可种
若小儿面部呈现红润之色，精神饱满且光彩明亮、透彻畅达，印堂、山根、年寿、眼下、口角等部位没有青暗之色。双眼黑白界限清晰，目光平视端正，越端详越能感觉到其眼神中透着神气与精光。囟门既不凹陷，也不隆起。头部没有解颅（囟门迟闭）的情况。鼻孔大小正常。呼吸气息清新不浑浊。声音清脆响亮。天柱骨端正，颈部不歪斜。身体骨肉比例相称，且肌肉紧实，胖则不显赘肉，瘦则不露骨头。小便射程远且尿量长，阴囊紧实小巧，微微带有紫黑色，如同荔枝壳的颜色。身上没有癣、疮、疥等皮肤病。颈部没有结核。腹部没有积聚的硬块。形体与元气充实。精神状态强健。脏腑功能协调顺畅。脉象平和。
具备以上特征的小儿，都适合种痘。
不可种
若小儿面色呈现青白之色，或者黧黑、萎黄，毫无喜悦神色，缺乏精神光彩。双眼黑睛多而白睛少，白睛还带有青色，目光斜视，眼神昏暗、没有神采。存在囟门凹陷或囟门隆起的情况，有解颅（囟门迟闭、头缝开解）、囟门不闭合的现象，或是出现五软（头软、项软、手足软、肌肉软、口软）、五硬（头项硬、口硬、手硬、足硬、肌肉硬）、龟胸、龟背、鹤膝等病症。鼻孔狭小，气息浑浊。声音不响亮、不悠长，肌肉松弛不紧实，骨头松软如同发面一般。身体瘦弱，没有厚实肌肉。身上患有癣、疮、疥等皮肤病。腹部有疳积。颈部有结核。病后元气尚未恢复。平素就有惊痫病症。失去母乳喂养之后，出现气血不足。脾胃功能虚弱，精神倦怠。脉象不平稳。
具备以上情况的小儿，都不适合种痘。
凡是小儿的父母，行事粗心大意，不懂得调护保养，不听从禁忌事项，不相信医药，对孩子过度溺爱、骄纵放任的，也绝对不能为其孩子种痘。
水苗种法
种痘的时候，需要仔细查看小儿状况，若其气血调和顺畅，脏腑均衡平稳，体内没有被痰热、积食所伤，体外也没有受到风、寒、暑、湿、燥、火六淫邪气的侵犯，才可以用上等的痘痂为其种痘。一岁的小儿，使用二十多粒痘痂；三四岁的小儿，使用三十多粒痘痂。将痘痂放置在干净的瓷盅内，用柳木做成的杵，把痘痂碾磨成细粉末，往瓷盅内滴入三五滴干净的水，春天水温适中时用，冬天则需用温热的水。如果粉末干了，就再加入几滴，总之以调至均匀为宜，不干燥也不过于湿润。取一些新棉花，摊成极薄的片状，将调好的痘痂屑包裹在里面，捏成枣核的形状，用红线拴住，还要留出一寸左右，过长就剪去。把做好的痘苗放入鼻孔，按照男左女右的原则，且不能离开人，要时刻看守。倘若小儿用手去摆弄，要立刻制止。如果痘苗被喷嚏打出，要马上将痘苗塞回鼻内，不能有丝毫迟缓，以免泄掉痘苗之气。下苗后以六个时辰为标准时间，然后取出痘苗。要是遇到天气极为寒冷，可多留一会儿；要是时令气候暖和，早取一会儿也可以，这需要根据当时实际情况斟酌决定。痘苗取出之后，痘苗之气会逐渐进入体内，传遍五脏。到第七天开始发热，发热三天后痘苗显现，痘苗显现三天后出齐，出齐三天后开始灌浆，浆水饱满三天后回水结痂，至此种痘就大功告成了！
五脏传送之理
鼻子，是肺的外在孔窍。水苗种痘法，将痘苗塞于鼻中，痘苗之气首先传至肺，肺主宰皮毛；接着肺将气传于心，心主宰血脉；心再传气于脾，脾主宰肌肉；脾传气至肝，肝主宰筋；肝传气给肾，肾主宰骨骼；痘毒原本藏于骨髓之中。感受痘苗之气后发作，痘毒会从骨髓全部传至筋，这样肾脏的毒就解除了；从筋全部传至肌肉，肝脏的毒就解除了；从肌肉全部传至血脉，脾脏的毒就解除了；从血脉全部传至皮毛，心脏的毒就解除了；从皮毛全部传至痘疹颗粒，肺脏的毒就解除了。五脏的毒依次逐层解除，然后痘毒化为浆水，痘疹结痂脱落。这就是种痘时痘毒传送的先后顺序，不可不知。
