就在义军南征战事正酣的时候，坐拥江东之地的太平天国局势发生巨变，阳寿友情被诛杀后掌权的韦昌辉肆意骄横跋扈，引起了洪秀权和其他将领的诸多不满。
为了掌权的韦昌辉，甚至带兵扑灭了前前后后数万人，造成太平天国内部持续不断的恐慌，而随着大屠杀的进行，韦昌辉越发害怕别人来对它产生威胁，于是持续不断的制造屠杀和清洗，很多将领的家眷被无故的抄家灭族，他甚至带兵屠灭了死去的西王萧朝贵的王府，引发了太平天国将领的进一步反抗情绪。
之后韦昌辉开始挑衅洪秀全，甚至在一个时间内带兵包围了天王府，这引起了天王洪秀全的不满和恐慌。
作为第1轮天京事变谋划诛杀杨秀清的幕后黑手，洪秀全虽然军事能力和政治能力不行，贪图享乐，但却十分擅长玩弄权术，他采取避其锋芒的态势，故作顺从，但暗中笼络将领，在外秘密召集陈玉成等将领带兵回京，在内在不断分化瓦解。韦昌辉和秦日刚两人的联盟关系。
最终在洪秀全的谋划下，秦日纲和陈成榕在燕王府设下埋伏，然后以燕王今日刚要过生日的消息为诱饵，诱骗韦昌辉去赴宴。
因为秦志刚平日里表现的对韦昌会唯命是从，前两人自广西起义以来便关系密切，是天然的联盟关系，加上天津城内，秦日刚确实是另一方，庞大实力，所以想要谋权篡位的韦昌辉就是需要去拉拢这位大将，所以韦昌辉在思考后还是离开了北王府，前去赴约。
不过韦朝辉也知道他的种种行为也引发了天国的众怒，所以还是携带了几十名精锐护卫前去，在这里他见到一个意想不到的人，也就是洪秀全。
最终，秦日刚等人在洪秀全离开后立马带兵对韦昌辉发起进攻，硬生生在燕王府内围杀了这位枭雄人物。
但是，秦日纲等人的残暴俨然突破了洪秀全的约束，秦玉刚等人为了铲除后患，居然复刻了韦昌辉的行为，带兵屠灭了韦昌辉的百王府，并牵连诛杀了北王府一党家眷数万人。
其实韦昌辉秦玉刚这些人得势之后，只知道采取血腥手段残酷而简单的清理余党，却没有进行宽恕和安抚人心，这都是因为他们出生于农民，没有读过什么书，不懂得如何妥善地使用政治手段处理矛盾的后果。
偏偏太平天国内部高层里有能力掌控全局的洪秀全不知道是什么缘故，长期的将军政大权交给其他大臣，几个王府里，只有他天王府是没有什么实权，天王府的一大批军官猛将比如蒙得恩等人，在定都天津之后就长期遭受冷落，沦为了给天王看家护院的护卫。
加上红袖选在几次，天京事变中都处于一个幕后黑手的状态，始终不愿意在明面上显现出进行政治清理的形象，始终想要将发动事变的罪责推脱给韦昌辉秦日刚等人，自己好坐收渔翁之利，这反而导致了天京事变后，洪秀全无法对韦昌辉等人进行约束，导致局势了进一步的恶化。
后来随着陈玉成等带兵赶到南京外围的时候，秦日刚又突然怀疑起。自己老搭档，陈承榕会和外面他的侄子陈玉成一起来清洗自己，居然先一步对陈承瑢发起清洗，强行诛杀了陈承瑢这位强人。
陈承瑢，早年是杨秀清手下的第一亲信，帮他处理了诸多隐私事情，后来又瞅准机会帮助韦昌辉搬到了自己的老东家杨秀清，也可以说是十分的精明了，却也在太平天国的轮番动荡里全家被灭，可见天国权力倾轧之残酷程度。
之后陈玉成带领军队进驻南京，才平息了此次动乱，燕王秦日纲于混乱之中被乱军杀死，陈玉成暂时统领了天国军务，他为了安定，并没有去大开屠刀，而是选择了安抚。
吃了好几次亏的洪秀全这一次也稍微聪明了，他以干王洪仁玕为五军主将，又加封陈玉成为英王，让他们分别掌管政务和军务。
虽然太平天国在洪仁玕和陈玉成等人的共同努力下总算平静下来，但几次大清洗结束后，盛极一时的东王杨秀清、北王韦昌辉、燕王秦日纲及其党羽遭到大规模清洗，太平天国精锐文武官员损失达六成以上。
更严重的是，太平天国高层的动荡，不仅损失了大量的军官，更破灭了近百万拜上帝教成员对洪秀全等人的滤镜，太平天国整体向心力遭受了极大的损失，一大批受牵连的将领公然投降清朝或者是义军，打破了太平天国成立以来将领大多死战决不投降的定律。
更严重的是，因为长达半年之久的动荡，影响了太平天国的军事指挥体系，清军趁势收复了徐州等淮海地区，歼灭了太平军位于江北的数万大军，将战线推进到长江，清军甚至在南京对岸重新设立江北大营，调拨精兵二十万进驻江北大营，直接威胁南京。
紧接着，清军趁着陈玉成大军回调天京的机会，与各国列强签订卖国条约，在上海划分大规模的地盘送给外国人做租界，甚至主动开发天津等地为口岸，换取列强支持。
最终在各国联军和清军反扑下，太平天国丢失了上海，苏杭等地的士绅豪强也趁势进行反扑，清廷也不断的从海上进行增兵，最终重新控制了苏州、杭州等主要城市。
此时，天下局势发生改变，义军仍然兵力雄厚，实力遥遥领先，只是因为南征耗费了颇多元气，一时之间埋头发展。清朝也通过签订各种合约取得了列强的支持，不仅源源不断的获取先进装备，军力取得长足进步，同时逐步掌权的恭亲王等人通过开放关东的手段缓解了人口压力，趁机逐步清除了北方起义军势力，清廷国力稍有恢复。
但太平天国却在这个过程里尽力三轮动乱，杨秀清、韦昌辉、秦日纲、陈承瑢等一系列强权人物及其党派在这场长达半年的天京事变中内耗殆尽，军心士气大跌，大批精干官员死于非命，国势被拦腰斩断看，太平天国一下子在三方势力里成了垫底的存在。
在这种情况下，李希音也产生了一些想法，但对于太平天国剩余的几十万部队有所顾忌，且明白此时英法两国对缅甸等地贼心不死，于是十分的犹豫，于是暂时安下了心思，只是在年末的时候召集石达开、杨金娥、孙望舒、石蛮等外地将领回广西，与留守各将领一起坐下进行商议。
此时，为公历1959年年末。