灵璧之战，宛如一场惊天动地的风暴，彻底打破了朝廷与燕王朱棣之间的局势平衡。此役过后，朝廷一方可谓损失惨重，大量的将领、官员以及内官沦为俘虏，而朱棣则果断下令，派人将这些俘虏押送回北平。
在众多被俘之人中，平安格外引人注目。平安曾屡次击败燕军，斩杀燕将数人，燕军将士们对他恨之入骨，纷纷向朱棣请求将其斩杀。然而，朱棣却十分爱惜平安的才勇，特意挑选精锐士兵负责护送他，还严命世子朱高炽和郭资等人务必善待这位宿敌。
说起朱棣与平安之间的渊源，倒也颇为复杂。起初，平安跟随朱棣出征塞外之时，表现平平，并未显山露水，朱棣对他也颇有轻视。可谁能料到，自朱棣起兵靖难之后，平安竟如同一颗骤然闪耀的星辰，锋芒毕露，给朱棣带来了诸多麻烦。但也正因他展现出的非凡才能，让朱棣心生爱才之意，而且从某种程度上来说，二人也算得上兄弟。
望着平安被押送远去的身影，朱棣不禁长叹一声，感慨道：“这平保儿乃父皇养子，如今父皇所养的武士，就只剩他平保儿一人而已了。孤实在不忍杀之。”
灵璧之战大败的消息如同一记重锤，狠狠砸向了京师的朝野。朝廷军队的主力在这场战役中几乎被葬送殆尽，这让朱允炆又惊又怒，满心的疑惑更是难以排解。就在不久前，朝廷才刚刚在齐眉山大破燕军，那时的朱允炆还以为叔父朱棣已经再无还手之力，可怎料局势竟如此急转直下，转眼间便陷入了这般绝境。
但朱允炆深知此刻绝非宣泄愤怒和追究责任之时，他赶忙找来方孝孺商议应对之策。方孝孺同样没料到朝廷会在灵璧遭遇如此惨败，可事已至此，当务之急便是要设法阻止燕王继续南下。
他沉思片刻后，向朱允炆进言道：“陛下，此番灵璧兵败，燕王定会乘胜追击，率军继续朝南进发。值此危急关头，陛下唯有下令盛庸在淮河设下防线，全力阻止燕军渡河。如今朝中兵马已然不足，而燕军气势正盛，陛下应当即刻派出大臣前往各地征兵，同时下旨令各地出兵勤王。此前齐泰、黄子澄二人曾上书谏言令辽东出兵，不知结果究竟如何？”
朱允炆一脸沮丧，无奈地回道：“唉！朕曾下令辽东派兵南下，欲与铁铉会师济南，可五月初一在直沽遭遇燕军阻拦，便被燕军击溃了。先生，如果盛庸在淮河拦不住燕王，朕又该如何是好？”
方孝孺也深感局势对朝廷极为不利，只能劝慰朱允炆道：“若真到了那一步，陛下可遣宗亲与燕王求和，以骨肉亲情稳住燕王。如今长江以北已大多被燕军掌控，陛下不妨表示愿意割地求和，划江而治以为缓兵之计，来争取喘息之机。待各路勤王兵马赶到，朝廷再休养生息一番，而后重整旗鼓，再行伐燕之策。”
朱允炆满脸无奈，只得点头应道：“也只能如此了……”
而另一边，燕军在灵璧之战大获全胜后，士气空前高涨，将士们对朱棣坚持南下的决定愈发敬佩起来。朱棣也深知机不可失，趁热打铁方能成就大事，于是决定趁着南军大败的绝佳时机，率领燕军朝着东南方向直线挺进。
五月初七这一日，朱棣亲率燕军一举攻下泗州。泗州，乃是朱家的祖陵所在。朱元璋的祖父朱初一当年就葬在泗州的杨家墩，待朱元璋称帝之后，追尊其高祖父、曾祖父、祖父等，此地便被视作祖陵所在，开始大兴土木，营建陵寝等诸多相关建筑，久而久之，便成了朱明皇室极为重要的祭祀祖先的神圣场所。
朱棣攻下泗州后，立即严令燕军将士不得侵扰当地百姓，务必做到秋毫无犯。身为太祖高皇帝朱元璋之子，朱棣自然拜谒祖陵，此举一方面是出于对祖宗的敬重，另一方面也是为了安抚当地百姓。于是，他下令赏赐父老乡亲牛酒，以表心意。
