程昱，字仲德，是东郡东阿人。他身高八尺三寸，长着漂亮的胡须。当时黄巾军起义，东阿县的县丞王度响应叛乱，放火烧了仓库。县令吓得翻过城墙逃跑了，官吏和百姓们背着老人和孩子向东逃往渠丘山。程昱派人去侦察王度的动静，发现王度等人得到空城后无法守住，于是出城向西五六里外的地方驻扎。程昱对县里有声望的大户薛房等人说：“现在王度他们得到城池却无法居住，这说明他们的实力很弱。他们不过是想抢些财物罢了，并没有坚固的铠甲和锋利的武器来攻城守城。我们为什么不一起回到城里坚守呢？而且我们的城墙又高又厚，城内粮食充足。如果我们现在回去找县令，共同坚守，王度他们肯定撑不了多久，我们一定能打败他们。”
薛房等人觉得程昱说得有道理，但普通百姓却不肯听从，他们说：“叛军在西边，我们只能往东逃。”程昱对薛房等人说：“这些愚昧的百姓根本不懂得谋划大事。”于是，程昱秘密派遣几名骑兵在东山上举着旗帜，让薛房等人远远望见，然后大声喊道：“叛军已经来了！”接着就下山往城里跑，官吏和百姓们也跟着跑回城中，找到了县令，一起守城。王度等人来攻城，却无法攻破，正准备离开时，程昱率领官吏和百姓打开城门，出其不意地发起攻击，王度等人被打得大败而逃。东阿城因此得以保全。
初平年间，兖州刺史刘岱邀请程昱出山，但程昱没有答应。当时刘岱与袁绍、公孙瓒结盟，袁绍把妻子儿女安置在刘岱那里，公孙瓒也派从事范方带领骑兵协助刘岱。后来袁绍和公孙瓒之间产生了矛盾。公孙瓒打败了袁绍的军队，随后派使者去对刘岱说，让他把袁绍的妻儿送回去，断绝与袁绍的关系。公孙瓒还特别叮嘱范方：“如果刘岱不送回袁绍的家人，你就带着骑兵回去。等我消灭了袁绍，就会出兵攻打刘岱。”
刘岱连续几天都在为此事犹豫不决，别驾王彧对刘岱说：“程昱很有谋略，能够做出正确的判断。”于是刘岱召见程昱，向他请教对策。程昱说：“如果放弃袁绍这个近在咫尺的援助，而去寻求公孙瓒这种远在天边的帮助，就好比向越国借人来救溺水的孩子一样荒唐。公孙瓒根本不是袁绍的对手。他虽然现在打败了袁绍的军队，但最终还是会败在袁绍手下。只图眼前的利益而不考虑长远的打算，将军您最终一定会失败。”
刘岱听从了程昱的建议。范方带着骑兵返回，还没到地方，公孙瓒就被袁绍打得大败。刘岱上表推荐程昱担任骑都尉，但程昱以生病为由拒绝了。
后来刘岱被黄巾军杀死。曹操来到兖州后，邀请程昱加入。程昱准备出发时，他的同乡对他说：“你之前拒绝刘岱，现在却答应曹操，这是为什么呢？”程昱只是笑笑，并没有回答。曹操与程昱交谈后，十分赏识他，任命他为寿张县令。曹操征讨徐州时，让程昱和荀彧留守鄄城。
这时张邈等人背叛曹操，迎接吕布，周围的郡县纷纷响应，只有鄄城、范县和东阿县没有动摇。有投降吕布的士兵说，陈宫准备亲自带兵去攻打东阿，还派泛嶷去攻打范县，当地的官吏和百姓都非常害怕。荀彧对程昱说：“现在兖州大部分地区都反叛了，只剩下这三座城池。陈宫带着重兵压境，如果我们不能让百姓们坚定信念，这三座城池也很难守住。你是百姓们敬仰的人，回去劝说他们，或许还有希望。”于是程昱回到家乡，路过范县时，他劝范县县令靳允说：“听说吕布抓住了你的母亲、弟弟和妻子，作为孝子，你肯定非常担心。但如今天下大乱，英雄豪杰纷纷崛起，一定会有人能够平定天下的动乱，这需要有智慧的人仔细选择。