黄土飞扬的山路上，队伍踏着晨曦向延安疾行。李小二固执地抱着昏迷的小奶娃，任血迹在衣襟晕染，嘴里喃喃重复：“你说过要造飞天扫帚的……”郭雅琴攥紧“火种计划”图纸，图纸边缘被冷汗浸得发皱，远处延安窑洞的剪影在晨雾中若隐若现，像一盏摇曳却不灭的灯。
零的机械义眼突然捕捉到异常波动，他猛地抬手：“有能量反应！”话音未落，地面轰然裂开，数台造型诡异的机械蜘蛛破土而出。这些蜘蛛通体漆黑，关节处缠绕着猩红的能量丝线，正是暗影组织的新型侦查器。刘老鬼挥刀劈向最近的机械蜘蛛，刀刃却被丝线缠住，瞬间腐蚀出密密麻麻的孔洞。
“用这个！”永革扔出小奶娃特制的黏液弹。黏液接触到机械蜘蛛的瞬间，竟触发了图纸上记载的“纳米分解程序”，蜘蛛外壳如同冰雪消融般坍塌。郭雅琴瞳孔骤缩——这图纸上的技术，竟能克制暗影组织的武器。
当队伍终于抵达延安，八路军总部早已做好接应。张团长带着医护人员冲上来时，李小二突然爆发：“先救他！求你们先救他！”小奶娃被紧急送往医疗站，郭雅琴则在零的带领下，穿过层层岗哨，来到凤凰山脚下一处隐秘的窑洞。
窑洞深处，机关开启，露出通往地下的螺旋阶梯。潮湿的石壁上，每隔数米便镶嵌着散发微光的水晶，照亮了墙壁上斑驳的壁画——画中，古人与机械巨物并肩作战，太阳纹章在战火中熠熠生辉。“这是‘曙光’组织初代成员留下的遗迹，”零低声解释，“‘女娲基因库’就在最底层。”
阶梯尽头，一扇刻满神秘符号的青铜门缓缓升起。永革举着从老者处获得的密钥靠近，门扉却突然射出红光扫描众人。“检测到基因匹配者。”机械女声响起，郭雅琴的磁暴步枪突然自动悬浮，核心能量与门上的纹路共鸣。随着蓝光流转，大门轰然洞开。
基因库内，上百个透明培养舱悬浮在淡绿色的液体中，舱内沉睡着形态各异的“样本”——有的长着机械羽翼，有的皮肤下血管与电路交织。中央平台上，巨大的全息投影正在播放一段影像：二十年前，机械师的师父与数位科学家站在基因库前，身后是堆积如山的日军生化实验资料。
“我们成功提取了上古‘女娲基因’，”影像中的老人目光沉痛，“这种基因能赋予人类自我修复与进化的能力，但日军妄图将其改造成战争兵器。如果你们看到这段影像，说明‘火种计划’已经重启……”画面突然剧烈闪烁，出现一片刺目的猩红。
就在这时，地面开始剧烈震动。零的机械义眼红光爆闪：“暗影组织追踪到这里了！他们破解了基因库的防护罩！”数十名暗影成员破墙而入，为首者竟是青龙峡之战中消失的山本——此刻他的身体已完全机械同化，胸口镶嵌着与基因库核心相似的能量晶体。
“把‘女娲基因’交出来！”山本的机械臂化作加特林炮台，“二十年前，我师父就是为了守护这个背叛帝国的计划而死！”郭雅琴这才惊觉，山本与机械师的师父竟有师徒关系。千钧一发之际，医疗站方向传来惊天动地的爆炸声，李小二浑身是血地冲进来：“他们劫持了小奶娃！”
郭雅琴瞬间做出决断，将图纸塞给永革：“启动基因库！我去救人！”她带领刘老鬼冲向医疗站，却发现小奶娃被绑在一台改造过的基因提取仪上。暗影组织的首领摘下头盔，露出一张与山本年轻时极为相似的脸：“自我介绍一下，我是山本的孪生弟弟，暗影组织的真正掌控者。”
首领按下按钮，基因提取仪开始运转，小奶娃痛苦地挣扎着。郭雅琴举起磁暴步枪，却发现能量核心突然失灵——原来山本胸口的晶体正在反向干扰。危急时刻，李小二突然扑向控制台，用身体挡住攻击。“快跑！”他的声音带着哭腔，“你说过要带我们打败所有坏蛋的！”
基因库内，永革与零终于破解了启动程序。“女娲基因”被激活的瞬间，整个延安地动山摇。培养舱内的样本开始苏醒，他们冲破舱体，与暗影成员展开混战。其中一个长着机械羽翼的少女飞向医疗站，用羽翼切断了捆绑小奶娃的锁链。
“这是基因库的守护者！”零激动地大喊，“他们被赋予了自主意识！”郭雅琴趁机抱起小奶娃，却发现少年胸前不知何时浮现出太阳纹章的胎记。山本的弟弟见状，瞳孔骤缩：“不可能！你怎么会有初代‘曙光’成员的印记？”
混乱中，山本突然调转枪口对准弟弟：“够了！这二十年，我一直活在你的阴影下！”能量炮轰出的瞬间，弟弟启动传送装置消失。而山本在爆炸余波中，露出了机械胸腔里跳动的人类心脏——原来他从未完全失去人性。
黎明再次降临，基因库恢复平静。小奶娃缓缓醒来，看着自己发光的手掌，眼中满是疑惑。郭雅琴将他搂入怀中，望向延安的天空。远处，八路军战士们正在清理战场，而基因库深处，新的“曙光”正在觉醒。零调出最新情报，面色凝重：“暗影组织虽然撤退，但他们带走了部分基因样本。更糟的是……日军正在集结最后的生化部队，目标直指延安。”
郭雅琴握紧拳头，磁暴步枪重新蓄满能量：“那就让他们知道，中国人的基因里，刻着永不屈服的勇气。”朝阳下，小奶娃摸出口袋里变形的竹筒，咧嘴一笑：“我感觉……我能发明出更厉害的东西了！”众人相视而笑，笑声回荡在延安的上空，充满希望与力量。