此时的隆武政权唐王朱津键，和宝岛的独立政权郑之龙由于双方在共同防御上各执一词，互不相让，加上郑之龙认为自己有强大的水师力量，并不需要依靠隆武政权帮助，于是双方的合作抗清计划彻底的宣告失败，朱津键又气又急，却也无可奈何。而就在双方闹掰不久，清军得知了他们合作破裂的消息，立刻调遣精锐水师，直扑宝岛。郑之龙起初还自信满满，以为凭自己的水师能轻松抵御。然而，清军此次不但带来了新式武器，战术也十分灵活。战斗打响后，郑之龙的水师很快陷入了被动，损失惨重。此时郑之龙才意识到自己的自大是多么愚蠢，急忙派人向朱津键求救。朱津键虽对郑之龙之前的态度不满，但大敌当前，也顾不上计较前嫌，迅速调派陆军和部分水师前去支援。在隆武政权的援助下，双方重新联手，共同制定战术。一番苦战之后，终于击退了清军的进攻。经此一役，郑之龙收起了傲慢，朱津键也不再计较过往，双方决定真正携手合作，共同抗清。
隆武政权建立后，定都福建.福州天兴府，两大政权隔海相望，互为犄角 ，平时互相帮助，共同抵御清兵入侵。
然而令郑之龙没有想到的是其手下的四大将领拒绝听从郑之龙的指挥，其理由是隆武政权极其不稳定，这样的合作只会彻底的拖垮郑氏集团的宝岛防御系统，到时候就会一败涂地，沦为满清鞑子的奴隶，因此多次向郑之龙逼宫，不得已郑之龙只好中断了和隆武政权的所有合作。
此时清兵抓住了这一机遇，再次派出了鳌拜和苏克萨哈两人兵分两路分别进攻隆武政权和宝岛郑之龙政权，在失去了郑之龙的援助后，在清兵强大的进攻下，隆武政权很快就土崩瓦解，同时在清兵强大水军进攻下，郑之龙由于准备不足，加之仓惶应战，一下子损失数万精锐，只得退出太平洋宝岛海峡，退回赤坎城坚守阵地，郑之龙在赤坎城内焦急万分，他深知如今形势危急，自己手下四大将领的短视让局面陷入绝境。而鳌拜和苏克萨哈攻势愈发猛烈，赤坎城被围得水泄不通。就在郑之龙感到绝望之时，一个神秘人突然出现在他面前。此人自称来自宝岛阿里神山修行者，知晓抗清的关键。他告诉郑之龙，隆武政权虽已瓦解，但仍有残余势力隐藏在山林之中，若能联合他们，再利用未来的一些战术和武器知识，或许能扭转战局。郑之龙起初半信半疑，但眼下也没有更好的办法，只能死马当作活马医。于是，他派人秘密联络隆武政权的残余力量，同时依照神秘人的指点改造武器、调整战术。当清军再次发起进攻时，郑之龙带领着重新集结的力量奋勇抵抗，竟渐渐稳住了阵脚。
与此同时，清王朝也明白，宝岛不是那么容易收服的，加之隔着数十公里的茫茫宝岛海峡天险，何况此处海峡十分复杂，经常出现十级以上的强烈飓风，最佳进攻时间也就只有寒冬十一月份到第二年了五月份左右，清兵无法，只得暂时放弃收复宝岛。
然而，神秘人突然消失了。郑之龙心中有些不安，可战斗还在继续，容不得他多想。就在局势稍有缓和时，内部又出了问题。隆武政权的残余势力中，有人对郑之龙心怀不满，认为他之前的决策导致了合作破裂和隆武政权的瓦解，企图暗中破坏联合抗清的计划。他们与清军勾结，准备在关键时刻倒戈。清军得知这个消息后，再次蠢蠢欲动，打算趁着郑之龙内部不稳时发动总攻。郑之龙很快察觉到了内部的异样，他当机立断，先稳住隆武残余势力中的忠诚力量，然后迅速肃清了内奸。经过这场风波，联合阵营更加团结。而此时，天气逐渐转凉，又到了适合清军进攻的时节。但郑之龙早有准备，凭借着改造后的武器和新战术，严阵以待。当清军水师再次出现在海峡时，迎接他们的是一场更为激烈的反击……
此时的大清王朝为了彰显自己的合法统制，同时也为自己统治中原树立长久的震慑力量，于是在始祖努尔哈赤提出的八旗制度下由顺治皇帝和孝庄太后共同实施了完善的八旗制度，其中包括正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗、镶黄旗、镶红旗、镶蓝旗。在此基础上细分为上四旗和下四旗，同时也叫：
正四旗：纯色旗帜，包括正黄旗、正红旗、正蓝旗。
镶四旗：在原色旗帜边缘镶其他颜色黄旗为黄色旗， 包括镶黄旗、镶红旗、镶蓝旗。其中以正黄旗为最尊贵，依次为正红旗、正白旗，地位最低的就是镶蓝旗。
满清爱新觉罗氏和皇族子弟都归纳为正黄旗和正红旗，其它的异族官员和汉族官员大多数只能拥有镶蓝旗……清军此次进攻，还带来了西洋传教士所造的新式火炮。炮火轰鸣，郑之龙一方的防线岌岌可危。就在众人以为大势已去时，神秘人竟再度现身。他带来了更先进的火器图纸，指导众人改造出能与之抗衡的武器。同时，神秘人还指出清军水师的布阵弱点，建议郑之龙采用火攻战术。郑之龙依计行事，趁着夜色，派出小船装满易燃物，借着风势冲向清军水师。刹那间，清军战船燃起熊熊大火，混乱不堪。郑之龙抓住时机，率舰队全面出击。清军被打得节节败退，损失惨重，不得不再次撤回。经此一役，郑之龙对神秘人更加信赖。而清王朝也意识到，想要收复宝岛，必须另谋良策。双方陷入了新一轮的对峙，而神秘人的身份，也愈发成谜，仿佛背后隐藏着更大的秘密。
此时中原地区，清军原先派出的四大汉族将领，在众多的反清势力长久的消耗之下也是强弩之末，加入清王朝制定的八旗制度彻底的激怒了中原数千万的汉族同胞，使得反清复明势力也更加的壮大和坚定，在中原反清复明势力日益壮大之时，郑之龙在宝岛也没闲着。他一边让士兵加紧训练新战术，一边命工匠按照神秘人的图纸制造更多先进火器。而神秘人虽未说明自己的来历，但每次都在关键时刻出现，让郑之龙愈发好奇。
与此同时，清王朝内部也出现了分歧。部分大臣认为应集中兵力先平定中原的反清势力，再图谋宝岛；而另一部分则坚持先拿下宝岛，以绝后患。顺治皇帝和孝庄太后为此多次商议，始终难以抉择。
就在双方僵持不下时，神秘人竟主动找到郑之龙，告知他清军内部的矛盾，并建议他联合中原的反清势力，共同对清军发起全面反击。郑之龙听后，觉得此计可行，于是立刻派人联络中原的各路反清义军。一场关乎天下局势的大战，即将拉开帷幕……