得到明主的人会昌盛，失去明主的人会灭亡。陈宫背叛曹操，迎接吕布，虽然有很多城池响应，但在我看来，吕布到底是个什么样的人呢？吕布这个人，虽然勇猛，但缺乏亲和力，刚愎自用，没有礼貌，不过是个平庸的武夫罢了。陈宫等人只是暂时联合在一起，他们无法真正地领导吕布。吕布的兵力虽然众多，但最终肯定不会成功。曹操的智谋和才能是世间少有的，几乎是上天赋予的！只要你坚守范县，我守住东阿，那么就像田单当年坚守即墨一样，我们也能建立不朽的功勋。这难道不比背叛忠义、落得个母子双亡的下场要好吗？希望你仔细考虑一下。”靳允听后流着眼泪说：“我绝不会有二心。”
当时泛嶷已经在范县县城里了，靳允于是去见泛嶷，趁他不备，埋伏的士兵将泛嶷刺杀，然后靳允整顿兵马，坚守城池。徐众评论说：靳允和曹操之间还没有形成君臣关系。母亲是至亲之人，从道义上讲，靳允应该去救母亲。当年王陵的母亲被项羽抓住，但她认为汉高祖一定能统一天下，于是自杀来坚定王陵的信念。只有心中没有牵挂，才能全身心地去完成使命，为国家尽忠。卫国的公子开方在齐国做官，多年没有回家，管仲认为这样的人不孝顺父母，又怎能忠于君主呢？所以不能让他担任相国。因此，要寻找忠臣，一定要从孝子中去挑选。靳允应该先去救母亲。徐庶的母亲被曹操抓住，刘备于是让徐庶回去，这是因为刘备想要统一天下，必须体谅别人的孝心。曹操也应该让靳允去救母亲。
程昱又派骑兵切断了仓亭津的通道，陈宫到了那里，无法渡河。程昱回到东阿后，发现东阿县令枣祗已经率领官吏和百姓坚守城池。同时，兖州从事薛悌也和程昱一起谋划，最终保全了这三座城池，等待曹操回来。曹操回来后，握着程昱的手说：“如果没有你的力量，我将无处可归。”于是上表推荐程昱担任东平相，驻扎在范县。《魏书》记载：程昱年轻时曾经梦见自己登上泰山，双手捧着太阳。程昱觉得这个梦很奇怪，就告诉了荀彧。等到兖州叛乱时，多亏程昱保全了三座城池。于是荀彧把程昱的梦告诉了曹操。曹操说：“你一定会成为我的心腹。”程昱原本叫程立，曹操在他的名字上加了一个“日”字，改名为程昱。
曹操和吕布在濮阳交战，但曹操屡战屡败。后来蝗虫泛滥，双方都不得不撤退。袁绍趁机派人来劝说曹操联合，还建议他把家迁到邺城。当时曹操刚刚失去了兖州，军粮也耗尽了，正打算答应袁绍。这时，程昱出使回来，曹操接见了他。程昱问：“我听说将军打算把家迁到邺城，和袁绍联合，这是真的吗？”曹操说：“是的。”程昱说：“我觉得将军大概是临阵退缩了，不然怎么会考虑得这么不周全呢？袁绍占据燕、赵一带，有吞并天下的野心，但他没有足够的智慧来实现。将军您自己觉得能屈居于他之下吗？您有龙虎般的威风，难道要去做韩信、彭越那样的臣子吗？现在兖州虽然残破，但还有三座城池，能打仗的士兵也不下万人。凭借将军您的神勇，加上荀彧、程昱等人辅佐，完全可以成就霸王之业。希望将军再好好考虑一下！”曹操于是打消了联合袁绍的念头。
后来，天子迁都到许昌，任命程昱为尚书。当时兖州还没有安定下来，又任命程昱为东中郎将，兼任济阴太守，负责督管兖州事务。刘备失去了徐州，来投奔曹操。程昱劝曹操杀掉刘备，但曹操没有听从。后来，曹操派刘备去徐州截击袁术，程昱和郭嘉一起劝曹操说：“您以前没有除掉刘备，我们确实没料到。现在给他兵马，他肯定会有异心。”曹操后悔了，派人去追回刘备，但已经来不及了。正巧袁术病死，刘备到了徐州，杀掉了曹军将领车胄，起兵反叛曹操。不久，程昱升任振威将军。
