而在京师，朱载坖也已经收到了张元功的报捷奏疏，官军在浑江大胜，现在已经将努尔哈赤部包围在五女山城上了，对于官军来说，无非就是花费时间攻克山城罢了，朱载坖给张元功等人下旨，务必要减少伤亡，保全士卒性命，同时努尔哈赤等人，活要见人，死要见尸。
除了辽东的战事之外，倭国的战事也基本告一段落了，这些举兵反叛的土司，虽然看起来声势浩大，但是对于朝廷来说，战斗力其实不强，而且他们大多是些乌合之众，没有统一的指挥，在官军和忠于大明的土司打击下，这些叛乱的土司很快被镇压下来了，官军一路高歌猛进，荡平三岛。
而安东都护方逢时也向朱载坖上疏陈述善后四条，方逢时向朱载坖条陈善后四条，第一条就是设州县，现在大明直接控制的领土已经达到了原来倭国领土的四成，倭国的大部分平原和适宜耕种的土地都已经被大明所控制了，所以方逢时认为要迁移百姓，在这里屯垦，加强朝廷对于这些地方的控制，同时设立州县，逐步实施改土归流的政策，以达到以夏变夷的目的。
第二条就是大兴文教，之前大明就在原来倭国的重要城市开设学校，现在更是要推动文教，在大明所控制的州县以及卫所，自然是要建立相应的学校，同时就是在废除倭国原本的所谓假名之后，就要以正音汉字教化倭国，在各个土司中一样也要建立学校，同时要把这些土司酋长的子弟加以教化，不仅仅是在倭奴都统使司接受教化，同时对其中比较优秀的，也要选送国子监教化，加强朝廷对于这些土司的控制。
第三就是控制佛教，之前倭国的佛教盛行，不仅仅是有大量的僧人和寺院，这些秃驴还公然组织僧兵，干涉政治，把持经济，这都是大明所决不允许的，方逢时向朱载坖陈奏，从中原选拔能够恪守清规戒律的僧人到倭奴都统使司，严厉整顿当地佛教，将之前僧人和寺院的种种特权予以废除，以严格的清规戒律规范他们的活动，决不允许他们在干涉政治等事情。
第四条就是矿冶国有，现在大明已经控制了倭奴都统使司所有的大型金银铜矿，这些矿藏现在现在都被朝廷所控制了，方逢时认为这些对于大明有着很重要的作用的矿藏，必须由朝廷直接控制，直接予以开采，同时将这些矿产运送到大明以供朝廷所用，这点是非常之重要的，朱载坖当然也知道此事的重要性。
对于方逢时所条陈的善后四条，朱载坖下内阁召集各部院讨论之后予以同时，朱载坖命令在安东都护府下设安东布政使司和按察使司、提学使司与原来的都指挥使司一道构成大明的安东的行政机关，同时都察院等相关部院也要设立相应部门，向安东布政使司派遣巡按御史等官员。
同时为了保证能够将安东都护的这些矿产转运到大明来，朱载坖下令组建安东转运使司，专门负责将这些矿产冶炼之后运输到朝廷的各个铸币厂中铸成朝廷的银钱和制钱，以保证大明的货币供应问题。
同时朱载坖也命令在交趾、安南和安东三布政使司开科举，选拔人才，为大明所用，迁移百姓到当地去屯垦，以加强朝廷对于这些地方的控制，随着倭奴都统使司和辽东战事的平息，对于大明来说财政压力骤然减轻，同时之前对于朱载坖甚至朝廷政策的质疑也随之烟消云散，现在辽东战事虽然尚未结束，但是明眼人都看得出来，努尔哈赤已经是强弩之末了，朝廷剿灭他们已经是时间问题的。
而现在仍旧牵扯朝廷比较大的精力的就是西域的战事了，今年在朱载坖的命令之下，西域战事的强度有所下降，官军主要是在西域开展屯垦，巩固朝廷在西域力量，这点是极为重要的，同时就是外交方面的事宜，也是朱载坖所关心的事情。
在土默特部的牵线搭桥之下，和硕特部也向大明表达了善意，虽然之前丧失了乌鲁木齐的住牧地，但是和硕特仍旧在卫拉特蒙古中有较强的实力，但是和硕特部现在也面临内外的双重威胁，日子并不好过，从外部来说，大明在西北的扩张对于卫拉特四部来说确实是构成了沉重的威胁，同时喀尔喀部也在北边对卫拉特部虎视眈眈。
而在卫拉特四部内部，形势也对和硕特部不利，因为卫拉特四部中其余三部都是从瓦剌中分化出来的，而独有和硕特部是从鞑靼中来的，所以其余三部是形成了天然联盟，之前和硕特部能够坐稳卫拉特盟主之位，主要是因为和硕特部实力强大，占据了乌鲁木齐的住牧地，现在这里被官军所夺占，和硕特部实力受损，其余三部自然没有之前那么安稳。
而土默特部则是遣使向和硕特部晓以利害，其实早在俺答汗时期，和硕特部和土默特部的关系就很密切，和硕特部能够坐稳卫拉特盟主之位，和土默特部的支持也是密不可分的，所以土默特部和和硕特部的关系是很紧密的，而且三娘子也是出身于卫拉特，对于自己的娘家，还是比较关注的。
土默特部的使者向和硕特部传达了大明的要求，和硕特部必须接受大明册封，同时大明也会和和硕特部通贡，同时大明支持和硕特部继续成为卫拉特的盟主，但是卫拉特四部要成为大明西北的藩篱，为大明抵御喀尔喀部和这些从中亚来的回教势力，同时照土默特部例，大明要派遣科布多办事大臣，并且驻军于此，管辖以阿尔泰山为中心的蒙古高原西部及准噶尔盆地北端的额尔齐斯河流域，直至斋桑泊的广大地域，巩固大明的西北边界，同时卫拉特部受顺义王管理。