正当满清王朝沉浸在入主北京皇城的巨大喜悦中时，中原大地却传来了一个令大清王朝震动的消息——
镇南王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠三人相继联合举起了反清大旗，一时朝野震动，大清内部人心惶惶，连康熙和孝庄也乱了阵脚。
由于三人都是雄霸一方的乱世枭雄，各自拥兵二十万加在一起达到了惊人的六十万，三人攻城略地，很快就占领了中原的大片土地和战略要道，一时声势浩大直逼满清皇城而来，直接威胁到了满清王朝的统治。
同时中原的反清势力哥老会和洪门天地会也立即响应了起来，就连远在宝岛的郑之龙也派出了水师和几万精兵协助三人，一时间，满清王朝仿若置身于惊涛骇浪之中。康熙紧急召集朝中大臣商议对策，朝堂之上吵成一团，有人主张求和，有人坚持一战。孝庄太后虽表面镇定，内心却也焦急万分。就在这危急时刻，一位神秘道士求见康熙。道士自称来自深山，算出此乃满清一劫，但也有化解之法。康熙病急乱投医，忙问对策。道士称，需寻得上古神器轩辕剑，以其神力方可退敌。康熙立刻派出亲信高手四处寻找轩辕剑。与此同时，吴三桂等人的联军继续推进，沿途百姓苦不堪言。而在寻找轩辕剑的途中，高手们遭遇了重重困难，不仅有自然险阻，更有神秘势力的阻拦。但为了满清的存亡，他们只能咬牙坚持，一场关乎王朝命运的冒险就此展开……
此时的康熙帝正好十五岁，还有三年就达到了正式亲政的年龄，少年有为，壮志满酬的康熙帝正好大展拳脚，在朝中树立起强大的威信——于是下了一道圣旨：“表示自己要带着朝中的所有汉臣力量，亲率四十万精兵御驾亲征，临行之前将朝中所有事务都交给四大辅政大臣。
此时的孝庄太后由于身体感染风寒正在慈宁宫休养，惊闻自己的孙儿康熙要御驾亲征，吓得面如土色，顾不上身体不适火急火燎的向紫禁城金銮殿赶来，隔着老远就大喊道：“孙儿！住手！不可鲁莽，快停下！”
康熙看着跑得上气不接下气的祖母，急忙走下龙椅关心的说道：“祖母！你怎么来了，孙儿都还没有向你请安啊！”
“我再不来，咱们大清王朝就会陷入万劫不复！毁于你之手啊！”
“此时的康熙满脸不服，祖母有这么严重吗？”
孝庄太后痛心疾首的说道：“孙儿你不能离开皇城，在说你就放心把整个王朝的命运交给四个老狐狸吗？今非昔比，索尼已经老迈，难堪重任，鳌拜野心勃勃，其他两人也不可靠！”
康熙大声说道：“祖母我御驾亲征，派出汉臣镇压吴三桂等三人，这就叫以夷制夷，有何不可！”
“孙儿啊！你还是太年轻了，中原汉族有着几千年历史文明，拥有四万万各族同胞，而我们满族还不到十分之一，万一他们打败了吴三桂等人在拥兵自重，然后在出现第二个吴三桂、第二个耿精忠和尚可喜你怎么办！”祖母还没有成为你大清王妃之前在我的家乡科尔沁大草原生活，对中原汉族有着深刻的了解！
“为今之计只能相互派出汉族将领和我们满族将领共同围剿吴三桂三人方能彻底剿灭，这样一来他们之间也能相互制衡，更加卖力的为我大清王朝所用……”康熙听了祖母的话，陷入沉思，片刻后，他拱手道：“祖母所言极是，孙儿考虑欠妥了。”孝庄太后欣慰地点点头，道：“这就对了，咱们满族根基尚浅，不可轻易冒险。”
随后，康熙按照孝庄太后的建议，迅速调整战略，安排满族将领与汉族将领联合出兵围剿吴三桂等人。同时，寻找轩辕剑的队伍也传来消息，他们历经艰难，终于找到了轩辕剑的大致线索，据说在一处神秘山谷中。
康熙得知后，秘密派遣一支精锐小队前往山谷寻找轩辕剑。而吴三桂等人的联军，在推进过程中也遇到了一些问题，内部开始出现分歧。尚可喜和耿精忠对吴三桂的独断专行渐生不满，三人之间的矛盾逐渐显露。一场围绕着满清命运、轩辕剑以及各方势力博弈的大戏，正朝着未知的方向发展。
同时康熙帝也明白，寻找传说中的“轩辕剑”也许是一个遥不可及的机缘，亦或是一个巨大的阴谋陷阱，于是果断下旨：“辙回寻找内卫，停止无谓的寻找！”当下最重要的是立即出兵围剿吴三桂等人——
导致吴三桂、耿精忠和尚可喜三人反清的原因就是索尼和明珠大力要求康熙帝的撤藩政策，于是康熙帝立即给吴三桂、耿精忠和尚可喜三人下了一道辙藩圣旨，三人表面上答应撤藩，暗地里却以此为借口进行了反抗——“这就是着名的三藩之乱！”都说导致吴三桂等人反清的原因就是撤藩政策，其实不然——
康熙帝采纳了祖母孝庄太后的建议，分别任用多罗顺承郡王勒尔锦为主帅，随即 被任命为宁南大将军 统领清军主力驻守荆州，负责湖南主战场作战。
都统觉罗朱满：作为勒尔锦的副将参与湖南战役，负责具体战术执行。
安亲王岳乐： 率军从江西进攻长沙，切断吴三桂与耿精忠的联系。
图海、赵良栋：负责西北战场，平定尚可喜、王辅臣叛乱后南下夹击吴军。
周培公、李光第、张英等汉臣为参将，此时的辅臣鳌拜最为高兴，因为他早就料到康熙不会在派他出征，同时这也是鳌拜想要的结果，鳌拜早就希望吴三桂等人闹得越大就越对自己有帮助，最后在由自己收拾残局逼迫康熙退位。
然而令鳌拜没有想到的是，经过三年多的围剿，最终将三藩之乱的罪魁祸首吴三桂、耿精忠和尚可喜等人彻底剿灭，三藩之乱平定，康熙龙颜大悦，在朝堂上大赏功臣。但鳌拜却心中不满，觉得自己的计划落空。他表面上对康熙的决策表示称赞，暗地里却勾结部分官员，妄图在朝堂上制造混乱，削弱康熙的权威。
一日早朝，鳌拜突然发难，弹劾几位在平乱中立下大功的汉臣，称他们拥兵自重，有谋反之心。朝堂之上顿时议论纷纷，康熙心中明白这是鳌拜的阴谋，但他不动声色，让大臣们发表意见。
就在局势僵持之时，孝庄太后突然驾到。她严厉斥责鳌拜，称他不顾国家刚刚安定，蓄意挑起事端。鳌拜虽心中不服，但也不敢公然违抗孝庄太后。
康熙借此机会，果断下令彻查鳌拜的党羽，将其势力逐步瓦解。经过一番整顿，朝堂终于恢复了往日的平静，康熙的统治也更加稳固。而那神秘的轩辕剑，也渐渐被人们遗忘在历史的长河中。