簪内侧刻道成之日，幽冥归一，暗示两道同源。疗伤时银针过处伤口长嫩芽，刘镇南悟救苍生即大道。然煎药时罐中倒影，他的影子露出诡异微笑。
幽冥教主在总坛震怒，祭坛上剩余八镇物共鸣震颤。他咬破指尖在骷髅灯上画符，千里外刘镇南怀中龟甲突然发烫。林素衣急取药王谷净霜敷上，霜火相激炸开青烟，烟中现出第二分坛位置——沉剑湖。
沉剑湖底藏着幽冥水狱，镇物是千年尸王的玄冥珠。两人租舟垂钓作掩护，鱼钩竟钓起腐尸。水鬼群涌时，刘镇南将青帝符印刻于船底，舟行处怨灵退散。湖心漩涡中尸王现世，林素衣以药炼之术化尸毒为灵气，刘镇南引雷符劈开尸身取得玄冥珠。
连破两坛惊动幽冥长老，他们在第三分坛埋下陷阱。刘镇南取珠时触动禁制，地下冲出九阴蚀骨虫。林素衣洒出药粉反成虫群养料，危难间她割腕以药神血画阵，虫群惧血退散。刘镇南趁机以青帝缚灵诀锁住镇物，却发现是诱饵假珠。
真的镇物藏在守坛长老心脉中，需活取而不伤其命。刘镇南以金针定魂，林素衣施药护心，取出血蟾蜍时长老竟化作傀儡木偶。傀儡额贴符纸书道高一尺，魔高一丈，显然早有高人设局。
连破三坛后，刘镇南在客栈调息时突遭反噬。体内道韵与幽冥气相冲，呕出的血落地生黑莲。林素衣急炼九转还魂丹，丹成时天降雷劫。原来自然道进展太快，已触天道禁忌。
雷劫中，幽冥教徒趁机偷袭。刘镇南强撑伤体引雷布阵，借天雷淬体暂压反噬。雷散后，他发现修为尽失，却感知到天地道韵更清晰。林素衣扶他下山时，捡到幽冥教密信，上书道消魔长，时机已至。
密信提及总坛祭坛需九道纯阳血气，而今日正是玄冥宗外门弟子下山历练之日。刘镇南大惊，幽冥教最终目标竟是屠戮玄冥新秀！他燃本命精血御空赶回，见山门处已血流成河。
混战中，刘镇南以凡人之躯挡在弟子前，持枯枝画太极图。阴阳流转间，幽冥教徒招式竟自相矛盾。林素衣将药神血滴入山泉，泉水化雨治愈伤者。然幽冥教主亲临，袖中飞出九幽噬魂幡。
噬魂幡罩下时，刘镇南怀中八镇物齐鸣，在头顶结成星盾。星盾噬魂幡相持不下，地底突然裂开，现出青帝遗留的封魔碑。碑文显示，九幽噬魂幡需以道侣之魂为祭，而林素衣额间浮现献祭咒印。
原来她早知此劫，暗中将咒印转于己身。刘镇南悲啸震天，自然道韵与幽冥气相融，竟使封魔碑苏醒。青帝虚影再现，指出噬魂幡本是青帝年少所制法器，后堕为魔物。
道魔本一体，善恶存乎心。青帝点化下，刘镇南将噬魂幡炼为救世幡。幡展时万灵复苏，幽冥教主遭反噬化灰。然林素衣因咒印昏迷不醒，需集齐九转还魂丹药材，而最后一味同心莲长在幽冥教禁地。
刘镇南背起林素衣走向禁地，身后跟着幸存的玄冥弟子。众人不知，禁地深处坐着与青帝容貌相同的黑袍人，正将一朵黑白相间的莲花放入丹炉。