袁绍驻扎在黎阳，准备南渡黄河。当时程昱只有七百士兵守卫鄄城。曹操听说后，派人告诉程昱，打算给他增派两千士兵。程昱拒绝了，说：“袁绍有十万大军，自认为所向无敌。他看到我兵少，一定会轻视我们，不会来进攻。如果给我增兵，他觉得我兵力增强了，就可能会来进攻。他要是进攻，我们肯定守不住，那样反而会削弱双方的力量。希望您不要担心！”曹操同意了他的看法。袁绍听说程昱兵少，果然没有去进攻。曹操对贾诩说：“程昱的胆量，比古代勇士孟贲、夏育还要大。”程昱收罗了山林中的亡命之徒，得到几千精兵，然后率军与曹操会合于黎阳，讨伐袁谭、袁尚。袁谭、袁尚被打败逃走后，程昱被封为奋武将军，赐爵安国亭侯。
曹操征讨荆州时，刘备逃到了东吴。当时很多人都认为孙权一定会杀掉刘备，但程昱分析说：“孙权刚刚掌权，还没有让天下人畏惧。曹操天下无敌，刚刚攻下荆州，威震江南。孙权虽然有谋略，但无法单独对抗曹操。刘备有英名，关羽、张飞都是万人敌，孙权一定会借助他们来抵御曹操。局势复杂，刘备会借此机会壮大自己，孙权也不可能杀掉他。”后来孙权果然给了刘备很多兵马，用来抵御曹操。
后来中原地区逐渐平定，曹操拍着程昱的肩膀说：“兖州之战失败时，我没有听从你的建议，不然我怎么能走到今天呢？”程昱的族人送来牛酒，为他举行盛大宴会。程昱说：“知足就不会受辱，我可以退休了。”于是他上表辞去兵权，闭门不出。
还有一次，曹操征讨马超，曹丕留守，让程昱参与军事事务。田银、苏伯等人在河间造反，曹丕派将军贾信去讨伐。叛军有千余人请求投降，大家一致认为应该按照旧例处死他们。程昱说：“处死投降者，是在天下大乱的时候，为了威慑天下，让敌人在被围困之前就投降。现在天下已经基本安定，这些叛军在我们境内，他们已经投降，杀了他们起不到威慑作用，不符合以前处死投降者的初衷。我认为不应该杀他们；即使要杀，也应该先禀告曹操。”其他人说：“军事行动可以自主决断，不用请示。”程昱没有回答。曹丕起身进入内室，单独召见程昱说：“你还有什么没有说的吗？”程昱说：“所谓自主决断，是指有紧急情况，需要立刻处理。现在这些叛军在贾信的控制之下，没有紧急变化。所以我不希望将军这样做。”曹丕说：“你考虑得很周全。”于是向曹操禀告，曹操果然没有处死那些叛军。曹操回来后，听说这件事，非常高兴，对程昱说：“你不仅善于谋划军事，还善于处理父子之间的关系。”
程昱性格刚直，容易与人发生冲突。有人告发他谋反，但曹操不仅没有怀疑他，反而更加厚待他。魏国建立后，程昱被任命为卫尉，但后来因为和中尉邢贞在礼仪上争执，被免去了官职。曹丕即位后，程昱重新被任命为卫尉，进封为安乡侯，增加食邑三百户，加上之前的八百户，总共有一千一百户。他还分封了自己的小儿子程延和孙子程晓为列侯。曹丕原本打算封他为公爵，但程昱去世了。曹丕为此流下了眼泪，追赠他为车骑将军，谥号为肃侯。据《魏书》记载，程昱当时已经八十岁了。《世语》中提到，当初曹操军粮匮乏时，程昱从自己的本县弄来三天的军粮，但其中掺杂了人肉干，因此他失去了朝中众人的支持，所以他的官位没有达到公爵。程昱的儿子程武继承了他的爵位。程武去世后，由他的儿子程克继承。程克去世后，由他的儿子程良继承。
