山海关一破大明再也没有了任何天险屏障可守，此时的大清王朝已经全面进入中原，并且无人能挡。
早在皇太极的时期，大明万历年间的一场决定大明王朝兴衰的——萨尔浒之战，那一战大明王朝损失惨重，三十多万精锐几乎损失殆尽，自那一战后皇太极就给自己的大清继承人颁布了一项禁令：“子孙后代入主中原之后就执行一项大清全民禁令，即男子必须剃发，若有不从者就大肆屠杀，为了使这一项罚令永远执行下去，并另外附加了一条死命令——留头不留发，留发不留头！”清军所到之处，这剃发令便如阴云般笼罩。百姓们祖祖辈辈受“身体发肤，受之父母”观念影响，对剃发一事极为抗拒。一时间，各地反抗之声此起彼伏。
在江南某座小城，一群百姓聚集起来，推举出一位德高望重的老者为首，准备与清军抗争到底。他们手持简陋的武器，眼神中满是决绝。清军得知消息后，迅速派来一队人马。双方对峙之时，突然，天空中一道奇异的光芒闪过，紧接着一个巨大的旋涡出现在小城上空。从漩涡中竟涌出一群神秘的生物，它们长相怪异，散发着强大的气息。这些生物一出现便对清军和百姓展开攻击，小城瞬间陷入混乱。清军和百姓不得不暂时放下矛盾，共同对抗这未知的威胁。而这神秘漩涡的背后，似乎隐藏着一个更大的秘密，它又将如何影响大清入主中原后的局势，无人知晓……
然而面对着强大无匹的清王朝，手无寸铁的黎民百姓无异于是螳臂当车，一时间数十万黎民百姓无故遭到残酷镇压，并大量屠杀了我中原汉族同胞，这血腥残无人道的屠杀激起了更多的人反抗，为了自己的汉族血统和地位，无数的同胞先烈流血牺牲，但仍然有无数的先烈同胞们前赴后继……就在双方与神秘生物打得难解难分时，一位白发老者从人群中站出。他周身散发着柔和却又不容小觑的光芒，口中念念有词。只见神秘生物的攻势竟渐渐被遏制，老者双手一挥，一道巨大的屏障将众人护住。
清军将领惊疑不定，对着老者喊道：“你是何人？为何会有如此神通？”老者微微一笑，“我乃隐居于此的修道之人，见此乱象，不忍苍生受苦。”
此时，神秘漩涡中突然传出一阵诡异的笑声，一个更加高大、气息恐怖的生物缓缓走出。它扫了一眼众人，冷笑道：“你们以为能挡住我吗？”
老者神色一凛，对清军和百姓说道：“如今大敌当前，唯有携手，方能度过此劫。”众人闻言，纷纷点头。于是清军和百姓重新整军，与老者一起，向那恐怖生物发起了冲锋。一场更为激烈的战斗就此展开，小城的命运，乃至大清入主中原的局势，都将因这场战斗而发生巨大的改变……
此时的民族英雄史可法和其师兄戴盛宗和关德胜向中原全体汉族同胞发出了一道檄文：兹告天下所有的汉族同胞，我们决不向满清贼子屈服，同时以我史可法、戴盛宗和关德胜为榜样，我们决不剃发，头可断、血可流，我们决不可少一根头发，这一檄文颁布后，犹如一记强心针，使得无数的汉族同胞反抗满清残酷统治达到了巅峰。
此时的民间组织由白莲教牵头，江湖上各路隐世门派和隐藏的江湖异人纷纷出山，分化成为了两股强大的反清势力洪门天地会和哥老会，这两大反清势力迅速发展壮大，他们一边与神秘生物作战，一边对抗清军。洪门天地会以“反清复明”为口号，行事风格较为激进，擅长奇袭和游击战术。哥老会则更注重组织内部团结，其成员多为江湖豪杰，武艺高强，正面作战能力极强。
清军原本打算镇压民间反抗，却被神秘生物和反清势力两面夹击，陷入困境。而神秘生物的背后似乎有一股神秘力量在操控，他们源源不断地从漩涡中涌出，让小城的局势愈发危急。
史可法等人得知小城情况后，决定亲自前往支援。他们带着一批忠义之士，日夜兼程赶到小城。此时，白发老者正与那高大恐怖生物打得难解难分。史可法等人加入战斗，与清军、百姓、反清势力一起，形成一股强大的合力。一场决定小城命运，甚至影响大清入主中原局势的最终决战，即将爆发。
此时的中原大地早已经乱成了一锅粥，各方势力鱼龙混杂，血影圣教等邪恶组织再暗中操控。
此时的满清王朝在大清第一女强人孝庄和顺治皇帝、四大辅政名臣索尼、苏克萨哈、鳌拜、遏必隆等人的治理下固若金汤，此时的索尼和鳌拜、遏必隆提出应该用汉族治理汉族的策略方能一举取胜，最终孝庄太后和顺治皇帝同意了此政策。
于是分别派出汉臣镇南王吴三桂、平南王尚可喜、顺南王孔有德、靖南王耿精忠和忠义王洪承畴、孝义王祖大寿分别带领二十五万精兵前往中原平叛，并且还密秘派出了蒙古准噶尔部神秘的汉血铁骑辅助他们，这几支大军浩浩荡荡向小城进发。而小城这边，决战已然打响。史可法等人与白发老者配合，暂时压制住了高大恐怖生物。但神秘生物源源不断，众人渐渐有些力不从心。就在此时，血影圣教暗中出手，他们派出教徒混入人群，制造混乱，企图瓦解反抗力量。
就在局势愈发危急时，洪门天地会和哥老会想出一计。他们利用游击战术，分散神秘生物的注意力，让史可法等人得以集中力量对付高大恐怖生物。而清军在汉臣将领的带领下，也改变策略，与民间反抗势力形成一定的配合。
当吴三桂等人的大军赶到时，看到的是一场惨烈却仍在坚持的战斗。他们心中也有些许触动，不知这场战斗最终会走向何方，又是否真能如孝庄太后和顺治皇帝所愿，一举平定中原之乱。
混战还在继续，突然一道耀眼的金光出现，整个中原大地剧烈摇晃，神秘生物突然凭空消失了……