历经“星辰之心”一劫，宇宙仿若大病初愈，在联盟的悉心维护下，逐渐恢复往昔生机。星际间，新的联盟学院拔地而起，不同种族的年轻一代汇聚于此，研习前沿科技、战术兵法，憧憬着为宇宙和平添砖加瓦。繁华之下，却有新的混沌因子悄然滋生。
林宇博士受联盟委托，主导一项史无前例的“星际生态重塑计划”，旨在修复那些被战争与古老灾祸破坏的星球生态，构建更为稳定、多元的宇宙环境。
在对一颗被神秘辐射笼罩千年的废弃星球勘测时，博士团队发现土壤样本中存在异常活跃的纳米机械虫。这些微小机械虫不断吞噬、分解周围物质，还能依据环境变化自我进化、重组，形成复杂精密的机械结构，似乎是某个失落文明的造物，但其失控的繁衍正威胁着整个星球生态复苏。
艾丽退役后投身教育，在联盟学院担任教官，将实战经验倾囊相授。然而，学院近来频发怪事，一些成绩优异、心怀壮志的学员莫名失踪，没有留下任何踪迹或线索。艾丽凭借敏锐直觉，暗中展开调查，竟发现失踪学员的脑电波频率曾在失踪前夕出现异常同步现象，仿佛被某种外部力量牵引操控。顺着微弱信号追踪，线索指向了一片被列为禁区的黑暗星云，那里电磁紊乱、引力诡异，传说藏着能颠覆认知的宇宙秘密。
杰克船长则率领舰队执行例行巡逻任务，巡航至偏远星系时，遭遇一种全新的太空异象——“时空旋涡群”。这些旋涡如同宇宙的巨口，无情吞噬着途经的一切，连光线都无法逃逸。更令人诧异的是，旋涡内部不时闪烁出奇异光芒，仿若隐藏着另一个维度的世界。舰队小心翼翼地绕道而行，却发现漩涡群正缓慢移动，且方向直指联盟核心区域，一旦相撞，后果不堪设想。
联盟紧急召开最高峰会，综合各方情报后判断，这一系列危机背后或许存在某种关联性，极有可能是某个蛰伏已久、妄图重塑宇宙秩序的隐秘势力在暗中作祟。为防患未然，联盟决定再次集结精英力量组成“破晓远征军”：林宇博士暂停生态计划，带领科研精锐深入纳米机械虫肆虐的星球，探寻遏制之法并追溯起源；艾丽挑选学院中最出色的学员，组成“星锐行动队”，勇闯黑暗星云，解救失踪学员并揭开背后阴谋；杰克船长则率舰队协同顶尖科学家，借助最新研发的“时空扰频器”，尝试改变“时空旋涡群”的移动轨迹，守护联盟家园。
林宇博士踏入机械虫横行的星球，放眼望去，满目疮痍，大地被啃噬出无数深坑，山脉在机械结构的挤压下摇摇欲坠。博士团队迅速搭建临时实验室，利用先进的量子显微镜观测机械虫行为模式。他们发现，机械虫的进化指令源于一种古老的量子加密信号，破解信号或许就能掌控这些失控的“微型大军”。但信号源深埋地下，周围布满机械虫构建的防御迷宫。博士等人穿上特制防护服，手持能量切割器，边抵御虫群边向地下进发。途中，机械虫不断合体进化，变身成巨大的机械猛兽，向他们扑来。凭借对机械原理的精通，博士指挥团队巧妙拆解猛兽关节，逐步深入。
艾丽带领星锐行动队踏入黑暗星云，立刻被紊乱的电磁风暴冲击，通讯中断、导航失灵。队员们凭借扎实的基本功，在黑暗中摸索前行，依靠彼此间的默契和微弱的视觉感知保持队形。深入星云后，他们发现了一座漂浮的神秘空间站，空间站外表破旧，却散发着幽森的蓝光。靠近时，空间站自动开启防御机制，激光炮塔林立，电磁屏障环绕。艾丽果断下令，利用行动队的机动性分散炮塔注意力，同时派擅长技术的学员寻找电磁屏障破绽。一番激战后，他们成功突破防御，进入空间站内部，只见失踪学员昏迷不醒地躺在一排排营养舱内，脑电波连接着中央主控电脑。正当他们准备解救学员时，空间站警报大作，隐藏在暗处的机械卫士蜂拥而出。
杰克船长的舰队面对“时空旋涡群”，起初尝试用常规动力逃离，却发现越远离越受其引力牵扯。无奈之下，启用“时空扰频器”，向漩涡群发射特制的能量波，干扰其时空结构。起初效果甚微，旋涡群依旧缓慢逼近。随着科学家不断调整扰频器参数，舰队发现旋涡内部光芒闪烁频率改变，推测能量波起了作用。为加快进程，舰队冒险靠近漩涡群边缘，近距离发射扰频器，不顾被漩涡吞噬的风险。终于，旋涡群移动轨迹出现明显偏移，逐渐远离联盟核心。
但危机一波未平一波又起。林宇博士团队虽接近信号源，却触发了星球上更高级的防御机制——机械虫召唤出“天空之城”，一座由机械结构悬浮而成的巨型要塞，对博士等人展开狂轰滥炸。艾丽这边，解救学员后，发现主控电脑储存着一份惊世骇俗的宇宙蓝图，上面标记着联盟所有星球的“弱点”，似乎是某个势力妄图统治宇宙的前期准备。杰克船长舰队刚松口气，又发现“时空旋涡群”虽偏离主航道，但在偏远星系引发了连锁反应，造成多个星球气候剧变、生态失衡。
面对重重困境，联盟上下齐心。林宇博士利用星球上现有的资源，结合机械虫原理，制造出简易的“反制飞行器”，与“天空之城”周旋，争取时间破解信号；艾丽迅速将蓝图信息传回联盟，联盟紧急启动星球防御升级计划；杰克船长留下部分舰队监测漩涡群，自己则率主力奔赴受灾星球救援。
最终，林宇博士成功破解量子加密信号，关停机械虫，还将其改造为生态修复的得力助手；艾丽行动队捣毁神秘空间站，带回学员，为联盟提供关键情报；杰克船长帮助受灾星球稳定局势。经此一役，联盟跨越混沌，迎来新的破晓。年轻一代茁壮成长，接过守护宇宙的重任；科技持续进步，为未来征途夯实基础；联盟的凝聚力愈发强大，向着永恒的星辰大海，无畏前行，续写传奇史诗。