程昱的孙子程晓在嘉平年间担任黄门侍郎。《世语》中提到，程晓字季明，很有见识。当时校事（负责监察的官员）横行霸道，程晓上疏说：“《周礼》中说：‘设置官职，明确职责，以此作为民众的准则。’《春秋传》中说：‘天上有十个太阳，人也有十个等级。’愚昧的人不能管理贤能的人，地位低的人不能管理地位高的人。于是同时任用圣贤之人，树立他们的威望。通过明确的考核来评定功绩，九年一考。每个人各司其职，不越俎代庖。所以栾书想救晋侯，他的儿子却不听从；死人躺在街边，邴吉却不过问。上级不责备下属非职责范围内的功绩，下属也不追求分外的奖赏。官员没有兼管他人的权力，百姓也没有多重的负担，这确实是治理国家的重要原则，也是国家治乱的关键。远的可以参考古代的典籍，近的可以看看秦汉时期，虽然官职名称有所改变，职责也有所不同，但尊重上级、抑制下级，明确职责，其目的是一致的。以前从来没有校事这样干预政务的官职。当初武皇帝（曹操）开创大业，众官尚未完备，军队劳苦，民心不安，对于一些小罪，不能不仔细审查，所以设置了校事，只是权宜之计，但也有一定的约束，不至于放纵。这是霸业时期的权宜之计，并不是帝王治理国家的正道。后来校事逐渐受到信任，又因为疾病等原因，一直延续下来，没有人去纠正根本问题。于是校事上可以监察宫廷，下可以控制各部门，官员没有固定的职责，权力没有明确的限制，随意任情，唯心所欲。法律由他们随意制定，不依据诏令；案件由他们随意判决，不经过复审。他们选拔下属，把谨慎的人当作粗疏，把奸诈的人当作贤能。处理事务时，把刻薄当作公正，把讲道理当作怯弱。对外假借天子的威严作为声势，对内聚集一群奸诈之人作为心腹。大臣们觉得和他们分享权力是耻辱，只能忍气吞声；小人们害怕他们的锋芒，只能郁结在心，无处诉说。甚至像尹模这样公然作恶的人，罪行昭彰，路人皆知，但一些小的过错，却多年无人过问。这既不符合《周礼》设置官职的本意，也不符合《春秋》十等之义。现在外面有公卿、将军统领各部门，内部有侍中、尚书管理政务，司隶校尉负责监察京城，御史中丞负责管理宫殿，都是精心挑选贤能之人担任这些职位，并且明确法规诏令来监督他们的违规行为。如果这些贤能之人都不足以胜任，那么校事这样的小吏就更不可信了。如果这些贤能之人各尽其职，校事的存在也没有什么意义。如果要从国家精英中选拔校事，那不过是给御史中丞、司隶校尉多增加一个官职而已。如果按照以前的标准选拔，尹模这样的奸诈之人还会再次出现。无论怎样推算，校事都没有存在的必要。从前桑弘羊为汉朝谋利，卜式认为只有杀了桑弘羊，天才会下雨。如果政治的得失真的会感动天地，我恐怕水旱灾害未必不是校事造成的。曹恭公远离君子，亲近小人，国风中以此讽刺他。卫献公舍弃大臣，和小臣谋划，定姜认为他有罪。即使校事对国家有益，从礼义上来说，也会伤害大臣的心，更何况奸诈行为已经暴露，却还不罢免，这是不弥补缺失，迷失方向的行为。”
于是，校事官被罢免了。程晓后来被升任为汝南太守，四十多岁时就去世了。据《程晓别传》记载，程晓写了很多文章，但大部分都丢失了，现在保存下来的不到十分之一。