四分之一的平安京已经变成了黑烟不断地废墟，西南的神社、寺庙、少量的居民住宅、商业区的房屋几乎全部被烧毁，只有极少数僧侣藏在高处的寺庙中，躲过了这一次灾难。
自汉军发起东征以来，平安京以西诸令制国的封建藩主们的兵力都在日本朝廷的征调下，与汉军数次大规模战事中消耗殆尽。
崇德天皇逃去尾张国的原因之一，就是平安京以西的诸多令制国，要么投降汉军，要么兵力损失严重而空虚，已经无法为天皇提供武力支援了。
杨志与杨雄在石见国方向稍事休整后，就沿着北面海域沿海的平地向东北方向推进，先前董平从因幡国经但马国南部杀向平安京，因幡国的武装力量折损近半。
随着杨志杨雄的再次杀来，因幡国毫无抵抗能力，于是二杨一路杀进了但马国。
源氏曾出任过但马国守，所以但马国的抵抗很是激烈，可惜他们的反抗没有任何意义。
杨志以三千岭北野人为前锋，这些披甲野人战斗力极强，但马国的武士们根本无法阻挡，便被杨志一直杀到了出石郡的出石城。
虽然出石城的抵抗极其顽强，在城门被汉军攻陷后仍旧发起了巷战，但还是被汉军彻底扫平，城内数千人被屠杀。
杨志下令屠城，是因为他很清楚王伦以及朝廷重臣们的态度，但马国在唐朝攻打高句丽时，曾经收容了百济贵族以及新罗贵族，故而这里生活着许多倭化的朝鲜人。
这些人自然是留不得的，更何况但马国内还有生野银山、明延铜山，匹夫怀璧便是罪过，杨志觉得，大不了功过相抵嘛。
集中在出石城的倭国贵族、百济遗民们，终究还是没能躲过一刀，国内的银山、铜矿也被汉军占据。
出石城的屠杀惊吓到了丹后国，在杨志领兵继续推进杀了进来后，丹后国立刻投降，如此一来，平安京与东北地区诸令制国的联系道路也被切断，彻底变为一座孤城。
这个消息传到平安京汉军大营后，阮小二觉得将士连日操使投石机，也该稍微缓一缓了，当然主要原因是，从福原港方向运送的弹药不那么及时，便干脆停火一日，同时要求城内无条件投降。
鸟羽天皇拒绝得很干脆，他的底线是日本可以投降，但必须保留天皇世系的权力，哪怕自降尊号称王都可以，无条件投降岂不是让自己放在案板上任由汉人宰割么？
阮小二觉得这就是给脸不要脸了，那就扩大对平安京的纵火，将西城彻底烧毁！
于是平安京的战事暂时停歇，折彦质受命从淡路岛、四国岛抽调部分兵力，沿着福原城向北，进行了一次大肃清。
日本国内的地形是多山地，所以汉军大举进攻之后，不少百姓逃往山中躲藏，还有些失去建制逃散为匪的武士们，便时常对福原城与平安京之间的道路发起各种小规模的骚扰。
折彦质自南向北、雷横自北向南来了一次大清扫，杀得人头滚滚，这一条道路两侧，时不时就有汉军以木架插着倭人土匪的首级作为威慑。
准备了数日之后，投石机向西移动，再次对平安京西北角发起了纵火轰炸。
至此半个平安京被烧毁，日本仿照唐长安城建设的城池，几乎全部变为废墟。
七月底，有数千武士、足轻拥挤在平安京的北门想要逃出去，却被守军阻拦，争执之下，双方发起了冲突，随着更多城内想要逃走的居民赶来，一场大混战就此爆发。
平安京的北门被冲破，然而自以为逃出生天的倭人来不及高兴，便在城西北二三十里处遇到了从丹后国杀奔而来的杨雄所领的骑兵。
漫山遍野乱糟糟逃跑的日本人阻挡了杨雄的前进脚步，等到杨雄赶到城北时，北门已经重新紧闭，还有数千往回逃走的日本人被留在了城外，哭嚎震天。
先前发生冲突时，藤原忠通领兵前来安抚，却在混乱中被一块碎石砸中了脑袋，头破血流，他干脆回府装病养伤。
藤原忠通算是看出来了，汉军的目标就是天皇，想要逼迫天皇投降，那么很有可能，中原的皇帝不希望日本有天皇存在。
他倒是很想放弃鸟羽天皇，将他送给汉军，但藤原家跟天皇一系世代婚姻，彼此绑定得太深了，藤原忠通不敢保证，自己的密谋会不会有人告发。
汉军最新的军事行动终于坚定了他的决心。
汉军，或者说朝廷以及王伦还是低估了日本的偏执与顽固，半个平安京都陷入火海了，日本人还是不肯投降。
其实平安京内中下层的官员、百姓们差不多到了崩溃的边缘，汉军围城，平安京的粮价飞涨，百姓们已经要活不下去了。
城内有不少低级武士，是从吉敷川之战后留得性命一路东逃回来的，汉军的强大击溃了他们所有敢抵抗的勇气，每日生活在恐惧之中，不知道哪一天就会被大火烧死。
即便烧不死，大约也快要饿死了。
于是某个走投无路的武士，卖掉了自己的武士刀，买酒将自己灌醉、以短刀当街切腹自尽后，平安京的街头每天都有这样的行为艺术不断上演。
短短十日，就有二三百名武士切腹自杀，许多人临死之前愤怒地大喊“天皇该死”，认为就是天皇的不妥协，给日本带来了如此巨大的灾难。
听到消息的鸟羽天皇瑟瑟发抖，又受到了惊吓，只是这一次安倍泰亲也无法为他祛妖作法了。
无奈的藤原忠通从天皇居出来后，看到街道两旁挤满了眼神愤怒的武士、足轻和百姓，他知道自己必须要做出选择了。
洪武十七年八月初三，藤原忠通联络了部分对天皇不满的贵族和武士，发动了政变，将鸟羽天皇以及顽固派贵族们囚禁了起来，然后打开平安京南门，向汉军无条件投降。
这次政变中，藤原忠通那七十余岁的父亲藤原忠实“惊惧而亡”，弟弟藤原赖长被乱兵砍伤不治而死。
随着平安京城门大开，鸟羽天皇成为日本历史上第一个国都沦陷、投降的所谓天皇。