黑色种子坠入宇宙各处后，寂静的虚空开始泛起诡异的涟漪。特遣队的星舰刚脱离暗网，阿依娜的监测系统突然爆出刺目红光：“检测到量子纠缠异常！所有种子正在与对应文明的‘恐惧节点’建立连接...”舰体周围的空间如镜面般碎裂，映出无数个被黑暗侵蚀的平行世界残影。
机械族中枢城的地下实验室里，科研人员惊恐地发现，一枚黑色种子竟在量子保险箱内自主生长。它伸出的暗物质藤蔓缠绕着城市的能源核心，将精密的量子芯片转化为扭曲的神经突触。首席工程师的机械义眼闪过数据流：“这不是物质生长，是‘恐惧具象化’在侵蚀我们的文明根基！”他启动自毁程序，却发现所有指令都被反向执行。
自然族的世界树树冠垂下无数黑色根须，每一根都扎进星球地表。树灵长老们的星光身体变得浑浊，年幼的树灵指着根须尖叫：“它们在吸食世界树的生命力，把美梦变成噩梦！”星兽们的族群开始分裂，被暗物质感染的个体长出骨刺，攻击着曾经的同伴，鲜血在森林中流淌成诡异的图腾。
守秘者联盟的悬浮图书馆底层，尘封的禁忌咒文卷轴自动展开，与黑色种子产生共鸣。老咒术师的继任者试图用净化咒文对抗，却发现自己的法术反而被转化为黑暗力量。“这些种子...在利用我们对未知的恐惧！”他握紧法典，书页间飘落的灰烬在地上拼出“维度裂变即将开始”的警告。
特遣队追踪着暗种的能量波动，来到一片由破碎维度拼凑的星域。这里的空间同时存在固态、液态与能量态，队长的文明之剑插入地面，竟抽出一缕缠绕着恐惧记忆的黑色丝线。“暗种正在撕裂维度边界，用绝望创造新的黑暗宇宙！”他的声音被空间乱流扭曲。沈梦璃的意识体在维度夹缝中发现惊人真相：种子核心藏着初代文明的“阴影备份”，是他们在崩溃前留下的禁忌遗产。
林羽的光翼燃烧成跨越维度的火焰，试图焚毁暗种根系，却引发连锁反应。整个星域开始像纸牌屋般坍塌，无数平行世界的碎片相互碰撞。千钧一发之际，宇宙中响起文明的呐喊——机械族用情感芯片模拟出最纯粹的勇气，自然族将生命孢子化作希望的箭矢，守秘者联盟以灵魂为引，吟诵跨越维度的团结咒文。
这些力量汇聚成能穿透维度的金色洪流，注入文明之剑。当光芒击中暗种核心，初代文明的阴影记忆开始消散，显露出被囚禁的光明意识：“我们曾因恐惧创造黑暗...真正的救赎，在于接纳阴影，让希望重生。”暗种在光芒中崩解，释放出的能量却引发了更大的危机——星域中央裂开一道深不见底的维度裂隙，从中传出无数文明的绝望哀嚎，一个由纯粹黑暗构成的巨型身影正在缓缓苏醒。