朱棣以“靖难”之名起兵，对外声称是要清除皇帝身边的奸臣，维护祖宗的成法。而这拜谒祖陵的举动，无疑是在向天下人昭示他对祖宗的敬重之情，更是在强调自己皇位继承的合法性，向世人暗示自己的所作所为皆是为了扞卫朱明王朝的正统地位，绝不是简单的篡权夺位之举。
况且无论在哪个朝代，孝道以及对祖先的崇敬都是社会的重要价值观。朱棣通过拜谒祖陵这一行为，巧妙地展示了自己的孝道，试图以此来赢得士大夫阶层和普通百姓在舆论上的支持，尽可能地减少人们对他起兵反抗朝廷的抵触情绪，从而让自己的南下之举更具正当性。
同时，这一行为还能够激发将士们内心深处的家族荣誉感，增强他们对朱明王朝的忠诚之心，让他们坚信自己此刻正是在为了维护皇室尊严和祖宗基业而奋勇作战，进而提升军队的凝聚力和战斗意志，为接下来的决战提前鼓舞士气。
当然了，朱棣拜谒祖陵还有着另外一层心思，那便是寻求祖先的庇佑。虽说他以“靖难”之名起兵，可心里也清楚，自己做的事本质上就是造反篡位。虽说起兵以来似乎屡屡有上天相助，但他还是希望能得到祖先在冥冥之中的认同和庇佑，保佑他在这场残酷的战争中取得最终胜利，顺利实现自己的政治目标，也好让自己心里能少些负担。
盛庸得知朱棣已然攻下泗州，不敢有丝毫懈怠，立即率兵赶赴淮河，精心布置防线，意图阻碍燕军渡河。朱棣面对盛庸如此严密的防守，心里明白若与其陷入隔岸对峙的僵持局面，那必定是夜长梦多，毕竟朝廷刚刚经历大败，后方定然更加空虚，他一心想着绕开盛庸，然后一鼓作气直取京师。
朱棣召集众将，众人一番商议之后，决定取道淮安、凤阳，试图以此绕开盛庸继续南下。可惜的是，淮安与凤阳两地的南军皆顽强抵抗据城死守，燕军的攻势连连受阻，最终只能无奈作罢。
见此情形，朱棣深知要想继续南下，就必须想办法击溃盛庸的防线。然而，盛庸本就是善于防守的将领，燕军此前在济南、东昌强攻盛庸所部时，皆是铩羽而归，此刻他沿河而守，强攻的难度更是可想而知，思来想去，唯有偷袭一途或许可行。
思虑良久之后，朱棣派遣朱能、丘福率领数百士兵绕道上游，乘坐渔船悄悄渡河。五月初九这一天，两人带兵从南军的后方发起突袭。彼时，盛庸的注意力全都集中在正面防线，压根没料到燕军会绕到自己背后搞突袭，一时之间猝不及防，只能狼狈败走，燕军趁势攻克盱眙。
五月十一日，朱棣再次召集诸位将领，商讨接下来的行动去向。众将各抒己见，有人主张先取凤阳，觉得凤阳作为太祖皇帝和燕王的老家地位重要，拿下此地意义非凡；也有人提议先取淮安，毕竟淮安粮草充足，是兵家必争之地。
见众人意见不一，朱棣沉思片刻后，开口说道：“凤阳城墙高大坚固，楼橹等防御设施也都完好无损，淮安则囤积了大量的粮草。这两处南军据城死守，我燕军短时间内想要攻下绝非易事。依我之见，不如乘胜直趋扬州，再指向仪真，如此一来，淮安、凤阳两地自然会受到震慑。咱们到时候在长江上耀兵示威，京师那边必定会感到孤立无援，城内说不定就会发生内变。”
众将士听闻此言，纷纷称赞此计绝妙。 于是，燕军便朝着扬州方向浩浩荡荡地进发，于五月十七日顺利抵达天长。守扬州的监察御史王彬原本是打算拼死抵抗的，可他麾下的将士们眼见汹涌而来的燕军如此强大，早已没了抵抗的心思。见主将一心要据城死守，这些将士们干脆一不做二不休，决定将王彬擒拿下来，献给燕王，然后开城投降。
五月十八日，王彬正在沐浴之时，属下突然反叛，将他绑缚起来，随后打开城门，迎接燕军入城，扬州就这样不战而降了。高邮的守军见此情形，也纷纷选择归降燕王。至此，燕王朱棣率领燕军屯兵于长江以北，虎视眈眈地望着京师，一场更大的风暴似乎即将席卷而来。