孝庄和四大辅政大臣全力帮助和巩固了大清王朝的基业，可以说没有孝庄就没有大清王朝的繁荣和稳定。
对外有四顺汉族王和两大忠孝王，对内有蒙古贵族之后的准噶尔丹部，此时的准噶尔丹神秘的汉血铁骑成员许多人都已经成为了大清王朝的皇宫内卫，并忠心耿耿的守护着大清皇宫的安全，然而，平静之下暗流涌动。一日，孝庄接到密报，准噶尔丹部似有异动，部分汉血铁骑成员竟与准噶尔丹暗中联系。孝庄眉头紧锁，她深知准噶尔丹若有反心，大清将面临巨大危机。四大辅政大臣听闻此事，立刻进宫商议对策。有人主张直接出兵剿灭准噶尔丹部，以绝后患；有人则认为应先查明真相，避免打草惊蛇。孝庄权衡再三，决定先派心腹暗中调查那些与准噶尔丹有联系的汉血铁骑成员。与此同时，她也加强了皇宫的守卫，以防不测。而在准噶尔丹部，首领正与几个亲信密谋，企图利用汉血铁骑在皇宫的便利，里应外合，夺取大清江山。一场风暴，正悄然逼近大清王朝。
此时的中原大地还是混乱不堪，索尼首先提出要先平定中原各路叛乱和反清复明的十大江湖门派……
华夏古都渝城忠州，出了一位身经百战的女英雄秦良玉，其丈夫和兄弟姐妹个个武艺高强，秦良玉更是文武全才，虽然为女流之辈，但其熟读各种兵书战策，成为了皇太极时期入主中原的一位劲敌，秦良玉多次率领本家兄弟和丈夫马千乘痛击清兵。
此时后方的大西政权就成为了清兵入关的心头大患，雄才大略的张献忠在其两位军师的建议下，将秦良玉封为定国将军，同时张献忠也知道古都渝城为大西政权的天然屏障和重要门户，张献忠深知秦良玉的能力，欲让她全力守住渝城。秦良玉领命后，迅速整军备战，加固城防。而此时，大清这边孝庄的心腹调查有了进展，发现那些汉血铁骑成员虽与准噶尔丹有联系，但大多是被胁迫。孝庄决定先稳住准噶尔丹，暗中解救被胁迫的铁骑成员。与此同时，清兵在皇太极的指挥下，计划先绕过渝城，直捣大西政权后方，分散其兵力。消息传到秦良玉耳中，她当机立断，留下部分人马守城，自己亲率精锐部队去截断清兵后路。一场大战即将在大西政权边境展开，秦良玉能否凭借她的智慧和勇气阻挡清兵的攻势，孝庄又能否化解准噶尔丹的危机，大清与大西政权的命运，都将在这一场场交锋中逐渐明朗——
公元1646年，清廷派肃亲王豪格率十万清军入川，与大西军展开决战。豪格采用分兵合击战术，并联合明军及地方武装多路进攻。大西军在成都被围困后撤至陕西，清军突破防线后，张献忠率主力退守西充凤凰山。在这一场大战中，张献忠的两个天才儿子张守城和张世诚先后战死，只留下了一个痴傻的小儿子，此儿子天生智力低下，背地里被当地百姓送外号为——“张大傻”
尔后，清军突袭凤凰山营地。张献忠因天起大雾，并误报军情未设防，被清军神射手雅布兰射中左胸，中箭坠马身亡。大西军溃散，清军追击破130余营，彻底击溃大西主力。张献忠死后，众将只得立痴傻的“张大傻”为帝，然而大西政权自张献忠死后，再也没有了任何作为，基本上土崩瓦解。
此时，张献忠部将孙可望、李定国等率余部南撤至川滇黔交界处大山，继续抗击清兵。
这时鳌拜主动提出，说道：“启禀我主顺治爷、孝庄太后，微臣愿带本部骑兵前往云贵川交界处剿灭孙可望和李定国，孝庄微微点头，“鳌拜，此事就交由你去办，但需谨慎行事，孙、李二人皆有勇有谋，不可轻敌。”鳌拜领命而去，带着精锐骑兵直奔川滇黔交界处。与此同时，秦良玉听闻大西政权变故，心中忧虑，深知清军下一个目标或许就是自己。她一面加强渝城防御，一面派人联络周边抗清势力，准备联合抵御清军。而在川滇黔交界处的大山里，孙可望和李定国并未因大西政权的瓦解而气馁，他们收拢残部，训练士卒，打算凭借地形之利与清军周旋。鳌拜的骑兵很快抵达，双方初次交锋，清军便陷入山林间的埋伏，损失了不少人马。鳌拜大怒，重新调整战术，开始步步为营，慢慢压缩大西军余部的活动空间。一场更为激烈的较量，在这大山之中悄然拉开帷幕，各方势力的命运，也将在这场战斗中发生新的变化……
面对着敌暗我明，鳌拜还是有些轻敌，加之原始森林经常大雾弥漫，又有各种毒瘴猛兽，许多骑兵不熟悉山地战，加上水土不服，一下子鳌拜的骑兵病亡了数万人。不得已，鳌拜只好飞鸽传书请求中原的两大忠孝王洪承畴和祖大寿前往支援。
二人到后，鳌拜调整战术，命令洪承畴和祖大寿前往原始森林攻击孙可望和李定国老巢，自己则带领本部骑兵前往渝城忠州攻击秦良玉的根据地。
在鳌拜疯狂的进攻下，留守根据地的丈夫马千乘重伤身亡，秦良玉的四位本家兄弟秦良材、秦本渊、秦良霸和秦政策先后阵亡，秦良玉闻此噩耗，大叫一声：“大哥，夫君！”一头从马上栽了下来。没过几天，一代巾帼女英雄不幸病逝，秦良玉的死让抗清势力士气大减，但也激起了更多人对清廷的愤恨。孙可望和李定国得知消息后，决定改变策略，不再一味防守，而是主动出击。他们趁着鳌拜分兵攻打渝城，后方兵力空虚，率精锐突袭鳌拜大营。鳌拜猝不及防，营中顿时大乱。与此同时，周边一些原本观望的抗清小势力，也纷纷加入到这场战斗中，一时间，清军陷入了四面楚歌的境地。洪承畴和祖大寿在原始森林中也遭遇了顽强抵抗，大西军余部利用熟悉地形的优势，不断骚扰他们。孝庄收到战报后，心急如焚，再次召集三大辅政大臣商议对策。有人提议召回鳌拜，重新部署兵力；有人则主张增派援军，一举歼灭抗清势力。孝庄陷入了沉思，大清王朝的这场危机，究竟该如何化解，一切都还是未知数。