已经处于风雨飘摇的大明王朝，奇葩皇帝天启落水驾崩之后，由于其没有子嗣，只得由其弟朱由检登基继承王位，改元为崇祯，是为明思宗，早在其还是王爷时，被天启帝封为信王，对魏忠贤、客氏等一干阉党就深恶痛绝，登基后的崇祯帝，决心铲除阉党势力，重振朝纲。他表面不动声色，暗中却在积蓄力量，密切关注着魏忠贤等人的一举一动。魏忠贤察觉到新帝的态度有变，心中不免惶恐，但仍妄图凭借自己在朝中的势力继续把持朝政。
一日，崇祯帝突然召魏忠贤入宫。魏忠贤战战兢兢地来到宫中，以为大祸临头。然而，崇祯帝只是温和地与他交谈，询问了一些朝廷琐事。魏忠贤摸不清皇帝的意图，只能小心翼翼地应对。
此后，崇祯帝逐步削弱魏忠贤的党羽，将一些依附于他的官员撤职查办。魏忠贤的势力渐渐被瓦解，他感到大势已去。终于，崇祯帝一纸诏书，列举魏忠贤的种种罪行，将他贬往凤阳守陵。魏忠贤在途中自知末日将至，最终上吊自杀，阉党势力就此土崩瓦解。崇祯帝初步实现了他铲除阉党的目标，开始着手整治这个千疮百孔的大明王朝。
辽东半岛，成为了大明王朝抵御外敌最强大的堡垒，此时的孙承宗早已经不可同日而语，成为了大明王朝文武双全的封疆大吏，孙承宗不但战略眼光独到，而且极具智慧，在众多手下中发现了两位军事天才：一位是毛文龙，另一位则是后来的辽东督师袁崇焕，孙承宗对这二人极为看重，悉心栽培。毛文龙果敢勇猛，善于奇袭，在辽东沿海地带多次主动出击，搅得后金后方不得安宁，令后金军队颇为忌惮。袁崇焕则心思缜密，擅长防守，修筑的宁远城固若金汤。
然而，后金也并非坐以待毙。皇太极继位后，深知这三人对后金的威胁，便施展反间计。他故意散布袁崇焕与后金勾结的谣言，崇祯帝本就生性多疑，听闻后信以为真，一怒之下将袁崇焕下狱。孙承宗听闻此消息，心急如焚，赶忙上书为袁崇焕辩解，却也被崇祯帝猜忌，逐渐被边缘化。毛文龙虽依旧坚守在辽东沿海，但失去了有力的支援和配合，处境愈发艰难。后金趁机加大了对辽东的攻势，大明王朝在辽东的局势急转直下。
此时大明王朝的西部边疆，西域广大的关外之地，崛起了另一个强大的敌人后金。早在宋朝时的金国，自完颜阿骨打统一各部建立了强大的金国后，就成为了宋朝最强大的劲敌，二百多年后，金国后裔的另一支满族在爱新觉罗.努尔哈赤强大的军事威胁下在次统一各部，建立了后金，进而在次成为了大明王朝的劲敌；在辽东局势紧张之时，西部边疆的后金也没闲着。皇太极一面加紧对辽东的进攻，一面暗中派人联络大明内部的一些势力，企图里应外合。而在京城，崇祯帝虽然铲除了阉党，但朝廷内部依然党争不断，官员们只顾着争权夺利，对边疆战事并不上心。毛文龙在孤立无援的情况下，仍拼死抵抗后金的进攻。然而，后金的攻势太过猛烈，他的军队伤亡惨重。就在此时，一个神秘的人物出现在了毛文龙的营帐中。此人自称有破敌之策，能助毛文龙扭转战局。毛文龙起初心存疑虑，但在局势危急之下，还是决定听听他的办法。原来，此人竟是后金内部的不满分子，因不满皇太极的一些决策，前来投靠大明。他带来了后金的一些机密情报，毛文龙大喜，立刻根据情报调整战略，准备给后金来一场出其不意的反击……
努尔哈赤作为后金的开创者，子嗣众多，其16个 子嗣在清朝建立过程中扮演了不同角色——
褚英：长子，曾立为太子，后因性格暴戾被废黜并处死。
代善：次子，礼亲王，拥立皇太极继位，结局较好
阿拜：三子，庶9妃所生 封镇国将军，事迹较少
汤古代：四子，因战败而自杀。
塔拜：六子，能力平庸 封辅国将军。其中代善文武双全，极具军事天赋，在皇太极成为继承人后，成为了皇太极的左膀右臂。
此时，大明王朝国库空虚，内忧外患，崇祯虽全力应对，几乎废寝忘食，然其能力有限，加之其生性多疑，刚愎自用，随铲除了祸国殃民的阉党，使得正义之士“东林党”再次掌握了朝政，然而此时大明王朝早已经病如膏盲，党派之间争斗越发激烈，东林党也已经无力回天；毛文龙依计行事，果然在与后金的交锋中取得了几场小胜利，稍稍稳住了辽东沿海的局势。然而，这短暂的胜利并未让崇祯帝改变对辽东局势的看法。朝廷中一些别有用心之人趁机进谗言，说毛文龙擅自与神秘人合作，恐有谋反之心。崇祯帝本就多疑，听闻后便对毛文龙起了杀心。
另一边，皇太极得知计谋被破，恼羞成怒，亲率大军直逼宁远城。失去了袁崇焕和孙承宗的有效指挥，宁远城虽坚固，但兵力悬殊，岌岌可危。毛文龙在接到救援宁远的命令时，深知自己处境艰难，但还是毅然率军前往。可就在他即将赶到时，却收到了崇祯帝派人送来的赐死诏书。恰巧被袁崇焕截获，袁崇焕虽然是军事天才，然而其性格谨慎，与毛文龙的乖张独行的性格不合，二人早已经积下了深深的矛盾，恰巧崇祯帝赐死毛文龙的诏书被其截获，于是袁崇焕假借崇祯帝之手以毛文龙延误军情，违抗军令私自将毛文龙斩首，毛文龙麾下将士见主帅被杀，顿时军心大乱。后金军队趁此机会，发起更猛烈的进攻。宁远城在孤立无援中，最终被攻破，皇太极率军长驱直入。
崇祯帝得知宁远城失陷，又听闻袁崇焕擅自斩杀毛文龙，怒不可遏，将袁崇焕也下狱问罪。此时的大明王朝，失去了辽东的两大支柱，局势愈发危急。
而在混乱之中，那个神秘人再次现身。他其实是皇太极派来的奸细，目的就是搅乱大明的军事部署。如今目的达成，他暗自得意，准备回后金邀功。
但就在他离开时，被孙承宗的旧部发现。他们联合起来，将这个奸细擒获，从他口中得知了所有阴谋。可惜一切都太晚了，大明王朝在这一连串的打击下，已摇摇欲坠，崇祯帝望着满目疮痍的江山，只能仰天长叹，却无力回天。