旱苗种法
旱苗种痘的方法，使用一根约五六寸长的银管，将其颈部弯曲，把痘痂研磨得极其细碎，放置在银管一端。按照男左女右的规则，对准小儿鼻孔将痘痂粉吹入，到第七天也会发热。如今大多采用这种方法，是因其操作简便快捷，能直接将痘苗送入，不会出现痘苗脱落而导致苗气泄漏的问题。只是担心后人运用不当，轻轻吹的话，痘苗不能迅速进入；用力过猛吹，又会让小儿难以承受。而且还担心小儿流涕过多，痘苗随着鼻涕流出，这样往往难以达到预期效果。如今想要将种痘方法流传后世，应当选取平和稳当、万无一失的方法来效法。这就是唯独选用水苗法的原因。
痘衣种法
对于正在出痘的小儿，当痘疹长浆且浆水充足时，此时其痘气充盛。有人会取该小儿贴身穿的里衣，给未出过痘的儿女穿上，连穿两三日，夜间也不脱下，到第九日或第十一日就会开始发热，这就是所谓的衣传之法。然而，这种方法可能因痘气较弱而不能透彻地引发反应，所以常常出现不发热、不出痘的情况，可见此方法并不灵验，因此不可采用。
痘浆种法
有人会挑选出痘过程顺利的小儿，用棉花蘸取其痘浆，按照男左女右的方式，塞进未出痘小儿的鼻中，这样也能引发小儿出痘。但在取痘浆的时候，若不让小儿本家知晓，偷偷捏破痘疹获取痘浆来用作种痘，会使原本出痘小儿的真气外泄，痘毒无法顺利化解，这是残忍且违背天理、丧失仁爱之心的行为。志同道合的医者一定要对此深感厌恶并坚决杜绝，又怎么能明知其错还去效仿呢！
信苗
在种痘后发热之前，小儿面部有时会忽然出现类似痘的颗粒，这被称作信苗，它预示着痘疹即将发作，是痘毒外显的标志。如果信苗颜色发红且质地柔软，可任其自行消退。但要是信苗呈现红紫色且质地坚硬，如同鱼眼一般，就需赶紧用银针挑破，然后敷上二圣散，如此便不会有危险。
二圣散
明雄黄、紫草（二者用量相等）
将两味药共同研磨成细粉末，用油脂胭脂调和后敷用。
补种
种下痘苗后，应该安排亲近可靠的人在小儿身边看守，这是担心其他人看护时不够用心。要是将此事看得平常，看守疏忽，只怕小儿因厌恶痘苗塞在鼻中，时不时把它捏出，一旦痘苗之气泄漏，种痘大多就不会有效果。所以，存在种了痘却不发作的情况。然而，有的小儿五脏壮实，不接受痘苗之气，难以让痘苗之气传入体内，这也会导致种痘后不发作。还有的小儿胎毒深藏，潜伏蓄积在体内，即便痘苗之气传到，也无法将胎毒引出，同样会不发作。这些情况都应当以超过十一天为期限，过了这个时间还不发作，然后观察天时是否和顺，若天时适宜，再重新补种也可以。
自出
种痘一般以七天为期限。痘苗之气传遍五脏后才发热，这是正常情况。也有到第九天、第十一天才发热的，这是因为痘苗之气在体内传送迟缓，也不必过于担忧。倘若在五天之前就发热，此时痘苗之气还未传至，痘毒又怎么会发作呢。这必然是因为种痘之后，恰好碰到流行的时疫之气，小儿感染后引发的。这属于自然出痘，并非是痘苗之气引出的。种痘的人不可不了解这点，应当在种痘之前，预先把这个道理向相关人员说明。
治法
种痘的目的是引导痘毒透达体表，趁着小儿平安无病时进行，本应顺遂吉祥，为何还要谈及治疗呢。然而，担心痘疹患儿的家人过度溺爱，致使孩子生活作息不谨慎，饮食没有节制，疾病便由此而生，所以治疗之法也难以避免。此时，应当完全依照治疗自然出痘（正痘）的方法来施治就可以了。