此时的满清王朝，已经基本上萧清了中原的正规军反抗力量，剩下的都是一些散兵游勇以及民间的反清力量，如今的清王朝对这些力量丝毫不在意，充其量就是不如流的势力，清王朝也不用刻意在兴师动众的去围剿，时间一久这些力量自然就会瓦解，如今留下这些力量也可以相互制衡。
于是顺治皇帝和孝庄太后大手一挥说道：“终于等到了这一天，如今就是我大清王朝入主中原的时候到了，”于是率领所有的八旗子弟浩浩荡荡的从盛京出发前往北京皇城，队伍行进途中，突然天空阴云密布，狂风大作。顺治帝和孝庄太后心中一惊，还未等他们反应过来，前方竟凭空出现一道巨大的裂缝，从中涌出无数奇异生物。这些生物形态各异，有的似狮身鹰头，有的如蛇身鱼尾，所到之处，尘土飞扬，惨叫连连。八旗子弟们虽骁勇善战，但面对如此诡异的敌人，一时间也乱了阵脚。顺治帝急忙下令稳住阵脚，组织抵抗。然而，这些奇异生物攻势猛烈，八旗子弟伤亡惨重。孝庄太后眉头紧皱，心中暗忖：难道这是上天对大清的警示？就在局势危急之时，一位神秘道人现身，他手持拂尘，口中念念有词，奇异生物竟渐渐退去。道人告诉顺治帝，此乃天地异动，若大清想要长治久安，需善待百姓，不可肆意杀戮。顺治帝和孝庄太后赶忙谢过道长，随后整顿队伍，继续向北京进发，心中也多了几分对未来的忧虑。
很快大清王朝就来到了北京皇城，此时的皇城早已经是断壁残垣，经过连番的大战和李自成大顺军的连番掠夺，于是孝庄太后和顺治皇帝同时下令向全国出榜安民，并安排四大辅政大臣从国库拨出大量库银安置无家可归和受到战争影响的无数黎明百姓。同时加紧修缮北京皇城的古城建筑。
入主皇城半年后 ，顺治皇帝和其宠妃鄂贵妃同时得了一场天花瘟疫，此瘟疫病情严重，无药可救，顺治皇帝和鄂贵妃危在旦夕，皇城内的所有太医束手无策，整个大清王朝陷入了一场举大的恐惧中，孝庄太后无法只得乞求上苍保佑，并承诺善待中原的汉族所有同胞，然而没有任何作用。很快鄂贵妃和顺治皇帝先后病逝，朝廷上下一片悲戚。就在众人绝望之时，曾出现过的神秘道人再度现身。他称自己算出顺治帝与鄂贵妃命不该绝，只是被一股神秘力量牵引，沾染了不该有的劫数。道人拿出两枚散发奇异光芒的丹药，让孝庄太后分别喂给顺治帝和鄂贵妃。说来也奇，二人服下丹药后，竟奇迹般地好转起来。
顺治帝病愈后，想起道人之前的告诫，深知大清要想稳固统治，必须顺应民意。他开始推行一系列改革措施，重用汉臣，减轻百姓赋税，促进满汉融合。同时，他也派人暗中调查那股神秘力量的来源，试图解开天地异动和这场瘟疫背后的谜团。孝庄太后也全力支持顺治帝的改革，大清王朝在经历这场危机后，似乎迎来了新的转机，但前方是否还有未知的挑战，谁也无法预料。
顺治皇帝和鄂贵妃病愈后，性情大变，变得沉默寡言，整天浑浑噩噩，顺治皇帝整天都被噩梦惊醒，梦里见到的都是尸山血海，成千上万的冤魂向其索命，怨魂向顺治皇帝说道：“你大清王朝杀生太多想要得到上天的恩赐，只有出家！”
第二天顺治皇帝无心上朝，一心吵着要出家为僧，孝庄太后也吃惊不已，无论她如何劝说，顺治皇帝都要出家，连四大辅政大臣跪下乞求也没用。
孝庄太后无法，只得同意顺治皇帝出家，连鄂贵妃也要一同前往，于是顺治皇帝前往太华山保国寺出家了……
同一年，公元1661年，年仅八岁的爱新觉罗.玄烨登基为帝，改元康熙，庙号清圣祖，由于其年仅八岁，无法亲政，由孝庄太后指定索尼、苏克萨哈、鳌拜、遏必隆四位重臣为辅政大臣。
此时的大清王朝基本上统制了中原，剩下的反抗势力洪门天地会和哥老会只得转入地下，暗中破坏大清王朝的一些军营和地方力量。
年轻的康熙皇帝，天资聪明，乃整个华夏少有的天才帝王，四书五经，治国安邦，几乎过目不忘，然而，朝堂之上并不平静。鳌拜自恃功高，在四位辅政大臣中逐渐独揽大权，行事愈发跋扈，不把年幼的康熙放在眼里。他结党营私，肆意打压异己，苏克萨哈因与其政见不合，竟被他罗织罪名处死。
康熙看在眼里，急在心头，表面上却不动声色。他暗中挑选了一批身强力壮的亲贵子弟，在宫中整日练习布库（摔跤），装作少年游戏，实则是为了训练自己的亲信力量。
与此同时，天地会和哥老会也在加紧谋划，企图趁着朝廷内部动荡，发动大规模的起义。他们四处联络江湖豪杰，积蓄力量，准备给大清王朝致命一击。
而远在太华山保国寺的顺治皇帝，虽已出家，却也心系天下。他时常在禅房内为大清的国运默默祈祷，同时也在思考着如何化解这重重危机。一场激烈的权力斗争与江湖风云，即将在这看似平静的大清王朝中掀起惊涛骇浪。
孝庄太后作为大清王朝少有的女强人，看着少年有为的孙儿康熙也倍感欣慰，忍不住涕泪横流的叹道：“想我孝庄自皇太极时期由蒙古部和入主大清王朝，我一生中最大的功绩就是辅助了大清两个帝王——一个六岁登基、一个八岁登基！”
此时远在云南的吴三桂自从杀害了南明永历帝后，内心倍受良心的煎熬，同时耿精忠和尚可喜也自良心不安 ，远在宝岛的郑之龙也没有闲着，他联合天地会和哥老会，准备共同反抗清朝统治。他派人秘密联络吴三桂、耿精忠和尚可喜，劝说他们一同举事。吴三桂等人本就对清朝心怀不满，加上内心的愧疚，经过一番权衡，竟决定响应郑之龙。与此同时，鳌拜察觉到了康熙的小动作，他决定先下手为强，打算在一次宫廷宴会上除掉康熙。然而，康熙早有防备，他让那些练习布库的亲贵子弟埋伏在四周。宴会上，鳌拜刚要动手，那些少年一拥而上，凭借着平日里的训练，竟将鳌拜制服。康熙成功夺回大权，开始正式亲政。此时，吴三桂等人的叛乱消息传来，康熙临危不乱，他迅速调兵遣将，准备应对这场危机。而远在太华山的顺治皇帝得知此事后，决定下山相助。他以高僧的身份游走各方，试图化解这场纷争。一场关乎大清命运的大战，再次迎来变故——