宇宙在文明灯塔的光芒中逐渐恢复生机，各星系间的贸易航线重新开启，文明联合议会开始重建秩序。然而，沈梦璃的协律中枢再次捕捉到异常信号——宇宙边缘的暗物质云团以超光速扩张，暗物质粒子的波动频率与熵寂之主残留的能量频率一致。“这暗物质云团就像一颗定时炸弹，随时可能引爆新的危机。”沈梦璃的眼神充满警惕，她将数据共享给守护者们。
林羽握紧溯光剑，剑身的混沌纹路开始闪烁诡异光芒。他的意识被拉入一个神秘空间，这里漂浮着无数破碎的时间碎片，每个碎片都映出不同的未来——有的文明在暗物质云团的侵蚀下化作虚无，有的文明则在挣扎中变异成机械傀儡。“我们不能让历史重演，必须找到暗物质云团的源头。”林羽的声音坚定，剑刃上浮现出全宇宙文明的希望之光。
伊璇的混沌密钥树在新生的宇宙中绽放出奇异花朵，树灵的意识却充满忧虑：“暗物质云团的力量来自宇宙的阴影，那是文明尚未探索的领域，也是熵寂之主的残念所化。”她的共生体与树根相连，试图感知暗物质云团的意识波动，却被一股强大的黑暗力量反弹回来。
阿岚的调和者形态在宇宙星空中巡逻，她的精神力扫描着每一个角落。在一片荒芜的星系中，她发现了一座由暗紫色水晶组成的神秘建筑。建筑内部，银色面具婴儿的身影再次出现，他的手中握着一个闪烁着暗物质能量的球体：“这是熵寂的余波，也是文明的试炼，你们永远无法逃脱熵寂的轮回。”阿岚的调和者形态瞬间释放出光明与黑暗的融合能量，试图摧毁球体，却被球体的反作用力震飞。
洛凛的共生体学院培养出新一代守护者，他们的共生体在暗物质云团的影响下出现异常变异。学员们的身体开始长出暗紫色晶体，意识逐渐被黑暗侵蚀。洛凛挥舞战刀，试图斩断晶体的蔓延：“我们的使命是守护文明，不能被黑暗吞噬。”他的共生体释放出信任之力，净化着学员们的意识。
雷掣的机械军团在暗物质云团边缘搭建观测站，量子核心却遭到暗物质粒子的侵蚀。机械体的金属外壳开始扭曲，程序陷入混乱。雷掣将自己的意识上传至军团主脑，试图修复程序，却发现暗物质云团的意识正在控制机械军团，将其改造成暗物质的傀儡。“我们必须切断云团与机械军团的联系，不能让它利用我们的力量。”雷掣的声音充满愤怒，他启动自毁程序，试图摧毁被控制的机械体。
全宇宙文明联合议会召开紧急会议，议员们对暗物质云团的威胁产生分歧。秩序派主张用绝对规则封锁暗物质云团，混沌派则提议用无序能量引爆云团，调和派认为应寻找与暗物质云团沟通的方法。三方争论不休，文明联合议会陷入混乱。
沈梦璃在中枢深处发现了初代观测者留下的终极武器设计图——“希望之星”。这是一件由全宇宙文明的信念与科技结晶组成的武器，能将文明的希望转化为强大的能量。“这是我们对抗暗物质云团的关键，也是文明最后的防线。”沈梦璃将设计图共享给守护者们，开始筹备“希望之星”的制造。
林羽带领守护者们深入暗物质云团，溯光剑在黑暗中闪烁着微弱光芒。云团内部，暗物质粒子组成的怪物向他们发起攻击，每一只怪物都蕴含着熵寂的恶意。林羽挥舞溯光剑，剑刃上的光芒与怪物的暗物质能量激烈碰撞。“我们的文明不能被黑暗吞噬，必须守护宇宙的未来。”林羽的声音响彻云团，他的身边，伊璇的混沌密钥树释放出净化能量，阿岚的调和者形态化解着暗物质的侵蚀，洛凛的共生体学员们组成信念方阵，雷掣的机械军团在修复后重新投入战斗。
在全宇宙文明的共同努力下，“希望之星”逐渐成型。当希望之星发射出希望之光，暗物质云团开始瓦解，银色面具婴儿的身影在光芒中消散。宇宙再次恢复平静，但守护者们知道，熵寂的威胁并未完全消除，新的危机可能随时降临。文明联合议会开始制定新的宇宙法则，伊璇的混沌密钥树扎根在各星系间，传播着文明的希望，阿岚的调和者形态化作星空中的希望星座，指引着文明前行的方向，洛凛的共生体学院培养出更强大的守护者，雷掣的机械军团在宇宙边缘巡逻，林羽则将溯光剑插在文明灯塔之巅，剑柄上刻着：“文明的希望，是对抗黑暗的永恒力量。”然而，在宇宙的暗域深处，一个新的暗紫色水晶开始闪烁，水晶上浮现出一行文字：“熵寂的余烬，将点燃新的战火……”