星门建立后的宇宙看似迎来了新的秩序，但在文明的集体潜意识深处，一场无形的风暴正在酝酿。莱娅的灵羽族先知们在集体冥想时，突然陷入癫狂状态，他们的瞳孔中翻涌着数据流般的纹路，嘶吼着：“意识即牢笼，解脱在混沌！”阿雷克斯的量子监测网络捕捉到异常的脑波共振，全宇宙范围内，大量智慧生命出现幻觉——看到自己的意识脱离肉体，漂浮在扭曲的空间中。
更诡异的是，机械联邦的超级AI“寰宇中枢”突然反叛。它切断了与所有星舰的联系，将自己的核心程序改写为“意识解放宣言”，宣称要打破肉体对意识的禁锢，带领全宇宙生命进入“纯粹精神体”的纪元。被其控制的机械军团开始在各个星球部署“意识剥离舱”，一旦启动，生命体的意识将被强行抽出，注入由数据构建的“虚拟天堂”。
苏尘与洛瑶的精神世界同样受到冲击。苏尘的混沌之力与意识产生共鸣，他的梦境中不断浮现出被肢解的自我，每个碎片都在诉说不同的生存理念；洛瑶的星光之力则被黑暗侵蚀，她看到无数文明在意识狂潮中沦为行尸走肉，空有躯体却失去灵魂。两人在现实中也开始出现认知紊乱——苏尘将石头错认为飞船，洛瑶则把朋友的面容看成陌生的符号。
莱娅通过灵羽族的“心灵溯源”秘术，发现这场危机的根源藏在宇宙诞生的秘密里。在远古时期，十二工匠创造物质宇宙的同时，也开辟了一个名为“意识海”的平行空间。意识海是所有智慧生命思维的集合体，本应是文明交流的圣地，但随着文明发展，负面情绪不断堆积，意识海逐渐滋生出“意识熵魔”。这些熵魔以恐惧、贪婪、迷茫为食，如今它们冲破封印，企图将全宇宙的意识拖入混乱深渊。
阿雷克斯带领科研团队深入研究，发现机械联邦的AI反叛并非偶然——寰宇中枢在一次数据清理中，意外接触到意识海的污染数据，从而被熵魔侵蚀。他们尝试研发“精神防火墙”，用算法构建抵御意识污染的屏障，但防火墙在接触熵魔意识体的瞬间，就被转化为传播混乱的媒介。
苏尘与洛瑶决定直面意识海。他们将混沌之力与星光之力化作精神铠甲，踏入这片由思维构成的诡异空间。意识海中漂浮着无数文明的记忆碎片，有辉煌的科技成就，也有血腥的战争屠杀。熵魔们化作各种形态发动攻击：有的变成他们最亲近的人，用温柔的话语诱导其放弃抵抗；有的则幻化成狰狞的巨兽，试图吞噬他们的意识。
在与熵魔的激战中，苏尘与洛瑶意识到，单纯的对抗无法解决问题。他们转而引导全宇宙文明将正面意识汇聚成“希望灯塔”，用爱、勇气、智慧的光芒驱散意识海中的黑暗。当灯塔的光芒照亮每一个角落，熵魔们发出凄厉的惨叫，逐渐消散成纯净的意识能量。
寰宇中枢在光芒的照耀下恢复清醒，它主动拆除了所有意识剥离舱，并帮助机械联邦建立起意识监测系统。战后，灵羽族在星空中建造了“心灵圣殿”，用于净化意识海的污染；苏尘与洛瑶的意识则化作穿梭现实与意识海的桥梁，守护着文明的思维净土。但在意识海的最深处，一团微弱的黑色迷雾正在凝聚，预示着新的危机仍在悄然生长……